刘裕被卢循所派的偏师吸引，前往白石垒驻守，徐道覆得到回报后率领变民军精锐强攻淮口查浦。
淮口及查浦坞外密树木栅，将通路阻断，徐道覆下令以小船载引火之物靠近，以火箭点燃火船，立时烈焰升腾，浓烟滚滚。
待木栅被烧尽，徐道覆带着舰队登秦淮河南岸，绕开查浦往东直往张侯桥。张侯桥，三国时吴国娄侯张昭所建，故名。桥东便是越城坞，建武将军王仲德率军驻守于此。
查浦驻将徐赤特见乱民军从坞下经过时队形杂乱，毫无阵形，动念攻击。派人请示石头城中的沈林子，沈林子以“人少不宜出击，要坚守待援”劝阻。
这位徐参军听过当年刘录尚书事以一人逐千人的壮举，认为贼军人数虽多，但坞中有千余将士，对付乌合之众的变民还不是手到擒来。
立功心切，于是不听沈林之的命令，徐赤特率领查浦坞中的将士出战，准备趁变民过张侯桥时衔尾攻击，与越城坞内外合击大破敌。
美梦很快被现实粉碎，刚出查浦不远，后方伏兵四起，徐道覆率军截断后路。徐赤特一看中计，忙下令突围回查浦坞。
乱民军结成弧阵，手持兵刃皆是缴获晋军，装备精良，不次于徐赤特的兵马，人数更远在其上。徐赤特急着返还查浦，指挥兵马直冲，结果伤亡惨重。
看到麾下纷纷倒地，徐赤特傻了眼，原来录尚书事的神勇不是每个人都能做到。仗着水性好，徐赤特脱了身上的甲胄，钻过木棚，跳入秦淮河中，游向北岸。
徐道覆将官军歼灭，回师攻打查浦，查浦内只剩下二百官军，变民军很快攻占了查浦。
得知查浦坞丢失，沈林子大惊，一面派人向刘裕告急，一面与刘怀慎带了两千兵马赶往朱雀桥。秦淮河上二十四桥(1)皆是浮桥，以朱雀桥最大，正对建康南门朱雀门，桥南东侧便是乌衣巷。
过朱雀桥便是御道，由南往北是盐市，太社和太庙，百官府舍，尽头便是皇城宣阳门，若让变民军过了朱雀桥，建康城便只剩下皇城可守了。
秦淮河上的其他浮桥皆已拆除，只留下朱雀桥还在通行，方便从北岸支援南岸。
沈林子赶到时，变民正在攻打越城坞，尚未过桥。沈林子松了口气，率军过桥，此时乌衣巷中世家组织了二千部曲前来增援。
生死关头，官军与世家部曲全力合作，沈林之领着军队凭着木栅而守。徐道覆率军冲了两次，见防御森严，索性带了兵马一路往东攻打丹阳郡。
此时，卢循率大军从查浦登陆，没有争夺越城坞，而是直接加入攻打丹阳郡。参军禇叔度见变民军数量已经超过四万，知道守不住了，趁着围三阙一之际，保护丹阳尹的郗僧施等人通过朱雀桥逃过秦淮河，丹阳郡被变民所夺。
刘裕得知查浦坞丢失，变民军已经登陆的消息，知道中计，卢循主攻的方向在淮口，急忙带了两千精锐返回石头城。
回到石头城天近傍晚，收到丹阳郡丢失的消息，索邈、刘钟等人请求即刻援救越城坞，夺回丹阳郡。
刘裕没有急着过秦淮河，而是让兵丁先行吃饭歇息，等恢复精力后才过朱雀航来到南塘一带布防。
第二天，徐道覆率领六千精锐逼近朱雀桥，建康近在咫尺，变民个个奋勇当先，想着杀进城去烧杀抢掠。
一个时辰不到，六千兵马便死伤千余，徐道覆见晋军斗志旺盛，率军退回丹阳郡。
徐道覆来见卢循，准备晚间带人潜过河去，卢循却告诉徐道覆一个不好的消息：军粮只够十日所需，让他先带人搜寻粮草，择机再战。
晚间，秦河岸北岸灯火通明，整个堤岸有如长长的火龙，每隔五十步便有一座箭楼，徐道覆率军潜至骠骑航处，浮桥已拆，河对岸灯火通明，人影幢幢证。
军中将士夜间视物困难，强行进攻损折太大，徐道覆心知无机可趁，只得作罢。
第二天，卢循派兵南下前往长干里、小长干、东长干以及南市一带搜寻粮食，刘裕早在他们到来之前便把百姓迁入建康城中。一天下来，变民军所得甚少。
徐道覆继续率领兵马攻打秦淮防线，卢循坐镇丹阳郡，派出大量兵马南下抢掠，可是沿途村庄早已空无一人，便连附近的县城也人去城空，田中稻谷要到八月才熟，现在只能喂马。变民军的粮食补给多靠番禺、始兴和浔阳方向走水路运送。
六月八日，天子新任刘裕为太尉、中书监，加授假黄铖，把建康城的安危交于他的手中。刘裕受黄铖，辞太尉和中书监。
战事僵持，自六月十五日开始，有兵丁成群结队从襄阳返回建康城，十天时间便聚集近四千人。刘裕没想到杨安玄居然真的放归了被变民军俘虏的朝廷兵马，辨识之后将这些兵丁充实到秦淮防线中。
郗恢、阴友齐等人表奏杨安玄之功，司马德文得知襄阳将大半被俘官军遣返、建康城中战力提升的消息，下旨擢升杨安玄为卫将军，顶了刘毅的缺。如此一来，朝廷职级最高的将军便是杨安玄了。
接连十余天，变民军在徐道覆的率领下与晋军展开激战，可是想尽办法也冲不过秦淮河，而且官军有越战越勇之势，变民军士气低迷。
徐道覆发现北府军训练有素，相比之下自家军队真是一群乌合之众，什么战阵战术根本不懂，只知凭借血勇之气乱杀一气，顺风时士气高昂，遇逆则垂头丧气。
卢循也有些垂头丧气，被晋军阻在秦淮河南岸将近月余，粮草补给越发变得困难，再不走恐怕走不了了。
等徐道覆归来，卢循道：“此次攻打建康历时一个多月，粮草将尽，不宜再滞留。愚有意率师回浔阳休整，然后夺取荆州，再慢慢与建康争战。”
攻不过秦淮河，麾下兵马士气低落，徐道覆亦打算撤出建康休整一番后卷土重来。为防晋军发现大军撤走，徐道覆依旧带着兵马进攻南塘、越城一带，卢循率军撤出丹阳郡，在淮口一带驻扎，派遣船只攻打石头城。
得知石头城被攻，刘裕回到石头城，此时他信心百倍，这几日变民军的进攻变得有气无力，分明师老兵疲，只需抓准时机便能击溃卢循大军，解建康之围，立不世之功。
变民军围城月余，刘裕的声望如日中天，不仅在民间口碑极佳，另一方面刘裕与京中门阀的关系得到了改善。