实际上这个问题不但教外的人弄不清楚，就连教内也有不同的观点。比如上面讲到的林兆珂，他从安庆太守任上退休以后就开始编写《林子年谱》，里面就把林兆恩和三一教定性为儒学正宗、心学圣统，很明确地表示林兆恩就是一位成就非凡的大儒。相信林兆恩坐上教主宝座之前应该也是胸怀这样的理想吧，不过当上教主以后是怎么想的就不好说了。
另外就是卢文辉，包括二传弟子陈衷瑜等，他们这一支，嗯，正统的一支，种种行为表现得俨然就是宗教才有的。他们认为林兆恩教主绝对不是一个人，而是一个无所不能的圣人，甚至更有意思的是，还有一种说法称林兆恩是弥勒的化身。
卢文辉还曾经做过一首谶纬诗，在三一教中广泛流传：
道脉相传自有真，
东山乌石现麒麟。
混元五百三龙会，
孔老释迦合一身。
有人解读分析这首诗，意思是说500年后，正好是林兆恩诞辰500周年，大概算了一下，应该是2017年的时候，会有三龙聚会的大事发生，林兆恩则会挟大势回归，不但真正成就圣人之位，三教也会真正实现合一的壮举。
2017年已经过去了，道友们可以回想一下那一年发生过什么大事，十九大胜利召开、朴槿惠下台、《人民的名义》霸榜、佛系成为热词……似乎没有什么和林兆恩回归现实并且一统江湖有关系，看来这个教主就算回归了，估计也没有造成多大的轰动吧。
总之，无论三一教是一个民间的学术团体，还是一个宗教组织，或者说就是一个道教教派，不同人有不同的观点，道友们支持哪个阵营就自己选边站队吧。
下面主要讲一讲三一教的儒、道方面的东西。
三一教是本着佛、道、儒三教合一而归儒，儒再归孔子，所谓的“归儒宗孔”，显然，林兆恩的思想体系还是以儒家为主的。
林兆恩认为孔子的学问也是心学，三教归儒也是要宗孔子之心。因为三教研究的都是心身性命之学，孔子研究心性，尽心知性，黄帝老子研究心性，性命双修，释迦牟尼也研究心性，明心了性，心、性、命是一样的，贯一、得一、归一，天下的学问不就是相同的了吗？
就是说，在三一教的认知中，三教不但在理论方面可以达成一致，在立身处世上也是相同的，无非是内外双修罢了。内为心性，外为人伦，都要内外兼修，从古到今哪有什么不同？
林兆恩受王阳明的心学影响很深，对朱熹的思想同样也吸收了很多，他认为自己的心是虚的，因为虚才可以明，才不会被外物蒙蔽，类似于本来无一物，何处惹尘埃的境界。心明了，就可以很自然得恢复本体，就是达到虚明的状态。当然了，具体怎么才能达到虚明的状态就不展开讲了，不过有一点需要提出来，就是林兆恩对朱熹的思想总体上还是批判得多一些。比如林兆恩曾经注解过四书，其中有《大学正义》，仔细研究的话就会发现，他对朱熹的明德、格物是不怎么赞成的，仅对持敬有所继承，而且还通过持敬进一步发展了格物和主敬，从而形成了三一教的一套主敬存心的修养方法。
三一教是以“心身性命之学”为基础的，以儒家的纲常礼教立本，以道教的修身炼性入门，以佛教的虚空本体为极则，以世间法和出世间法一体化为立身标准，以归儒尊孔为宗旨的，所以说三一教实质上就是三教归在一个心字上，这就是三一教的思想体系。
当然了，如果展开讲的话，这又是一个很大的话题，道友们清楚这一点就可以了。其实这也很正常，王阳明的心学取代程朱理学，是有着资本主义萌芽的大背景的，被生活在那个时代，而且还是长期活动在东南沿海一带的林兆恩所接受并一点也不奇怪。
这里的关键是以儒家思想为核心的，心性就是伦常，伦常也就是心性，换言之就是心性的内容就是伦常，所以教导人必须遵守三纲五常，为的是救世，缓解社会矛盾。早年，应该说是森兆恩一生都在致力于宣扬三纲五常，而且还曾经自号三纲先生。当然，林兆恩的号比较多了，特别是晚年还自号混虚氏、无始氏，显然对自己的地位非常有自信了。
林兆恩说，现在的儒家支离，道家沉迷在炼精化气那套，佛教只看重空、忘，是三教有问题吗？并不是，而是三教的后人出了问题，没有理解圣人们的本意。“非三教也者，非以非三教也，以非三教之流者也”，三教的道是相同的，无非就是追求本心本性，恢复本来纯净无垢的心性。三教的圣人所传下来的道，也都是为了让后人能够发现本心，明白本自圆成、自然清净的道理。“教本于道，道本于性，余于是而知能性吾之性以为性，则孔、老、释之道可得而道。”
还是回到本章开头的问题上，之所以后人对三一教的定位有分歧，主要是林兆恩在儒家思想的基础上将三教统一在德性伦理上，以全善之德为人性的内在规范涤炼自心，认为这就是儒家立本，道教入门，佛教极则的功夫，而三者又是以立本，即人道为前提的。下面要讲三一教的重要典籍《九序心法》，同样体现了入门必须先要学怎么做人，三纲五常是最低标准吧，所以，林兆恩还是偏重于儒家的。
三教合一一直在讲，从唐代以前道教主张三教同源，但是大家都是喊喊口号，没有把它当作一个严谨的课题去专心做，也没有人踏下心来把这套理论研究透了。林教主说了，三一教就是以儒家的人伦纲常，对，就是统治阶级喜欢的这个作为了立教的成人之本，道教的那些法术、功法等等就是修身养性之本，仔细体会感悟佛教的空就是证得大道之本，三者都是根本，缺一不可。