而清统治者要求各改土归流地区不论民族，一律强制剃发留辫，禁止火葬，要求服饰、语言等学习汉俗，强迫土民汉化，这类措施虽然有利于统治，但是推行起来却并不容易。
所以在当时很难被各族人民接受，激起了强烈的抵抗。
但是需要说明，这些强制汉化措施，虽然不被各族人民所接受，但是其中一些相对于原土民落后习俗是有进步意义的。
因此改土归流后，清政府为缓和民族矛盾和阶级矛盾，实行休养生息政策，力保改流能顺利进行。
而各级流官素质高低、能力大小决定着改流归流地区的安定团结，雍正帝一开始就认识到各级官吏对改流地区的重要性，他要求文武官员需“清正自恃”，不能因为自身“小利”而耽误了改流大计，他非常重视新任流官的选拔，要求吏治清明，有大局意识，能很好的保证流官少数民族地区的统治。
鄂尔泰就很好的奉行了任人唯贤的原则，从优选择流官官吏，要求官吏对待土民要宽大为怀，慢慢的让土民“知尊知亲”。
但是在这过程中，有些官吏未能很好的履行中央统治政策，反而激起了民怨，雍正五年，镇沅府署府事刘洪度，急于丈量土地，立法过严，致使“冤愤难堪，激发思变”，土民聚众放火，烧毁了知府衙门，杀死了刘洪度，后辛亏鄂尔泰调兵平定骚，才没有酿成大祸。
但这件事给雍正帝和鄂尔泰触动很大，雍正帝在鄂尔泰的奏折中告诫到要重视官吏的考察和监督，及时发现官吏的不当措施，马上撤换或是治罪，避免事态的进一步恶化。
由于雍正帝对官吏的治理得当，在雍正一朝广大改土归流地区没有出现大规模的反抗斗争，较好的巩固了清政府的统治地位，创造了一段时间内的安定社会状况。
当然，在大规模的改土归流过程中，爆发局部战争是在所难免的，这一定程度上影响了当地的生产建设，在善后措施中，清政府着重恢复生产，建设民生工程，一方面可以起到巩固统治的作用，另一方面可以有效的行使国家职能，加大对改流地区的开发，这其中主要包括开垦荒地、建设学校和义学。
民以食为天，清政府鼓励土民开垦荒地，各县府都出台一些鼓励政策，例如保靖县对垦荒百亩以上者，重奖。
同时，清政府重视对土民农耕技术的帮助，鼓励内地农民帮助少数民族开垦荒地，把内地的先进种植技术带到少数民族地区。
经过清政府一系列的政策支持，大量荒地被开垦，例如镇沅府一年内新增开垦土地就达四百多公顷，这极大的调动了土民的劳动积极性，也增加了土民收入。
清政府注重对多灾害的河流进行治理，兴修水利，对一些重要水利工程拨专款治理，保证了农业的稳定。
原土司辖区，土官为了愚民，严格控制上学人数，不但学校设置有限，而且上学只是土司贵族子弟的特权，各族人民几乎没有读书的权力。
在改土归流之后，清政府打破土司教育资源垄断，增设学校，规定名额，同时放宽入学标准，在某些学校专设少数民族子弟名额，推行儒学，鼓励通过科举考试进入仕途。
这种少数民族子弟经过学校教育，通过科举考试走上仕途，既熟悉当地少数民族情况，又经过封建思想熏陶的官员，逐渐补充到流官行列，成为清政府在改土归流地区维护统治的政治人才，有效的巩固了统治根基。
可以说，清雍正帝在西南少数民族聚居地区实行的大规模改土归流，范围之广大、影响之深远，是空前的。
它废除了土司统治变为中央直接派流官管理，对这些地区的政治、经济、文化产生了深远影响。
同时在政治方面，清政府进一步加强了中央集权。
改土归流的实施剪除了大土司，极大的削弱了西南土司割据势力，打破原来土司“骄横恣纵、割据一方”的普遍现状，增强了中央政府对西南地图的直接控制，一定程度上打破自我封闭和瓦解了地方割据，有利于统一多民族国家的巩固和发展。
要知道在实施改土归流以前，土司割据势力在西南地区根深蒂固、错综复杂，使中央的政令难以得到有效的执行，极大地影响了中央对这一地区的有效管理；而土司之间势力大小不一，经常发生叛乱、武装冲突及兼并战争，这不仅危机黎民百姓生命安全，也不利于社会治安的稳定，同时也限制了当地经济发展。
经过清大规模改土归流之后，土司割据势力遭受到沉重打击，像是雍正八年，清在对思明府改流时，缴获军器2万多件，使“三省边防皆定”，这有利于消除这一地区动乱的根源。
改原土司统治为流官管辖，使中央进一步巩固对西南地区的统治，对改流后原土司贵族采取合理的善后措施，使土司贵族势力日微，有的以徒有虚名，很难再兴波澜，保证了中央政策实施的连续性和有效性。
也正是清雍正时期大规模改土归流的成功实施促成了中国古代封建王朝的最后一次盛世“康乾盛世”。
而且一方面，瓦解了封建领主经济基础，一定程度上打破封建农奴的人身束缚，解放了劳动力，使相对先进的封建地主制生产关系得以建立。
原土司辖区，土民不能随意脱离居住地，土司私设关卡，对不交税入境的，大多采取极端手段。
日常生活中，土官把持一方，税率自定，巧设税收名目，对土民肆意征税剥削。
实行改土归流后，当地少数民族只向国家交纳赋税，取消其它苛捐杂税，税务负担大为减轻，对新开辟的地区，清政府多实行低税或免税，这些措施对恢复当地经济生产及树立新政形象具有积极的促进作用。
另一方面，改土归流后，极大地促进了内地与少数民族地区经济交往。
内地先进的纺织、冶炼等先进技术广泛传播开来，土民开垦荒山、种植粮食作物，使少数民族经济结构进一步优化，推动了社会经济的大发展。
改流后，清政府把原土司辖区的土地收回，有利于安置外来流民，为发展当地经济创造了有力条件，这也有利于清政府在西南地区得到更多的税收。