温既将此语传出，遂自广陵诣建康，奏白太后褚氏，请将帝奕废去，改立丞相会稽王昱，并将废立命令，拟就草稿，一并呈入。适褚太后在佛屋烧香，由内侍入启云：“外有急奏。”太后出至门前，已有人持入奏章，捧呈太后。太后倚户展阅，看了数行，便怅然道：“我原疑有此事。”疑奕耶疑温耶说着，又另阅令草，才经一半，即索笔写入道：“未亡人不幸罹此百忧，感念存殁，心焉如割。”写毕，便交与内侍，饬令送还。废立何事，乃草草批答，褚太后亦未免冒失。温在外面待着，但恐太后不允，颇有忧容。及内侍颁还令草，无甚驳议，始改忧为喜。越日，温至朝堂，召集百官，取示令草，决议废立。百官都震栗失色，莫敢抗议；只是两晋相传，并没有废立故事，此次忽倡此议，欲要援证典章，苦无成制，百官都面面相觑，无从悬定。就是温亦仓皇失措，不知所为。仓猝废立，典礼都未筹备，乃百官莫敢抗议，晋廷可谓无人。独尚书仆射王彪之，毅然语温道：“公阿衡皇家，当参酌古今，何不追法先代”温喜语道：“王仆射确是多能，就烦裁定便了。”彪之即命取汉霍光传援古定制，须臾即成，乃朝服立阶，神采自若。逢迎权恶，装出甚么仪态。然后将太后命令，宣示朝堂道：王室艰难，穆哀短祚，国嗣不育，储宫靡立。琅琊王奕，亲则母弟，故以入纂大位。不图德之不建，乃至于斯昏浊溃乱，动违礼度。有此三孽，莫知谁予。人伦道丧，丑声遐布。既不可以奉守社稷，敬承宗庙，且昏孽并大，便欲建树储藩，诬罔祖宗，倾移皇基，是而可忍，孰不可怀今废奕为东海王，以王还第，供卫之仪，皆如汉朝昌邑故事。指昌邑王贺。但未亡人不幸罹此百忧，感念存殁，心焉如割。社稷大计，义不获已。丞相录尚书事会稽王昱，体自中宗，明德劭令，英秀
总计帝奕在位六年，无甚失德，不过奕虽在位，好似傀儡一般，内有会稽王昱，外有大司马温，把持国政。他尝自虑失位，召术士扈谦筮易，卦象既成，谦据实答道：“晋室方如磐石，陛下未免出宫。”至是竟如谦言。温使散骑侍郎刘享，收帝玺绶，逼奕出宫。时值仲秋，天气尚暖，奕但着白帢单衣，步下西堂，乘犊车出神兽门，群臣相率拜辞，莫不欷歔。有何益处侍御史殿中监，领兵百人，送奕至东海第中。一面具备法驾，由温率同百官，至会稽邸第，迎会稽王昱入殿。昱戴平巾帻，单衣东向，拜受玺绶，呜咽流涕。何必做作当即入宫改着帝服，升殿受朝，即改太和六年为咸安元年，史家称他为简文帝。温出次中堂，分兵屯卫，有诏因温有足疾，特命乘舆入朝。温欲陈述废立本意，及引见时，但见简文帝泣下数行，倒也无词可说，只好默然告退。
太宰武陵王晞，与简文帝系出同胞。简文即位，顾念本支，当然优礼相待。惟晞素好武事，又与殷浩子涓，常相往来。浩殁时，温遣人赍书往吊，涓并不答谢，为温所恨，因并及晞。新蔡王晃，系从前新蔡王腾后裔，亦与温有隙。还有广州刺史庾蕴，太宰长史庾倩，散骑常侍庾柔，皆为前车骑将军庾冰子，就是废帝奕皇后庾氏的弟兄。庾后既连带被废，降为东海王妃，温恐庾家族大宠多，阴图报复，于是想出一法，先扳倒武陵王晞，诬他父子为恶，曾与袁真同谋叛逆，因即免官归藩。简文帝不得不从，出晞就第，罢晞子综晞等官。温又迫令新蔡王晃，诬罪自首，连及武陵王晞父子，并殷涓庾倩庾柔等，一同谋逆，且将太宰掾曹秀，舍人刘强，凭空加入，一古脑儿收付廷尉。御史中丞谯王恬，即谯王承孙。阴承温旨，请依律诛武陵王怛。简文帝复诏道：“悲惋惶怛，非所忍闻，应更详议。”温复自上一表，固请诛晞，语近要挟，简文帝手书给温，内有晋祚未移，愿公奉行前诏；若大运已去，请避贤路云云。温览到此诏，也不觉汗流色变，始奏废晞及三子家属，皆徙新安郡，免新蔡王晃为庶人，徙锢荥阳。殷涓庾倩庾柔曹秀刘强，一律族诛。简文帝不便再驳，勉依温议，可怜殷庾两大族，冤冤枉枉死了若干人。炎炎者灭，隆隆者绝。庾蕴在广州任内，闻难自尽，蕴长兄前北中郎将庾希，季弟会稽王参军庾邈，及希子攸之，并逃往海陵陂泽中。独东阳太守庾友，也是蕴兄，因子妇为温从女，特邀赦免。温自是气焰益盛，擅杀东海王奕三子，及田氏孟氏二美人。旋复奏称东海废黜，不可再临黎元，应依昌邑故事，筑第吴都。简文帝商诸褚太后，请太后下令，谓不忍废为庶人，可妥议徙封。温复奏可封海西县侯，有诏徙封奕为海西县公。废后庾氏，积忧病殁，尚追贬为海西公夫人。会吴兴太守谢安，入为侍中，遥见温面，便即下拜。温惊呼道：“安石谢安表字见前。何故如此”安答道：“君且拜前，臣难道敢揖后吗”温明知安有意嘲讽，但素重安名，不便发作，且默记前时女尼微言，也有戒心，因即上书鸣谦，求归姑孰。诏进温为丞相，令居京师辅政。温仍然固辞，乃许他还镇。
秦王坚闻温废立，顾语群臣道：“温前败灞上，后败枋头，不知思愆自贬，遍谢百姓，反且废君逞恶，六十老人，作此举动，怎能为四海所容古谚有云怒其室，作色于父便是桓温的注脚呢。”