在这一系列战争中，逐步取得了威信的尼克斯，领导了同盟军的又一次改组，他领导改组了最高军事裁定委员会，委员人数从十几人减少到5人，并且不再下设军事指挥小组、政治教育小组、纪律监察小组和通信管理局。最高军裁的委员分别兼任总裁、军事副总裁、政治情报监察副总裁、通信副总裁、秘书长。总裁由土灵族的锡须滚石兼任，军事副总裁由半人马族的西奥多福克斯兼任，政治情报监察副总裁由尼克斯兼任，通信副总裁由瓦力兼任、秘书长由我兼任。
最高军裁下设五个职能部室、四个特别部队，以及之前成立的三个异族同盟作战纵队和新成立的两个多族作战纵队异族同盟作战部队是指纸人比例较低的部队；多族作战部队是指纸人比例在三分之一以上的同盟作战部队。，共计五个纵队。部室和纵队都直接向总裁负责，特别部队向分管副总裁负责。作战纵队由军事副总裁协助总裁进行管理，职能部室由秘书长带领向总裁独立提供用于裁决的情报。五个职能部室分别是：作战参谋室、政治室、情报室、监察室、情报室、通信室。四个特别部队分别是：政治教育特别行动部队简称红部、纠察特别行动部队简称明部、情报特别行动部队简称暗部、通信特别行动部队简称蓝部。
杰克逊只是担任了副总裁，这出乎了很多人的预料。直性子的锡须根本无法掌握最高军裁，而尼克斯直接控制了权利最大的红部、明部和暗部，明眼人都看的出来，这次改组确实了尼克斯在同盟军中的实际控制权。事实上，直接对总裁负责的纵队长、职能部室主任在向总裁汇报工作之前，总是先向尼克斯汇报一遍，再根据尼克斯的指示，决定是否向总裁汇报，或者根据尼克斯的意志向总裁汇报。到最后，锡须几乎不再接受下级的汇报，而是带领着他的卫队，直接去前线参与作战、慰问前线的军队。
逐渐强大的同盟军成为了抵抗组织内部谁也不能忽视的力量，尼克斯也重新成为了抵抗组织圆桌长老。但是抵抗组织高层圈子并不喜欢他，认为他是一个异类，所以他并没有成为首席圆桌长老，被排挤出了抵抗组织最核心的圈子。尼克斯也不喜欢抵抗组织的实际掌控者，尼克斯不能调动除去同盟军的抵抗组织一兵一卒，抵抗组织的的实际掌控者也指挥不了同盟军。同盟军的半独立状态，让抵抗组织的实际掌控者心生怨恨，双方变得矛盾重重。
因为抵抗组织内部的矛盾而心力憔悴的尼克斯决定，带领同盟军离开第一大营，独立对抗恶灵。同盟军在泰坦之城西北的库亚巴建立了属于自己的大本营，并且在那里招兵买马，不断袭扰泰坦之城里的恶灵。
不知道什么时候，一只坐镇库亚巴大营的尼克斯，突然开始变得强大，本来身体孱弱的他，在短短时间之内开始变得强大，在一次对泰坦之城外围城镇科伦蒂的进攻中，他不顾侍卫的阻拦，单枪匹马冲向敌营，斩杀了十数名彪悍的敌将，并且率领着圆桌武士团全歼了科伦蒂的三万多恶灵，自己仅仅损失了不到三百人。
在泰坦消亡的第十年，军团的首席武器技师岩石菲迪亚在使用恶灵晶体锻造武器的时候，发生了严重爆炸，爆炸几乎把拥有顶级斗气护体的岩石炸死。在得知这场爆炸的原因后，尼克斯曾经欣喜若狂，他下令收集了大量的恶灵晶体，用来实验爆炸的原因。这项实验及其隐秘，我也仅仅只是听说过，并且被下令永远不得泄露这项秘密。只记得有一天，尼克斯灰头土脸跑来，拥抱着我，说他已经掌握了那种力量，很快就能够击溃恶灵。可当我好奇询问这项技术的时候，他却什么也不肯说了。
同年极少数的纸人精英法师通过抓捕并且拷问恶灵法师，以及通过感悟恶灵法师发动空间魔法时的秩序波动，逐渐掌握了这种魔法。空间魔法是由恶灵带来的一种魔法，恶灵通过空间魔法建立了恶灵祖星到达某某大陆的传送门。但是这门魔法十分深奥，掌握的人少之又少，恰好变态版的尼克斯掌握了这项力量。他选取浩瀚的宇宙的一角，建立了一个自己的专属空间，并且为它取了一个名字“第三空间”，然后在库亚巴的答应中设置了一个坐标，通过这个坐标就能把任何物质、包括生命放置在第三空间内。
尼克斯想毕其功于一役，直接击溃恶灵的烈焰军团。于是他制定了一项大胆的计划：
第一步：主动挑衅位于科伦蒂的烈焰军团，在其倾巢而出之时，佯装败退，吸引恶灵主力部队涌入库亚巴大营。在恶灵部队涌入大营以后，组织同盟军进行强有力的反攻，但是不断的后撤，直到完全逃出营地。
第二步：留在城中的同盟军精英引爆由巨量恶灵晶体组成的超级爆炸物。
第三步：在点燃引信之后，同盟军精英躲入到第三空间。
第四部：尼克斯带领剩下的同盟军绕道恶灵军队背后反杀已经被爆炸惊溃的恶灵。
第五部：在多年以后，空间震荡结束，尼克斯重新归来接引同盟军精英出来。
在这个计划还算缜密，但是执行引爆任务的人必须要具备两个点：其一是引爆恶灵晶体的人必须要忠心，保守秘密；其二是这个人必须胆大心细，具有奉献精神。于是符合这两个条件的，最终也只有本大爷了。尼克斯这个混蛋告诉我，我只要在第三空间呆上几个月就能够出来。在执行计划前三天的夜晚，尼克斯把我约到了山上，看了一会星星，然后与我一醉方休。第二天尼克斯就带领着同盟军的一部分精英离开了。
然而，计划还是泄露了。恶灵似乎提前知道了些什么，在同盟军挑衅烈焰军团的时候，烈焰军团没有追击，而且迅速包抄到了库亚巴大营的后面，接着就是疯狂的进攻。实力弱小的同盟军根本无法抵挡烈焰军团的进攻，烈焰军团很快的涌入了库亚巴大营，进入了巷战阶段，而尼克斯也发现了情形不会，开始带领剩下的同盟军妄图向救援我们。
我看不到一点胜利的希望了，待恶灵已经涌入指挥厅的时候，打开了尼克斯给我的引信，然后进入了第三空间。
再然后，你就来了，只不过我等了快要三百年。