而尚未改流的部分土司，到民國時期，民國政府繼續實行改土歸流。
在廣西，民國初年改流的有太平土州、都安、隆山、思樂、鳳山等土司。
李宗仁、黃紹竑、白崇禧統治廣西后，又繼續改流，到1929年民國十八年廣西改流全部結束。
民國時在雲南沿邊地區繼續改流，設縣或設治局，1913年在西雙版納設“行政總局”，1925年又將“行政總局”改爲“思普殖邊總辦公署”，在西雙版納地區設立車裏、佛海、五福、鎮越、象明、普文、盧山7個縣。
1913年在德宏地區設行政區，次年又設潞西、瑞麗、盈江、梁河、隴川、蓮山6個設治局，將原土司置於流官縣或設治局的管轄之下。
同時又在雙江、瀾滄設縣，在滄源、耿馬置設治局，雲南改流全部結束。
至於改流對土司的善後處理的話，清朝的改土歸流分爲兩個步驟，即一爲改設流官，一爲對被廢土司的善後安置，“一依流官之例，倘罪應斥革，即以流官代之，然後選用循良，善加撫卹”。
清朝對改流土司的善後安置極爲重視，鄂爾泰雲:“今大局甫定，諸務須籌，安輯調停更非易事，若不用猛力，斷難圖成;若不具恆心，終難善後”。
因此鄂爾泰建議清朝要下大力來做被革職土司的善後事宜，其目的在“要使已歸者改流者無舊主之思，未歸者未改流者生欣羨之意”。
清政府對被革土司只有少部分罪惡極大者施以重刑，對絕大部分被革土司根據不同情況採用懷柔寬大處理，以便籠絡人心，安定地方。
對以罪革職者之土司的安置。
在清史稿刑法志二載:“改土歸流之土司犯，將家口實行遷徙，然各有定地，亦不限千里也。”
對被遷徙的土司又視所罪之輕重區別對待，“有犯斬絞重罪者，其家口應遷於遠省安插;犯軍流者，土司於家口應遷於近省安插”。
也就是使其離開原居住地，目的是不讓改流的土司東山再起，又復生事。
因此所遷土司有一部分在本省安置，大部分遷入內地省分，如江蘇、安徽、浙江、江西、河南、陝西等省。
僅安徽1省就安置了廣西、貴州改流土司21名。
對被遷土司在生活上予以照顧，規定“每十人撥給官房五間，官地五十畝”。
清世宗胤禛曾敕諭各地方官吏對被遷土司給以關照，以示“皇恩浩蕩”，使其感恩戴德，消除思鄉之情。
清朝的這一措施割斷了土司與原居地的聯繫，對安定改土歸流地區的社會秩序起了一定的作用。
而對恭順王司的安置的話，對自願請求改流或自動交出土司印信者，清朝政府一般均給以優厚待遇。
像是在鄂爾泰的奏疏中即明確規定對於投獻者“但收其田賦，稽其戶口，仍量以養贍，授以職銜冠帶終身，以示鼓勵”。
湖北、湖南改流土司大都得到如此待遇，不少改流土司被授予千總、把總。
例如永順宣慰使彭肇槐還得到清政府賞銀1萬兩，被授予參將職。
這樣的安置不僅安定了已經改流地區的社會秩序，而且還吸引了未改流地區土司主動請求改流。
清朝選派了能力強同時又較廉潔的官吏任改流地區的官員，以便緩和與當地人民的矛盾。
軍事上在各地增設營汛，派兵戍衛以加強控制，同時又設保甲制度，稽查戶口。
經濟上實施丈量土地，編丁納賦。
文化教育上，提倡立學校，設教職，勸各民族的子弟入學，並規定各民族參加科舉的定額。
這些政策的實施促進了改流地區社會經濟文化的發展。
當然，已經說了，之所以改土歸流的目的，從表現來看好像是明清政府爲了解除土司對各民族人民的殘酷壓迫和剝削，然而改流的真正目的並不在此，其真正目的在於:“剪除夷官，清查田土，以增賦稅，以靖地方”。
很明顯，改流的目的有三:
首先是在政治上廢除土司的統治，打破土司分散割據的局面。
其次是經濟上在土司地區實行科田納糧，變土司對土民的剝削爲中央王朝直接進行糧賦的剝削，以增加經濟收入。
以及軍事上解除土司的武裝和收繳土司的武器，以防止地方人民的反抗，加強對地方的直接軍事控制。最終目的就是要對土司統治的各民族地區實行直接的統治。
從改土歸流的目的來分析，改流就是在政治上除去土司的世襲制，在經濟上取消奴隸制和封建領主制的殘餘，這就是說改土歸流是土司統治地區各民族政治、經濟制度上的一種變革，對各民族地區社會政治、經濟、文化有着較大影響，歸納起來其影響有4個方面:
第一，有利於統一多民族國家的鞏固和發展。
改土歸流消除了各地土司分散割據的封閉局面，各土司地區完全納入了中央王朝的直接管轄之下，交通道路的暢通，加強了各民族地區人民之間的來往，湖北來鳳縣“自改土後，披荊斬棘，行李往來，遂爲三省之要衢，四衝之捷徑”。
湖北施南地區則是“商賈多江西，湖南之人”，“川、鄂、湘交界各族人民互通有無，密切交往，湖廣、四川、江西、陝西、江、浙、閩、粵的商人和官吏皆來湖北，有的還定居下來，形成了一個多民族匯合的地區”。
土司被廢除後，清政府可以對原土司統治下的人民進行戶籍清查，登記編冊，轉到清政府的直接控制之下，並將原土司的莊奴釋放爲自由農民，如雲南麗江土府改流後釋放了原木氏土司的莊奴2000餘人;湖廣容美土司改流後，追釋了原被掠保靖良民500餘人。
原來的那種依附關係不存在了，成爲清政府的直接編民，這對緩和社會矛盾，促進生產的發展起了一定的作用，也就有利於多民族統一國家的發展和鞏固。
第二，革除了一些舊制陋規。改土歸流過程中清政府對土司地區一些舊制陋規作了一些改革。
首先是革除土司的苛派和特權剝削，諸如“火坑錢”、“鋤頭錢”、“煙戶錢”、“年歲錢”、“鞋腳錢”、“修衙門錢”、“破收銀”等一律予以革除。