会出现这种情况的原因，是因为火影忍者第一部是个脉络清晰，逻辑严谨的故事，由作者岸本齐史与编辑矢作康介合作打造的杰作。第二部则在矢作康介不再担当岸本的编辑后发生了直线的下滑。
大家似乎有个认知上的错误，认为火影的剧情都是岸本自己设计的。
其实在日本漫画连载界，一部漫画的剧情在由作者想出来后，要通过编辑的认可才能正式发布，否则编辑有权力对其进行删减或改动。最著名的例子就是海贼王作者尾田荣一郎，在连载海贼王第1话时被编辑以“没有震撼力”为理由连续否决好几次，最终尾田不得不画上了香克斯断臂的情节，才通过编辑这一关，然后一战成名。
不过当初也没想到能够连载这么多年，导致了堂堂四皇被最弱之海的杂鱼海兽咬掉一条手臂的矛盾。
矢作康介对火影的影响，更在海贼王责编之上，不夸张地说，如果把火影这部作品的大红大紫按功劳分配的话，岸本占50%，矢作康介就占另外50%。
访谈中矢作康介提到，在jump上连载的漫画，有这么一个不成文的潜规则，连载到第3话时，编辑们就会决定这部漫画到底是长篇连载还是到此为止。
当年火影第1话连载时，读者们反响十分热烈，但第2话和第3话却反应平平。
当时的矢作康介跟其他编辑开了个会讨论火影的连载问题，最终矢作康介决定，即使火影目前反响并不好，但还是给火影一个机会。
火影这才顺利地连载下来，矢作康介从火影第1话开始就跟岸本合作，一直合作了十年。这十年间，他不断对岸本做出影响，在某些剧情设计上，他甚至强迫岸本照着自己的意思去画。而在重大剧情的设计上，如果岸本十分坚持，他会适当妥协。而且根据他自己的说法，两人似乎还时不时有争吵，因为双方都想要说服对方自己设计的剧情是最好的。
在这种争吵中，火影渐渐奠定了自己的风格和地位，可以说，这两个人缺了任何一个，估计早期火影都不会那么火，两人的重要性就如同鸣人与佐助那样。
这位编辑对火影的贡献有。
加入了宇智波佐助这个原本不存在的角色，把一个叫做小太郎的角色改名成我爱罗，把桃地桃太郎改成桃地再不斩，把他的同伴从熊改成人。在岸本齐史最初的原稿中，三代火影其实是一只狗，它的主人是二代火影。而矢作康介否定了岸本齐史的这个设定，他让岸本把三代设计成了人，这才有了后面的猿飞日斩。
不光是三代火影，在早期岸本的设定中，主角漩涡鸣人他也是动物，是九尾妖狐本体，并非什么人柱力。而这个设定同样是在矢作康介的建议下才进行了修改，否则就没有所谓的九尾人柱力漩涡鸣人了。
旗木卡卡西原本是木叶黑暗面的爪牙，面善心恶并且有说一些忍者名词的口癖，在两人的商议下改成了现在这样。
还有，和第七班同期的那几位角色（李洛克，鹿丸等人），最初的构想也是来自于矢作康介。这些小强虽然不是主角，但是他们的出现也给作品增加一些不一样的色彩，特别是李洛克，鹿丸，宁次这几位。
最后，矢作康介对火影还有一个非常重要的贡献，那就是他退回了很多乱七八糟的忍术名字，并要求岸本重改。在火影这部作品中，很多观者都是因为里面五花八门的忍术而入坑的，而对于这些忍术，早期岸本取名的功力并不是很强，而矢作康介就负责了忍术名字的筛选工作。
当时矢作离开前还特意嘱咐岸本：“一定要好好处理佐助这个人啊。”
结果大家都知道了。
“哥哥是完美的。”
“你哥哥比谁都爱你。”
“天晴了，雨停了，佐助他又觉得自己行了。”
几乎都是在这个时间节点后开始“厚积薄发”的，也是从那一年开始，火影开始失控，大招互甩、嘴炮、一波未平一波又起的新设定渐渐成了剧情的主流。
在访谈中岸本说道：“矢作老师在任编辑期间，我们两人对火影忍者的故事发展有很大的分歧，矢作老师更看重情感的叙述，而我更看重战斗，所以前期很多内容都不是依自己的初衷画的(笑)，之后中野老师担任编辑后，他一直放的很松，因此偏向战斗的我使至后面战斗的篇幅大量增加，但是情感表现的太过含蓄。可以说风格由情感篇转为了战斗篇吧(笑)。”
新编辑是一位业界新人，而岸本此时已经是大漫画家了，非当年的毛头小子，地位颠倒，多年受到打压的媳妇熬成婆，开始放飞自我。
第一部的很多伏笔跟设定，在疾风传被彻底推翻，很多细节都被岸本修改或有意忽略了。他或许是想证明自己的实力，某种意义上来说，他做到了。
曾经的“最强火影”三代目成了笑话，药师兜这个多面间谍的神秘性，与大蛇丸似敌非友给变成了纯粹的舔狗，从花瓶到一战成名吸粉无数的小樱在佩恩入侵时又变回了那个哭哭啼啼的花瓶只会高喊着主人公的名字。
一直以吊车尾鸣人为励志榜样，结果发现他才是最大的天才。
佐助本该是个纯粹的复仇者，因为鼬的确就是他的仇人。但洗白鼬以后，佐助成了个二傻子，为什么？因为他完全失去了复仇的动机，过往的一切都成了笑话，最终又成为了别人的棋子被忽悠来忽悠去。
宁次身虽受困，但拥有着自由之心，独立人格，第二部被变成了呆在笼子里的宗家忠犬，最后还被草率的杀死，成了岸本在采访时的笑谈，说宁次是鸣人和雏田的丘比特。
矢作康介在早期添加或修改的设定与岸本自己的原设完全就是两个世界，所以他是真的不知道后面该怎么处理这些感情细腻有血有肉的木叶小强，索性就路人化，靠着新的设定与新人物来博取观者的眼球，甚至想把卡卡西这个跟不上时代的老东西干掉最后却没能如愿。
这么说吧，岸本就是个画漫画的，他懂个屁的火影。
这句话用在别人身上就是调侃，在岸本齐史身上那就是陈述事实。
他原本水平就不太高，靠好的编辑提携，靠其他作品缝合走了一个天胡开局。
岸本的画工是一流的，可漫画家最重要的其实是编剧能力，但岸本不及格。雪上加霜的是，他用来借鉴的全职猎人，富坚老贼老鸽子了。