所以，農民反抗鬥爭不斷髮生。
明代土司制度下廣西各族人民的反抗鬥爭，就是各族人民同封建朝廷和地方土司之間的矛盾日益尖銳化的必然產物。
其中規模較大、影響較深的農民起義，有大藤峽起義、府江起義、古田起義、八寨起義等。
我們現在從廣西土司制度的淵源與發展來看，“明代是廣西土官制度的鼎盛時期，也是廣西土官制度衰落的起點”。
明朝統一全國後，隨着社會的發展，土司制度所固有的各種弊端日漸暴露出來。
土司官族內部和土司與土司之間，常因爭奪襲位或土地而產生矛盾與鬥爭。
同時，由於土司制度具有濃厚的封建割據性，土司政權與中央政權之間也極易產生矛盾和衝突。
於是，封建統治者爲了進一步鞏固和加強封建中央集權統治，在對各種現實條件進行分析和對自身各種權益作了考量之後，決定對長期存在的壯族土司制度進行變革和實施改流。
“改土歸流”因而也成爲明代廣西壯族土司制度的一項重要內容，所以不止是清朝，早在明朝就已經在推廣這一制度了。
不過這卻並沒有那麼容易，其中的爭議相當之大，例如首先就是關於設土與設流的爭議。
因爲改土歸流觸及上至明朝廷各個階級、階層或集團的利益，下至壯族土司及壯族民衆的利益，特別是涉及多民族國家的邊防問題。
因此，在改土歸流問題上，朝廷內外、朝野上下存在着思想認識上的不統一和認同上的較大差異。
於是，各方或主張設土，或主張設流，或主張流土兼治，意見紛呈，異議迭現，在改流進程中出現了思想交鋒。
持“設土論”者，大多遵循傳統的“以夷制夷”思想，鑑於壯族土司在穩固邊疆防衛與維持地方社會秩序中具有一定作用，因而力主保留壯族土司的世襲統治地位。
他們當中以王守仁、林富、揭稽、姚鏌等爲代表，其中尤以王守仁的議論最具代表性。
嘉靖六年1527，任兩廣總督兼巡撫之職的王守仁，親赴廣西鎮壓思恩、田州苗民起義和黔江流域的大藤峽瑤民起義，平復地方，“以圖久安”。
他從壯族土司防邊作用的角度出發，以爲“必須仍存土官”，反對思恩、田州等土屬地方改流。
“夫流官設而夷民服，何苦而不設流官乎，夫惟流官一設而夷民因以騷亂，仁人君子亦安忍寧使斯民之騷亂，而必於流官之設者。土官去而夷民服，何苦而必土官乎，夫惟土官一去而夷民因以背叛，仁人君子亦安忍寧使斯民之背叛，而必於土官之去者。”
在這一思想的指導下，王守仁權衡利弊，認爲非用土官不可，但亦應以流官知府加以控制。
持“設流論”者，多從“夷夏之防”、“以夏變夷”的觀點出發，主張設置流官對壯族土司區進行直接統治。
他們以姜綰、蕭東潭、蘇濬、徐霞客等爲代表。
據史書記載，弘治中，慶遠知府姜綰，“總督劉大夏奇其材，薦爲右江兵備副使。
明代著名地理學家徐霞客也明顯傾向於“設流論”，力主對鬧事作亂的土司予以嚴懲，設立郡制，改土歸流。
針對當時田州與歸順爭奪鎮安嗣位、歸順借交趾莫夷之兵出戰的情況，他指出:“糾夷有闢，土司世絕，皆有當憲。
今龍英、鎮安正當乘此機會，如昔時太平立郡故事，疆理其地。”
除上述情況外，時朝廷內外、朝野上下亦有部分官員鑑於廣西民族地區的實際情況，遊移於“設土”與“設流”之間，主張或土或流，當因地制宜。
針對這些爭論，明朝廷有針對性的做出了迴應，在一些矛盾較爲突出的壯族土司統治區實施改土歸流政策。
“明朝統治者既要考慮處理民族關係、實現以夷治夷、以夷攻夷的需要，又不能過多地放棄流官統治下地主階級既得的政治、經濟利益，於是採取了折衷辦法:第一，大土司儘量少設，小土司可以多設;第二，不論設置大土司還是小土司，都要採取適當的措施，以防坐大。”
不過明代廣西的改土歸流並非一帆風順，更非一蹴而就，而是經歷了一個曲折而漫長、尖銳而複雜的鬥爭過程。
據統計，整個明代在今廣西地區實行改土歸流共16處。
但是在這期間出現了較大的反覆性，不少原已改由流官治理的州縣又重新恢復壯族土司的世襲統治，個別土州、縣在土、流之間反覆更替。
譬如，忻城縣，元以土官莫保爲八仙屯千戶，洪武初設流官知縣，弘治九年1496年復爲土縣。
南丹土州設置不久，土知州莫金因“以叛誅”，洪武二十八年1395年“廢州置衛”，後因其地多瘴，“既而蠻民作亂，復置土官知州，以金子莫祿爲之”。
上林長官司，成化年間改流後，弘治年間又復土，“正、嘉、隆、萬間，朝貢猶時至”。
利州，自知州岑顏被泗城土官岑豹殺害，奪去州印後，“遂以流官判州事”達數十年，終於嘉靖二年“歸併泗城”，以土官復辟而告終。
左州，改流後不久又恢復土官統治。
後因其土官子孫爭襲，又實施第二次改土歸流。
思恩府和田州府改流時，按常規另設知府、通判、推官、經歷、知事各一員，並派兵防守。
但因思恩府土官王受聯合田州土官盧蘇進行反叛，迫使明廷出兵進剿，終以招撫之法平息此事。
隨後，爲進一步加強對該地區的管理，明廷遂於原田州、思恩地方增設了許多土巡檢司，依然回覆到往日“以夷治夷”的統治狀態。
由此可見，明代廣西的改土歸流具有着較強反覆性的顯著特徵。
明代廣西改土歸流出現較大的反覆性，究其原因，是多方面因素造成的。
第一，明代廣西改土歸流之所以出現較大的反覆性，是由於明代正值壯族土司制度的全盛時期，土司制度的發展尚處於上升階段，總體上還能適應桂西少數民族地區社會經濟發展的需要，少數民族人民也還能適應土司制度的統治，因而土司制度的存在仍然具有較大的合理性與必然性。