此时政府军忙什么呢？政府军被桓玄打败了，司马元显也尸解成仙去了。桓玄入主建康之后，也需要时间来稳定政权，于是就是老一套的招安工作，封卢循为永嘉太守，就是温州太守，可惜卢循却没有上当老实下来。
孙恩是三月败亡的，五月，卢循就兴兵从海上进入浙江金华一带，攻打东阳，但被随后赶来的刘裕痛扁一顿后，逃回了永嘉。大家看看地图就会发现，卢循在战略方面的大局观比孙恩强多了，他把根据地放到了离南京更远的温州，又没有远离大海，近可攻、退可守，比在海岛上只能晒日光浴强太多了。
403年二月，卢循不甘心失败又跑过来攻打东阳，然后遇上刘裕，这次更惨，被痛扁+1，老家永嘉也丢了。
同年八月，卢循回军攻打永嘉，想把根据地夺回来，又遇上了刘裕，被痛扁+2。
第二年，刘裕有正事要忙了，当上了盟主，带领一帮小弟要恢复晋室，拯救地球，也就没时间陪卢循这种小虾米玩了。卢循也总算知道自己不是主角，跟未来的皇帝打架哪有好果子吃，既然你没时间玩了，那我也离你远点。于是，十月，一路向南，打进了广州城，然后自封平南将军。经过几年的经略，成为南方的大军阀。
405年二月，晋安帝回到建康，看着一地鸡毛都发愁，哪还有心情收拾卢循，四月，就给他封了个广州刺史，暂时换来了南方几年的安稳，至少表面上是安稳的。
但卢循也不是傻瓜，知道人家现在是顾不上收拾自己，等把一切捋顺了，第一个就会来收拾他。所以，已经颇有势力的大军阀卢循准备彻底解决压在头上的大山，410年，趁老对手刘裕正在痛扁南燕慕容超时，和姐夫徐道覆分兵两路，从广州一路北上，势如破竹，大军逼近建康。悲剧的是，又被赶回来的刘裕痛扁+3。年底，二人败回广州，但此时的广州老家已被抄了。又挣扎了几个月后，411年四月，卢循最后败走交州后，于龙编投水而亡，嗯，这个龙编在现在的越南河内东边，所以推测卢循最后应该喝的是红河水。
至此，孙恩、卢循的起义终结。
历代史学家对孙恩的起义多持否定态度，虽然客观上是反抗晋政府的暴政，是起义军的性质，关键是这家伙除了祸害，没做过一件利国利民的好事。仅就因他而死的人来说，到孙恩死的时候，第一次虏走的二十多万人口还剩下几千人，加上数次大战，前后也有死了几万百姓，这只是造成的直接死亡，间接死亡的就无法计算了。
从399年孙恩起兵到卢循败亡，这次为期十二年的起义是五斗米道的又一次大规模的起义，通过对这次起义及同期的其它起义分析可以看出，两晋时期五斗米道的宗教行为与汉末的五斗米道有相同之处，也有了很多不同的地方。
总体来看，两个时期的五斗米道的基本教义方面变化不大，比如，仍然是保留着关小黑屋子思过的传统，首过、祷祝仪式等方面也基本上一致。
长生追求方面也没有区别，否则孙恩也不会欣然接受手下给他的长生人的雅号，这也从侧面也证明了从下至上，大家对长生的追求依旧初心不改。
当然保留最好的还是坚信天、地、水三官神灵的存在，由于地处多水的浙江地区，尤其信奉水官，这一点可以从孙泰、孙恩的死法上看得出来。
两晋时期，沿海地区尤其信仰水仙，这也是五斗米道和地方信仰相结合的一方面，通过极力灌输给教众死在水里是能成为水仙的思想，加强了宗教的思想控制，使手下人悍不畏死。当然了，万一被人家砍了脑袋怎么办，是不是就没人敢冲锋了？放心，如果不是掉水里淹死的也没关系，只要你入教了，死后就可以“尸解”、“蝉蜕”，虽然没有成为水仙更有前途，但也比普通人死了去地府强得多，放心拼命就对了。也正因为这种洗脑似的宗教宣传，在行军过程中，有的妇女由于带着婴儿不方便，甚至舍得把孩子扔进水里，意思是孩子先去仙界享福，等以后老娘也去的时候，照样还是你妈，足见这种蛊惑的威力。
当然，变化也是肯定有的。经过两百多年的历史变迁，又经历了两次人口大迁移，离开了生它养它的巴蜀大地的五斗米道，怎么可能一点改变也没有？除了地域、政治上的客观因素的影响以外，五斗米道和南方本地宗教、巫鬼方术以及残余的太平道的融合发展过程中，促使自身适应、改变的同时，实际上也对道教的整体发展、完善起到了积极的作用。
从孙恩等利用宗教发动起义的这些教团分析，他们为了更好得利用宗教实现个人的或一部分人的利益，取消了五斗米道的“治”的单位，不再提倡诸如三官手书、盟威科仪等对于战争和统治没有实际意义的部分。仓廪足才知礼仪，连吃的东西都要靠抢的一群人，谁和你讲什么科仪？
最大的不同之处表现在组织领导的统一性方面。五斗米道从南渡以来，内部便不再是一个统一的、团结的整体了，开始有了不同地域的团团伙伙，有了不同的利益圈子。除了孙恩、卢循以外，组织起义的还有诸如李特、陈瑞、张昌、丘沈、刘伯根、王始、李脱、李弘、李金根、卢悚等，这些人基本上都是有自己的小团伙，相互之间并也没有统一的组织领导，他们还表着不同的士族集团，有着自己的地盘、利益，相互之间甚至相互仇杀、攻伐。比如孙恩和司马元显这对师兄弟就是对死敌，孙恩同样把五斗米道的忠实信徒王凝之给咔嚓了。
考证这些参与起义的领导人可以找出很多共性之处，已故史学家田余庆先生总结了六点：一、同为侨人；二、同为寄寓江左的次等士族；三、同奉道教；四、共为婚家；五、同活动于建康以外而不得进入东晋政治中枢；六、同有突破门阀政治限制的要求。这些起义领袖起义的动机和结局其实和孙恩没什么区别，本质上还是要充分利用宗教和民怨谋求改变自己小士族的地位，向大门阀、大士族争取更多的权利，至于要推翻皇权，为天地立心，为生民立命，为往圣继绝学，为万世开太平，对不起，那是儒家的事，与我等道士没有半毛钱关系。跟着拼命的百姓们怎么办？你想多了，那只是工具，都管饭了，再提要求你不脸红？