带回消息的赤井秀一满身硝烟, 几乎被血渗透。他胸前的防弹衣破了个大洞，半边身体带着燃烧过的焦痕，一起的还有降谷零和江户川柯南。
据说返回支援船后, 被叫到指挥部的降谷零和江户川柯南一直等不到赤井秀一, 眼看岛上的火势开始蔓延, 江户川柯南根据赤井秀一定位最后的消失地点推测出赤井秀一的方位，于是便和降谷零一起重返岛屿上救人。
这没什么意外的, 毕竟主角总要在最后和反派来一场轰轰烈烈的对决。尤其是对江户川柯南来说, 他的【诞生】始于琴酒，也应该终于琴酒。
当降谷零和江户川柯南赶到的时候赤井秀一和琴酒的决战已经到了最后关头, 两人身上到处都是伤，白色的沙滩上撒满了鲜血。赤井秀一肺部被刺穿, 琴酒另一只手也被废掉, 两人面对面站着，即使是最狼狈的时候背脊依旧笔直, 在月光下如同冰冷的枪械。
看到降谷零，琴酒讽刺地笑出了声, 带血的手擦去嘴角的鲜血，灰绿色的眼睛倒映着燃烧的火焰和远处密密麻麻的支援船。天上的战斗机在盘旋着，巨大的轰鸣声响彻海滩, 海风吹起他带血的银色长发。
“投降吧琴酒。”
当江户川柯南说出这句话的时候，回应他的是拉响的手榴/弹，在降谷零的举枪射击中琴酒转身跳进了布满暗礁的急促漩涡中。
就像所有电影结尾一样，反派留下一个背影，消失在无垠的大海里。
“琴酒腹部撕裂胸口中枪早就失血过多，我们赶到的时候他已经是强弩之末，在大海中他不可能活下来。”降谷零说道：“之后我们会派人员进行搜查, 不过这附近暗礁和海坑很多加上水流很急，找到尸体的可能性不大。”
黑衣组织最强大的战斗人员被消灭，剩下的组织成员就如索萨所说的不过是贪生怕死之徒，很快便在大火的攻势下跑到沙滩上投降。
因为在班长他们的安排下，组织管理层被针对击杀，等黑田兵卫和詹姆斯他们把投降的组织成员押上船进行清点后便发现除了一开始被公安抓起来的那名管理层外，剩下的全是保镖人员，其他管理员全都死了。
更有意思的是，这名管理层负责的是行动组，虽然对组织了解很深，但是却没有掌握组织和各大政府勾结的核心情报，仿佛印证了乌丸莲耶所推测的幕后势力借警方的手铲除黑衣组织，却不让他们深究一样。
等降谷零在江户川柯南的提醒下联系上日本本土，了解到倒计时的真实含义转身去找索萨的时候，却发现原本在医疗室里和花田早春奈一起接受治疗的青年不见了。
此时花田早春奈早就因为药效昏睡过去，高山猛男也因为太累呼呼大睡，坐在花田早春奈床边的凯顿一如既往地不搭理人，降谷零便找上了基尔。
走廊上的基尔面无表情：“那家伙说饿了让我去给他泡个面，因为他一直嚷嚷我担心吵到别人，又看在他差点死了的份上就答应了，没想到等我回来后他就不见了。”
旁边的垃圾桶里散发着浓郁的方便面味道，足以表现这位温柔的CIA卧底的愤怒。
在她离开前那家伙明明答应了会告诉她想知道的事，却又耍了她！
降谷零皱起眉，索萨居然能远距离操作日本的导弹，这件事非常严重，如果被上层知道可是比黑衣组织还需要严阵以待的事。
为了最大限度地降低威胁性，他必须要先搞清楚索萨是怎么做到这件事的。如果索萨真的威胁到日本，他就只能对他进行逮捕了。
抱着这种想法，降谷零加快了收网的速度。
岛上的大火一直燃烧到的第二天清晨，在降谷零等负责人的指挥下大火很快被扑灭，之后公安人员和FBI戴着防毒面具进入海岛进行搜查，与此同时打捞船开始对附近海域进行打捞。
整个过程天空一直有飞机在巡逻，确保从昨晚开始便没有船只离开过附近的海域。
之后警方人员在岛上发现了一百多具焦尸，因为大火的温度很高，加上之前的战斗中使用过地雷和手榴.弹，尸体大多只剩下残骸，加上组织成员一向使用假身份，之后估计也很难做DNA对比，对此班长等人乐于见成。
不过虽然尸体残缺不全，但是对比过索萨之前提供的管理层参与名单后，降谷零他们依旧发现尸体数量少了不少。
少的那部分，主要是花田早春奈他们组织的。
这次跟上支援船的花田早春奈他们组织成员只有凯顿、索萨两人（猛男和8号因为本来就以公安和FBI身份参与的所以不算），其余二十多号人就像索萨一样凭空消失了。
就像之前说的一样，从昨晚开始天空上就一直有飞机继续巡逻，根本没有船只离开过，花田早春奈他们组织的人是如何消失的，江户川柯南他们怎么也想不明白。
因为唯一会无条件告诉他们情报的花田早春奈正在昏睡，江户川柯南他们只能先处理眼前的事。
在把岛上的尸体收集完毕，又留下部分继续打捞的人员后，公安和FBI们便浩浩荡荡地返回了日本。
花田早春奈和受伤的公安和FBI等人被送往了东京最好的医院进行治疗，降谷零做了简单的包扎后便和黑田兵卫以及詹姆斯投入到对黑衣组织资料的整理中。
因为这次是两国合作，除了对抓捕行动的汇报后还有一系列的利益分配和黑衣组织涉及的罪案调查，接下来会将会是无穷无尽的扯皮会议和加班地狱。
另外还有一件值得一提的事。
听说满身是伤的赤井秀一在包扎完毕后被朱蒂堵在了医疗室，那位火辣的金发美女十分生气地质问赤井秀一到底对威尔·沃克做了什么，对方为什么会突然死掉，得到否认的答案后，转而询问对方是不是在之前的FBI连环被杀案里故意设计让威尔·沃克去撞上黑衣组织让对方陷入危险，在赤井秀一默认后抄起旁边的水杯就要往他脸上泼，幸好被旁边的卡迈尔拦住。
是的，卡迈尔虽然被8号他们名文规定不能参与到一线战斗中，却还是作为FBI精英跟在詹姆斯身边。
不过即使有卡迈尔拦着，朱蒂的怒火却没有一丝减退。她和赤井秀一大吵了一架，在当众摞下和对方绝交的狠话的时候，转身就看到威尔·沃克靠在门边看着他们，在注意到朱蒂见鬼了的眼神后，他朝对方点了点头然后鼓了鼓掌，众人的脸五颜六色，听说效果十分炸裂。