水师对于收复了南京的大明新军而言是一支十分重要的武装力量，朱聿鐭一直纠结的是将大明的水师分作两支还是合为一支。
如果是分作两支的话，那就是一支在长江游弋，往来于九江、安庆和南京之间，一支依旧驻守太湖，策应湖州、苏州和杭州；还是将施琅水师和太湖水师合二为一，全部交给施琅，统一由施琅指挥。
施琅自带水战buff，如果能够加强他所率领的水师的实力，对于大明而言，无论是沿江城市的争夺，还是沿江兵力的投送，更重要的是，有朝一日，占领武昌之后，北伐之时，可以派遣施琅的水师配合陆师，沿着汉水北上，攻打襄阳、樊城。
当年岳飞北伐走的就是这一路。
总而言之，对于明军而言，有百利而无一害。
朱聿鐭前世在读书的时候，就曾听一个历史老师说过，太平天国最后之所以败给了曾国藩的湘军，固然有很多政治军事上的原因，但是没有加强水师的建设，是诸多原因中比较重要的一个。
当年太平军从广西打到湖南，在岳阳----就是明朝末年的岳州----的时候，有很多洞庭湖的渔民加入到太平军中来，太平军这才有能力攻占武汉，并且从武汉沿江东下，只有了短短不到一个月，也就半个月多一点的时间就攻占了南京。
但是，太平军在攻占南京以后，尤其是太平军西征大军在湖南吃了败仗，水师几乎是全军覆没以后以后，就再也没有重建水师，哪怕是恢复水师也没有。
相反的是，曾国藩的湘军水师虽然屡屡遭遇重创，但是又屡屡重建，所以在后期的两军作战之中，尤其是在两军争夺沿江城市的时候，太平军只能取守势，毫无反攻的能力。
如果将施琅的水师和太湖的水师合二为一，水师的战力自然就更强，在长江上的优势自然就更大。
不过，对于太湖，朱聿鐭也有自己的考虑，如今虽然太湖周围的府县都已经被明军控制，并且他已经恢复了整个浙江省，但是清军在福建的兵力还是比较强的，如果清军从福建北上攻打浙江，同时武昌的清军又沿江而下来打南京，那他就处在东西夹攻之中，浙江省的大部分地区都可以放弃，但是湖州、苏州和杭州，这三个城池却是一定要坚守的。
坚守湖州、苏州和杭州不仅仅是从经济利益上考虑，更重要的是因为这三座城池都围绕着太湖，有太湖的便利，这三座城池就能成为一个防守整体，从东面拱卫南京，如果这三座城池丢了，南京的东面将无险可守。
三座城池要成为一个整体，那要点就在太湖，如果没有太湖水师，或者是太湖水师的战力削弱，一旦清军杀来，它们怎么能成为一个整体呢？
防着清军的同时，还得防着盘踞在金门、厦门的郑成功。
因为朱聿鐭已经得到了秘报，郑成功已经拥戴了朱由榔，他会不会乘着新军主力出兵攻打武昌或者别的什么地方的时候，郑成功以他的水师由海路北上攻打南京，同时以陆师进入浙江，并且走太湖，那对南京而言，形势就变得十分的凶险了。
“尊侯啊，说到水师我也头疼啊。”朱聿鐭将自己的考虑告诉了在座的诸将，问道：“你们说一说，是将两支水师合二为一，还是各不统属？”
杨廷麟首先开口了，道：“殿下，我军虽然攻占额南京，但是依旧是处在建虏的四面包围之中，保留太湖水师，就是保留了我军在南京以东的一支重要人马，对于护卫苏杭湖有莫大的便利。”
堵胤锡道：“殿下，卑职也觉得杨大人所言有理，我军的主力，忠顺……不，是第三军、第四军和第六军都要驻守在南京以西，一是对抗建虏的主力东下，二是便于随时西上，攻取武昌。”
朱聿鐭笑着问施琅道：“尊侯，你的意思呢？”
施琅想了想道：“殿下，卑职以为还是留着太湖水师，只是如果殿下也要给水师番号的话，卑职希望卑职率领的水师是大明第一水师！”
袁宗第笑道：“哈哈，还是你施琅会挑时候伸手。”
施琅也笑道：“汉举将军，如果论组建的时候，我施琅的水师也在太湖水师的前面啊。”
朱聿鐭道：“既然你都这样说了，那就依你，不过你要当得起第一这个名头。我提醒你，你将来面对的水上强敌不是建虏……”
施琅正色道：“殿下放心，卑职知道，卑职的强敌是郑家的水师。”
“不，不仅仅是郑家的水师。”
施琅道：“管他是哪家的狗杂种，殿下要我往哪里打，我施琅就往哪里打！”
堵胤锡问道：“殿下，您说施琅将军的最强悍的敌人不仅仅是郑家的水师，那还有何处的水师？”
“盘踞在台湾岛上的荷兰人，他们火器精良，才是我大明新军水师的强敌。”
“河南人？”易金福问道：“河南人不是在中原吗？怎么会在台湾岛呢？”
“错了错了，不是河南人，是荷兰人。”朱聿鐭觉得越描越黑：“就是你们所说的红毛鬼。”
施琅道：“哦，殿下放心，当初卑职跟着郑芝龙的时候和红毛鬼交过几次手，火器着实比咱们的厉害，但是他们人不多，而且厮杀不如我等。反正越是红毛鬼，殿下越发只管放心，卑职手里只要有人有船有炮，管他黄毛鬼还是红毛鬼，我都让他到水里去当水鬼！”
朱聿鐭道：“尊侯，你水师的正式番号是大明水师第一舰队，太湖水师的番号不动，继续称太湖水师。”
施琅道：“卑职遵命。”
至此，大明新军的所有人马都重新整编，一支真正属于大明王朝的新军犹如初升的骄阳，充满了朝气，充满了活力。