雖然沒殺人，但該處理的還得處理。陳瑀跑了，孫策沒有安排人去追，暫且放他一條生路，剩下的人卻一一處置。袁術原本就不是個會用兵的人，手下雖多，但真正能打的有限，正好藉此機會整頓一番。
張勳留下了，但他自己很識相，堅決要求交出兵權。孫策答應了，請他出任長史一職。長史是武職，名義上可以統領兵馬，但大部分時候只是幕僚首席，並不直接掌兵。張勳改任長史，既奪了他的兵權，又給他保留了名份，照顧他的面子，安撫人心。
閻象官職不變，還是主簿，但孫策對他的信任和支持回予了足夠的回報，讓他兼領南陽太守。
其他諸將也各有變動，除了離開的人之外，離下的有一部分人保留原職，但大部分人的兵權都被剝奪了，轉爲閒職。其實就算孫策保留他們的兵權也沒用，與陳瑀一起叛亂，與南陽豪強談判，出賣部下將士的利益，他們已經失去了將士的信任，在軍營裏呆着反而不安全，不如做個閒人，避避風頭。
如此一來，有近三萬大軍要重新分配。
孫策首先精選了一萬士卒充實到自己的中軍，親衛營增加到四千人，黃忠、鄧展、董聿和秦牧四部各增加一到兩千不等。這和各人的能力有關，能力強的就多給一些，比如黃忠、鄧展，每人各領兩營四千人；能力弱的就少給一些，比如董聿、秦牧。他們都比較年輕，剛剛統兵，帶兩千人已經喫力了，兵力再多就指揮不靈，反而壞事。
然後孫策又精選了一萬人撥給周瑜。毋庸置疑，周瑜是這次平叛成功的第一功臣。孫策毫不吝惜地給他重賞，而最好的獎賞無疑就是給他壓更多的擔子。周瑜帳下原本有三個校尉，三千多人，有了這一萬人，他的實力一下子翻了兩番，成爲僅次於孫策本人的重將。
剩下的人不是老弱，就是太年輕，或者身體素質較差，孫策將年老體弱的遣散，戰力差的整編，有技術的編入輜重營，年輕的單獨編爲童子軍，平時做做雜務、後勤，戰時編入預備隊。
整軍的同時，閻象發出了第一份太守令，行文各縣，一是宣告孫策對荊州的統治權，二是警告各縣西涼兵將至，讓各縣做好防守準備。周瑜說得很清楚，別看孫策控制了宛城，是名義上的荊州牧，但他的政令基本上很難超出宛縣的範圍，閻象這麼做也是盡力而爲，至於各縣聽不聽他的，說實話，誰也沒數。
兩天後，雷薄護着袁術的棺槨起程，袁權、袁衡姊妹同行。孫策到城外送行，依依惜別。袁權摟着袁衡坐在車上。袁衡偷偷地看着孫策，卻不敢與孫策的目光對視。
袁權卻很坦然地看着孫策的眼睛。“我們姊妹在汝陽老家恭候將軍的捷報，送先君入土。”
孫策拱手施禮。“擊退徐榮，我就趕到汝南，爲將軍扶棺培土。”
袁術的時代落幕，現在該我孫策登上舞臺了。
緊接着，黃猗帶着孫策的委託上路，趕往南郡、江夏。蔡瑁與他同行，他要趕回襄陽，一是通知孫輔加強城防，二是擴大蔡家作坊的規模，大戰將即，孫策需要更多的軍械，僅箭矢就以千萬計。
不久，尹端、尹姁趕到了宛城。孫策在宛城設講武堂，就安排在太守府西的郡學內。那些新提拔的將領急需專業的指點，尹端這個老將正好發揮餘熱。除此之外，孫策還從童子軍裏選拔了一些少年作爲