在這一到兩年的時間裏，軍機處便要爲全大明兩百多萬的衛所軍的改制設計出比現在的京軍改制還要龐大且複雜的計劃來了，而且地方上的衛所軍畢竟不是京軍，現在朝廷對於地方上的軍隊的掌控已經不像大明朝初期那樣的順利了，再加上有些地方山高皇帝遠、地方上士紳豪族實力強大，對衛所軍的滲透也強大，弄不好便會有人被這些士紳豪族拉着走向造反的道路，所以未來的衛所軍改制也要對可能出現的反叛的行爲有所預計，並且詳細的應對計劃也是必不可少的。.
隨着禁軍的軍營重新關閉，月餘以來一直穿梭在京城各個街道上的軍卒們也瞬間消失的乾乾淨淨的，進來被他們弄得有點混亂的治安又重新的恢復了平靜。而沒了那些軍卒的搗亂了，五城兵馬指揮司的壓力也一下子減少了大半，他們再也不用整天沒日沒夜的在大街上巡邏了，雖然他們也是軍人，但是軍人也是人啊，整天穿着盔甲、拿着武器在大街上一轉就是一天，時間長了就是鐵人也受不了。
趁機，朱厚照也開始了對五城兵馬指揮司的拆分。在後世一幫一個國家的首都治安等問題是需要警察、武警以及火警等好幾個系統相互協助着保障的。但是啊在明朝並沒有警察局。也沒有武警部隊，更沒有消防局，而這些人的工作以及任務卻全都有五城兵馬指揮司擔任着。
但是五城兵馬指揮司的制度也存在很多問題，首先一個五城兵馬指揮司人數以及經費有限但是他們卻要完成本該好幾個機構一起才能完成的任務，這首先就造成了五城兵馬指揮司的任務過重，而另一方面五城兵馬指揮司在京城當中雖說被分成了互不統屬的五部分，但是畢竟大家都是五城兵馬指揮司的，是一個機構的，所以總體上來說五城兵馬指揮司缺少與他制衡與監督的機構，也就是一家獨大。長此以往這是很不利於京城的穩定的，畢竟五城兵馬指揮司一家獨大在很大程地上想幹什麼就幹什麼，很少有人能夠管到它。
五城兵馬指揮司一開始的作用很好，據說。兵馬司初設時，街區凡有水火盜賊及人家細故之或須聞之官者，皆可一呼即應，救火、巡夜，清廉爲政，不取分文。但是到後來日久弊生，始而捕盜，繼而諱盜，終且取資於盜，同盜合污。不得人心。
也就是有了朱厚照了，五城兵馬指揮司這幾年的形象纔好了起來，現在雖說五城兵馬指揮司還沒有恢復到最初的街區凡有水火盜賊及人家細故之或須聞之官者，皆可一呼即應，救火、巡夜，清廉爲政，不取分文的情況，但也差不了太多了。而這也和現在京城內的人數和城池的規模不斷擴大但是五城兵馬指揮司卻始終沒有擴編過所以人手不夠了有關。
五城兵馬指揮司現在是轉好了，但這畢竟不是長久之策，現在情況好了那是有朱厚照在一旁督促着呢。但是如果未來朱厚照駕崩了之後呢，誰知道會不會再次變成同盜同污的情況呢。
所以現在趁此京軍大動的機會朱厚照一舉將五城兵馬指揮司也給拆分了得了，在京城當中五城兵馬指揮司是一個並不弱於錦衣衛以及東廠的龐大的機構，但是和城外的三十多萬京軍相比，五城兵馬指揮司還是太不足爲慮了。在全天下人的眼光全都集中在京軍上的時候，沒有多少人會過多的關注五城兵馬指揮司。
依照朱厚照的聖旨，拆分之後的五城兵馬指揮司將分成三個機構，一個是負責尋常治安以及緝盜捉拿罪犯的五城巡察司，而另一個是充當救災任務的五城消防司，五城巡察司其實就和後世的警察局一個作用，而五城消防司自然擔任的是消防局的任務了；至於五城兵馬指揮司則繼續保留了，不過以前直接上街維持治安、緝拿盜賊以及處理災禍的工作將不再由五城兵馬指揮司擔任，被拆分之後的五城兵馬指揮司則將作爲一個保衛京城的部隊存在，其實其實質和後世的武警差不多。但同樣的，五城兵馬指揮司也是屬於軍隊序列的，其來源也多是直接從軍隊當中選拔的。
拆分之後五城巡察司以及五城消防司則將歸屬到順天府的管轄之下，順天府作爲京城以及京城京郊二十多個縣城的直接管理者負責這兩個機構最合適不過了。而五城兵馬指揮司則繼續歸屬於兵部，平時受兵部的直接調遣。不過除此之外，五城兵馬指揮司以後也要聽從內閣的管轄了，也就是說五城兵馬指揮司從單一上級變成了雙重上級了，從今以後它就要接受雙重領導了。
而且新成立的五城巡察司和五城消防司與五城兵馬指揮司採取了相同的設置方式。分別設立中、左、右、前、後五個分屬的機構。五者之間還是互不統屬。如果有必要的話，未來可以再五個分屬機構下面在設立第一級別的機構，就像後世公安局下面還有派出所一樣。這是一個相對來說比較合理的設置方式。
很幸運的以前的東城兵馬司指揮使謝天恩這個時候被朱厚照給想了起來，考慮到謝天恩的忠心以及辦事的能力，朱厚照決定將新成立的五城消防司暫時交給他負責，在朱厚照的眼裏謝天恩這個人性格平穩，雖然爲官的時候沒有什麼驚天動地的大功勞，但是此人爲官卻是一心一意的爲老百姓謀利，從他當東城兵馬指揮使的這幾年裏東城最好的治安以及最好的聲譽便看得出來。
作爲一個善於服務型的人才，把五城消防司交到他手裏最好了。就衝他的實幹勁頭，朱厚照相信不出半年他就能夠將五城消防司的名頭立起來。而謝天恩走了之後東城兵馬司指揮使的位置則有其副手接替。
而五城巡察司朱厚照則任命了蕭納言暫時主官，蕭納言和謝天恩一樣以前都是五城兵馬指揮司的指揮使，不同的是謝天恩形式風格光明磊落。而蕭納言則不但看起來給人一種陰翳的感覺，行事也是有點偏向於狠辣，不過他最好的便是辦起案來不畏強權、六親不認，就像孝武皇帝時期的酷吏張湯一樣的人。