周太谷的圣功，实际上是以易为宗，以儒学为主体，兼摄佛道，见性养命的三教合一的思想具现，门内的弟子自称圣功弟子。
具体讲什么是圣功呢？
易经的蒙卦说“蒙以养正，圣功也”，蒙卦是万物还未生发的状态，所以有开蒙一说，从另一个角度也可以说是一种至纯至圆的，还未受后天污染的性的境界，周太谷说这就是天性。这个天性是在命和身里面，所以二者缺一不可，性又有着自己的性质，周太谷称之为“合德”，“合德为性”，也就是说性是符合天道的，他进一步用易经里的艮和兑二卦加以解释：“天之赋我曰命，父母赋我曰身，合德曰性。合德者，艮也。其分道者，则兑也。”
什么意思呢？艮兑二卦分别生成咸卦和损卦，兑上艮下是泽山咸，艮上兑下是山泽损，咸卦有虚怀若谷的意思，损卦有防小人的意思，这样就和内圣外王联系了起来。从无染的蒙卦，推出人的本性，又引出“分道曰情”，情这个字是从性中来，是性之所感，也是有顺天合德的意思。
儒家的经典有内外两层，就是常说的内圣外王，内圣是修身养性，外王虽然是政治伦理，但同样是修身的指南，所以内圣和外王本来就是一回事，这就是周太谷悟到的圣学，是太谷学派的圣功。
圣功就是要从以性养正，从修诚开始，七情六欲和五脏相通的理论，调养身心要“一心清静，寡欲少贪”，实际上这就是天人合一。
从周太谷的遗著中可以看出来，他的学问里有易学，什么河图、象数，他还非常推崇宋明理学，什么程、朱、陆，还精通佛、道，所以，太谷学派是综合三教，当然比较多的还是对道教的引入，形成的一个儒家学派。
因为太谷学派的内部文献不好找，所以早期的学者大多试图通过研究太谷学派重要的传人来研究学派的思想，比如刘鹗、李光炘、张积中和黄葆年等。刘鹗就明确表达过三教合一的思想，李光炘、张积中、黄葆年等也都有类似的说法，可见三教合一的思想是太谷学派所接受的。
李光炘在南方传道，对佛学文化吸收了很多，甚至对某些思想加以改变，另立新说，比如正法眼藏、根尘、果报等等，甚至还重新定义阿弥陀佛，说这就是三教一家的意思。李光炘对周太谷的圣功之学进行过总结，说佛道传承不绝，代有圣贤，今天有龙门派和念佛宗（净土宗），师傅则在佛道二教的基础上创立了圣功，圣功就是脱胎于佛道二教的，所以理学家说佛、道是异端是不对滴。在这一思想指导下，李光炘深入研究后，提出了用道教的“心息相依”，佛教的“转识成智”来完善圣功。
心息相依前面讲到过，是南宗的秘法，李光炘研究出了一套修炼功法并传给弟子，按他的功法修炼就能够“心息相依，真不死也”。近年来作相关研究的学者非常多，有兴趣的道友可以找找相关资料看一看。据说李光炘和张积中以易经为基础，还开创过一套“目诚”的修炼功法，教给弟子们修炼，据说可以成仙。
张积中对佛学思想研究更多一些，比如六妙门、六根清等等，对佛学思想有更多的新见解，他吸收进太谷学派中的佛学思想就更多一些。
同样，蒋文田、黄葆年和刘鹗等人，同样对佛学思想有所吸收，并有新的理解，就不一一讲了。对了，刘大绅还在易学体系上进一步对儒道同源加以了分析，缪篆也在这方面有所研究。有意思的是，缪篆和钟泰有一个观点，说庄子的学问出自颜回，就是“庄子儒门说”，显然是在儒道同源的基础上得到的结论。总体看，虽然太谷学派是以儒为主，但把佛、道的地位抬得也相当高，甚至用同等的高度来对待。
最后总结一下太谷学派的性质问题。
因为太谷学派的大师们的学问是相当高的，内部用的教材又不排斥佛、道，所以自然会引起腐儒的针对，甚至被冠以邪教的名称。另外，因为在讲学时大多是不对外的，师傅带徒弟，心口相传，很多东西是不落实到纸面上的，学生学的时候自然感觉这是秘法，外人听说后也会有一种神秘感，这是什么性质，明显宗教色彩嘛。
那么太谷学派是一个教派吗？
首先，无论真假，周太谷早期确是带有道教色彩的，他学过道，还在庐山悟道，黄葆年就说“太谷挂术士牌子”，所以难怪内部、外部人都感觉这个学派有点神秘了。
太谷学派的成员是以士人为主，师徒、亲戚、朋友等各种关系把他们联系过来，这也是一个特点。三一教、槐轩学派和太谷学派一样，都是以士人为核心的组织。按理说这么一个以士人为主体的学派，以儒学思想是基础，言必孔孟的，就因为老大不像个教书先生，更像是个道士，教内弟子学的东西除了四书五经以外，还有静养、内丹术等。悄悄告诉大家，太谷学派是奉“太虚大辰大天尊”为至高神，还有一种称为俎豆的仪式，逢年过节的拜神仪式也基本上套用道教的斋醮套路，所以他们内部的确是有宗教色彩。
另外，太谷学派在内部搞了两个并列的宗教系统，一个是尊大虚大辰大天尊为最高领导，下设大阴天尊、大阳天尊、众星星主天尊、列宿宿主天尊；另一个是尊大社后土大神后为老大，与大虚大辰大天尊并列，下面则设了雷电神后、风云神后、雨露神后、稼穑神后。从性别上看，这二套班子是男女分治的，门内有特殊的参拜程序。
这套东西后来被张积中发扬光大，并和圣功联系起来，使门人的凝聚力极高，所以黄崖教匪案中两千多门徒无一投降，或被杀或自焚，足见这套系统的效力，显然是宗教性质了。张积中死后，李光炘对于道教的引入更加谨慎，避免再次收起官府的注意，当然这并不是意味着太谷学派对道教对宗教就开始排斥了。