就先之前说的，作为一种政治制度，在它的初期和中期曾有过进步性，例如在推动南方各民族社会经济发展中起过一定的作用。
但是土司制度到了后期，随着各民族社会经济的发展，其落后性和腐朽性开始暴露出来，特别是到17世纪末其腐朽落后性越来越暴露无遗，成为南方各族社会发展的障碍，最后走上了崩溃灭亡的道路。
土司制度发展到15世纪末16世纪初，由于各地土司长期在一地自恃雄长，世有其土，世有其民，世有其政，在各自的辖区内独断专横，成为称霸一方的统治者。
而权利欲的不断膨胀，生活上的日渐骄奢，自然对境内的土民在政治上实行残暴压迫，经济上采取残酷掠夺，强暴恣横，为所欲为，充分暴露出土司制度的腐朽性和反动性，表现在以下几方面:
首先是肆虐土民，因为土司利用对土民的人身依附关系，暴纵，作威作福。“土司杀人，不请旨，亲死不丁忧”。
明代云南永北人刘彬曾写道:“彼之官世官也，彼之民世民也。田户子女为其所欲，苦乐安危，唯其所主。草菅人命若儿戏，莫敢有咨嗟叹息于其侧者。以其世官世民，不得于父，必得于子孙，且数信蓗。故死则死耳，莫敢与较者，嗟此夷民何辜而罹此惨”。
蓝鼎元对贵州土司的残暴有过深刻的揭露:“苗民受土司茶毒更极，可怜无官民礼，而有万世奴仆之势，子女财帛，总非本人所自有，土民一人犯罪，土司缚而杀之，其被杀者之族，尚当敛银以奉土司六十两、四十两不等，最少亦二十四两，名曰玷刀银。”
有的地方曾改土归流，但“土司辇赂关税，又复改还土属，丁壮举家屠戮，妻、子没卖为奴，其他土部不得不吞声饮泣、忍受摧残”。
土司还将土民当牲畜看待，动辄将土民买卖、转让或赠送。
李心衡说四川土司“其有规避徭役，不遵土司饬遣者，例最严酷，籍没其家，将其人并家属分卖各部落为奴”。
又如唐崖土司覃鼎夫人田氏在游玩峨嵋山时，将随身带去的百余名婢女，若家奴一样，沿途择配，随意送人。
土司生活糜烂，宴会有女歌舞，“官舍下乡，令民间妇女歌舞侑觞”，云南百夷傣族土司“上下僭奢，虽微职亦系银花金银带”，土司“每出入，象马仆从满途”。
土司如有嫁娶，土民则3年不敢婚姻。
“其虐使土民，非常法所有，生女有姿色，本官辄入，不听嫁，不敢嫁人也”。
甚至有的土民结婚土司还要享受初夜权。
土司还私设公堂，严刑摧残土民更是司空惯见，“有事控于本官，本官或判不公，负冤者惟私向老土官墓上痛哭，虽有流官辖土司，不敢上诉也”。
其刑法重罪者皆斩，其余刑法有宫刑、断指、割耳，即土司所谓的“盖奸者宫，盗者斩，慢客及失期会者割耳，窃物者断指”。
土民往往冤屈受此酷刑，且无处申诉，或有上诉者，土司必派人中途追杀之，因此土民只好忍气吞声，受其践踏。
还有就是超经济强制剥削。
土司往往借口向中央王朝缴纳钱粮差发银渔肉土民，如乌撒土司按规定只向王朝激纳钱粮不足300余两，而土司取于土民者却百倍，“一年一小派，三年一大派，小派计钱，大派计两”。
土民所输丁粮较汉民的多出10倍。
1725年雍正三年云贵总督高其倬奏:云南姚安土府土知府于1708年康熙四十七年以进京费用为名，派索马银5000两，土民拿不出，土司便令土目持械强迫土民写卖契，以充马银。
土司还在各村设立土巡检，名义是经管地方，实际是暗察各土民、财产、子女，“任意取携，派累百端”。
土司利用身为辖区内最高土地所有者的身份，将土地划分为庄田和份地劳役田，强迫领种份地的土民农奴无偿为上司耕种庄田，同时土民还要为土司提供各种杂役。
如广西土民要为土司提供禁卒、仵作、吹鼓手、画匠、裱匠、柴薪、马草、针线、管水沟、管厕所等杂役。
云南车里土司向土民索取的杂役有106种，诸如为土司抬轿、划船、打旗、养象、养马、做饭、挑水，甚至要为土司家死人哭丧和为土司削大便棍都被列为应服劳役。
土司还利用特权肆意苛索土民，如贵州册亨的岑、陆、依、王、周五姓土目对土民的苛索达10余种之多。
土目过生日，婚丧嫁娶，生子满三朝，盖房子，甚至土目的儿子上学、应试等一切费用，从金银、油盐柴米到鸡、鸭、猪、酒，全部由土民提供。
广西土官、土目向本地土民额外苛收的物品有棉花、苎麻、黄豆、蓝靛、辣椒、鸡、鸭、鸟、野兽等，苛派杂役之多，有如牛毛。
此外土司之间和土司内部仇杀侵扰也严重影响着土民们的正常生活。
各个土司之间往往因为争夺土地、人口、财产，绎常混战仇杀，“一世结仇，几世不休”，破坏了生产的发展和人民生活的安定。
1534年明嘉靖十三年容美土司田世爵指令土目田文祖、张琦、周万雄率兵出境，杀死巴余县应捕刘聪、火甲罗延瑞、吴鲜九数人，掳民百余家。
16571662年清顺治十四年至康熙元年四川杂谷土司桑吉朋、阿日土司巴必太与瓦寺土司曲翊之间争斗，互相之间劫堡断桥，杀戮汉、羌人民，掳掠男女为奴，致使地方声息不通。
明末清初，百户土司与卯洞土司力争夺人口土地争战不息，达数十年。
1724年清雍正二年容美、桑植上司率士兵抢掠保靖民财，焚掠村庄60余处，抢走男女千余人。
1726年雍正四年“桑植土司向国栋恃强负固，与容美、永顺、茅冈各土司寻衅仇杀，贪暴不仁，民不堪命”。
容美土司向九霄每当外出，“民皆闭户，鸡犬无声”。
土司内部因争袭之事而互相争斗亦累累发生。
广西恩城州上司岑钦在明弘治年间先与他的叔父田州上司岑溥相仇杀，后又杀了岑应父子，不久岑钦父子又被岑应之弟接所杀，相互争袭仇杀多年。
这种仇杀纷争，使人民遭殃，严重破坏了生产。