故事介紹在與襲擊人類的異次元體“nova”的戰鬥中失去了姐姐的少年青井和哉，被轉入了對異次元體nova的作戰專門學校「傑尼提克斯學院」。那裏是爲了將來與nova戰鬥、少年少女們學習戰鬥技巧的地方。在轉學當天遇到背影神似姐姐的校園女王莎緹萊薩的瞬間，和哉的人生就此發生轉變充滿愛情和熱血的sf鬥劇，在這裏絢爛開幕
相關名詞潘多拉：能夠跟所有現代武器都無法破壞的nova進行戰鬥的女性。通過聖痕移植，獲得常人所無法比擬的能力，同時擁有讓人驚異的自愈能力。女性如果不具備一定數值以上的聖痕適植率就無法成爲潘多拉。
制御者：能夠使用跟nova一樣的「冰結領域」能力的男性。戰場上作爲潘多拉們的搭檔，中和nova所釋放的冰結領域，確保潘多拉們能夠自由移動的空間。要成爲制御者就必須接受已經在潘多拉體內生長成熟的一個或一個以上數量的聖痕。比起成爲潘多拉，男性成爲制御者的適合率是最高的。
傑尼提克斯學院：對異次元體nova專門組織。育成潘多拉以及制御者的軍官學校。在全世界範圍內存在。
同調生體着裝：潘多拉運用聖痕的力量在全身分佈的特殊形態的分子。擁有強力防禦力的同時能夠具現化各種各樣的服裝。由於長時間使用該着裝會對肉體產生負擔，因此僅被允許在戰鬥時使用。但是對於那些運用熟練的潘多拉來說，該着裝不僅被用在戰鬥過程中，連平時穿的制服也經常會以該着裝的方式來具現化。
同調生體武裝星塵武器：潘多拉使用聖痕的力量產生出的武器。武器形態因人而異。
ereinbar：在大腦中，位於比神經元更爲深處的地方控制着人類五感的未知器官。
ereinbarset：指的是潘多拉與制御者共享5感的行爲。在戰鬥中，通過發動ereinbarset，制御者方可使用冰結領域的能力。
冰結領域：nova所使用的能夠讓這個世界上所有物理性運動都停止的領域能力。在傑尼提克斯學院所掌握的聖痕技術下，男性的制御者也能夠使用該能力，從而中和nova所釋放的冰結領域。但是，由於nova的力量非常強大，想要靠制御者來停止nova的行動終究是件不可能的事。
nova：襲擊人類的謎之敵人。唯一被認知的就是擁有使當今存在的所有現代武器全部無效的力量這件事，其他一切信息都不詳。
第8次nova衝擊：四年前，異次元體nova所發動的第8次真正意義上的侵略。types於日本出現，和哉的姐姐和葉用自己的犧牲換來了對這場侵略的勝利。
嘉年華：以學級爲單位，各年級間所展開的被認定爲實戰性質的戰鬥。因爲是決定年級排名的潘多拉間的戰鬥，所以不允許制御者參與。
潘多拉模式：當潘多拉的聖痕活化程度過高的時候，爲了抑制overflow聖痕力量過載暴走的發生而開發的制御系統。該模式發動後，潘多拉的能力會獲得提升，而且在模式限定時間內無需制御者也可以在冰結領域內活動。比起novaforova形態來說雖然性能方面處於劣勢，但是由於該模式可以抑制潘多拉的暴走，所以潘多拉們的安全得到了保障。通常來說這是
在潘多拉昇入3年級以後纔會分配的系統，但出於實驗的目的對於一部分的2年級潘多拉也分配了該系統。既然是實驗目的，2年級發動該模式前必須先獲得使用許可。
高級技巧：以第8次nova衝擊期間青井和葉所創造出的技巧爲原型，開發而成的聖痕戰鬥技巧。由於1，2年級潘多拉肉體內的聖痕成熟度較低，使用的話會對肉體造成負擔因此被禁止使用。以提高速度爲目的的「加速模式」，以增加攻擊次數爲目的的「分身模式」等等。加速模式：：高級技巧當中具有代表意義的一種技巧。是一種提高移動速度的技巧。將聖痕對肉體的負擔提高至極限然後一口氣使之爆發獲得加速的技巧。使用該技巧後，移動速度上會出現飛躍性提升，但是較難轉換方向是該技巧的缺點。1，雙重加速：加速模式的進化形態。在加速狀態下再次對自身進行加速，在進行該第2次加速的同時轉換行進方向。速度方面比起通常的加速模式，可以提高1.5到2倍。，2，三重加速：雙重加速的強化版本。加速到第三次的同時可以轉換行進方向。速度達到普通加速模式的3倍以上。3，四重加速：加速系技能最終形態。加速到第4次後可以進行方向轉換。現階段不存在能使用比這更高速加速技能的潘多拉。4，無間隔雙重加速：與一般的在普通加速狀態下再次進行加速從而提高速度的雙重加速不同，是一開始就不需要加速間隔時間的雙重加速。比起普通的雙重加速在速度方面更快。此外，阿妮特自己將該技巧命名爲「初使雙重加速」。分身模式：高級技巧的代表性技巧之一。將聖痕的同調生體着裝的特殊分子材質加以應用，從物理上製造出自己分身用以增加攻擊次數的技術。但是使用該技巧馬上就會引起overflow聖痕力量過載暴走反應，分身的個數以及維持時間有着一定限制。幻影模式：西馮菲阿查爾德所使用的高級技巧。是“不可能被視覺捕捉，也不可能被對手感知到自己氣息”的技巧。到底是時間停止類技巧還是空間移動類技巧呢，現階段對該技巧的作用原理不明。el集團：對世界各國財經界自不用說，對傑尼提克斯都擁有巨大影響力的大型全球性企業。無論在表世界還是在裏世界都擁有絕對的力量。集團總帥是莎特拉的父親霍華德el布麗姬。聖痕：傑尼提克斯學院在研究nova組織的基礎上製造出的代表最新技術的芯片。「聖痕難道不是使用nova遺傳因子的東西嗎」這樣的流言雖然存在但是傑尼提克斯學院方面對此諱莫如深。根據被移植者的適植率的高低從而決定聖痕的移植數量，通常爲2到4個。數量越多能夠獲得的能力也就越大。洗禮：象徵潘多拉與制御者正式結爲搭檔的儀式。潘多拉將自己體內成熟了1年以上的聖痕，再移植進制御者的體內之後，儀式就算完成。儀式過後制御者將會獲得冰結領域的能力，通過與潘多拉一起發動ereinbarset，從而能夠控冰結領域的能力。生命之泉核苷酸機關：位於日本西傑尼提克斯最底層瑪利亞蘭斯洛特聖骸沉眠的地方。詳細不明。stigsatellitesyste爲了讓無法使用光線攻擊的潘多拉能夠實行遠距離打擊而開發出來的衛星光束炮兵器系統。將衛星傳送過來的光束，通過潘多拉所具現出的sssstigsatellitesyste射，轉變成對nova用光束炮進行攻擊。這就要求潘多拉必須具備能夠瞬間計算攻擊對象的座標，以及將光束轉變成對nova用光束的能力，因此能夠使用該技巧的潘多拉很少。冰結領域中和：意指利用自己的冰結領域能力來抵消對方的冰結領域。如果使用者能力高的話，不僅能將對手的領域抵消，進而還能將對方冰結。