原来在二代火影牺牲后，猿飞日斩成了三代火影，团藏、转寝小春和水户门炎成为了木叶长老，秋道取风不争权也不恋权便回到秋道家族教导后辈，而对于宇智波镜，二代火影留下遗志要么宇智波镜回到宇智波家族平和宇智波一族或者是以秘密身份进入暗部守护着木叶。
原本宇智波镜是选择回到家族，但猿飞日斩不想错过这么一个高端战力，劝说宇智波镜让他担任自己的火影护卫队，给出的理由是宇智波一族与村子关系紧张，宇智波镜作为唯一一个维系两者之间的纽带，一旦宇智波镜回到宇智波一族那么之前宇智波镜的所有努力都白费，木叶村与宇智波一族的关系就会急剧恶化。
在猿飞日斩的种种劝说之下宇智波镜最终答应担任火影护卫队。在第二次忍界大战中，宇智波镜奉三代火影的命令去雨之国支援自来也、纲手、大蛇丸三人并带去情报，让其小心山椒鱼半藏和千代的毒素。
可谁知在途中宇智波镜竟遭遇伏击，宇智波镜不敌被毒晕，等到再次醒来就是在木叶的战备医院，听说是志村团藏救下的宇智波镜。但遗憾的是宇智波镜的两只万花筒写轮眼被人挖去，伤养好后回到木叶，在猿飞日斩的安排下移植了一双普通的写轮眼并不在担任火影护卫队成员，而是以生前二代火影安排的秘密身份进入暗部，就这样一步一步在自己的努力和猿飞日斩的帮助下成为了那个神秘的暗部部长。
念休一开始听到事情的原委猜测是志村团藏拿走了宇智波镜的写轮眼并且猿飞日斩知道，所以猿飞日斩才会帮助一个宇智波人成为暗部部长。现在暗部部长的身份曝光，宇智波镜已经不再适合担任暗部部长，在纲手的安排下一个神秘的新的暗部部长上任。
夜晚念休正在家中整理明天任务要的东西。上次纲手给自己安排的任务，因为村子里的各种事情的发生拖到现在才准备去完成。就在这时念休突然晕倒整个人趴在地板上，这时一个黑衣人推开门进来，看着地上的念休，黑衣人走到念休跟前立马拿出一把苦无朝着念休刺去。
就在苦无快要刺中念休时，一只手从从一旁突然出现抓住了黑衣人的手腕，接着那趴在地上的念休变成一团烟雾，念休一只手打晕对方说道：“又抓到一个想害朕的人！让我看看到底是谁！”
原来念休晚上一回到家救察觉到自己房间被人下来幻术，在念休的感知中这个幻术等级可以达到a级，但对于拥有万花筒的念休来说根本不值的一提。念休倒要看看这么晚了到底是谁这么不长眼敢来他的家下幻术，于是将计就计终于等到对方现行，哪想到一个手刀就把对方打晕了。
念休用手掀开黑衣人的黑袍惊呼：“夕日红！”看清来人是夕日一族的大小姐，念休心想：“自己应该和夕日一族无仇无怨吧！为了给阿斯玛报仇吗？”也不看看自己有没有那个实力，才一个中忍就敢来刺杀一个超影高手，也不知道谁给她的勇气，爱情的力量有这么大吗？
念休敲响了富岳的大门，好一会里面才传出富岳威严的声音：“进！”念休推门而入，才发现里面不只富岳一个人，宇智波美琴也在，念休还没意识到问题和宇智波美琴打起了招呼：“族长夫人好！”美琴听了后脸立马红了起来，然后快速离开了富岳的办公室。
富岳见美琴离开才开始问：“念休，这么晚了还不休息，你明天不是还要出村去执行任务吗？”
“族长，刚刚我在村子里遭遇了刺杀。”
“什么！是谁抓到了吗？哪个憨批这么大的胆子敢来宇智波族地刺杀天魔刀？”富岳听到还有人敢来刺杀念休也极为震惊。
念休发现族长异常的激动想起刚刚的宇智波美琴，念休才知道自己犯了什么错误，然后有些尴尬的说：“族长，人已经抓到了，是夕日红。”
“夕日红？”富岳听到这个名字想起村子里传言她在和阿斯玛谈恋爱便说：“难不成是因为阿斯玛？”
念休回答说：“也许吧！族长她被我打晕在房间，现在怎么办？”
“他敢刺杀我们宇智波一族的人，那就必须付出代价！当然是闹得越大越好哦，要让所有人都知道我们宇智波虽然这几年收敛了气性，但也不是好惹的！”宇智波富岳霸气的说。
于是就安排人去叫村子里有头有脸的人去念休的房子看看夕日红的做法，一定要让夕日一族给宇智波一族一个交代。
很快念休的院外就站满了人，有纲手，有日向日足，有夕日真红，有猪鹿蝶三族的族长等等。
看到人来的差不多了，念休站在宇智波富岳身边，就听见宇智波富岳高声道：“各位，我们木叶最近可真是多事之秋啊！猿飞日斩的事刚刚解决，现在又有人开始针对宇智波念休了，还来在木叶刺杀念休，真是无法无天了！接下来各位就随我一起看看这个贼人是谁！”
众人走进念休的房间，可眼前的一幕可吓坏了大家，怎么会是这样?不是说抓到了杀手吗？
念休自己也被眼前的景象惊呆了，只见白和君麻吕，红三人一丝不挂的躺在床上。夕日真红大怒：“我要这两个小杂种死！”说着便朝床上的白和君麻吕攻去。
念休知道自己这是中计了，便使用飞雷神拦住了夕日真红，说道：“夕日族长这里面一定有误会！”
纲手迅速下令：“所有人都出去！”随着一声令下，众人退出房间，只有夕日真红、纲手、念休三人还留在屋内。