可見李世民對秦瓊的信任和自信。
同年七月，李世民率軍進逼洛陽攻打王世充，每以秦瓊爲先鋒。征討洛陽期間，李世民挑選了一隻千餘人的精銳騎兵部隊，命其身穿黑衣玄甲，分爲左右隊，由秦瓊、程知節、尉遲敬德、翟長孫四人分別統領，每次作戰時親自率領作爲前鋒使用，所向披靡攻無不克，敵人十分畏懼。
特別是秦瓊帶領的那一隊人馬，次次衝鋒陷陣，一直在戰鬥的最前沿。
武德四年三月，夏王竇建德與王世充結盟，率生力軍十幾萬馳援洛陽。
李世民留下李元吉等人繼續圍困洛陽，親率秦瓊等將領分兵前往虎牢關抵禦竇建德。
五月初，李世民留戰馬千餘匹於黃河北岸放牧，讓竇建德以爲唐軍草料將盡，誘其出擊。次日清晨，竇建德全軍自板渚出牛口列陣，逼近汜水向唐軍挑戰。
秦瓊建議李世民明修棧道，暗渡陳倉。
李世民按兵不出，暗中召回戰馬，待到正午竇軍士兵疲憊陣型騷亂才率軍東涉汜水衝擊敵陣。
偏偏這個時候竇建德朝會羣臣，軍中一度慌亂，但稍作退卻後很快發起反擊。諸軍混戰中，秦瓊、程咬金、史大奈、宇文歆等人隨李世民鑿穿竇軍大陣，來到敵陣後方展開唐軍旗幟，令竇軍誤以爲己方已敗，軍心渙散下大敗潰逃。
一場激烈戰鬥，惡戰之後竇建德被俘，王世充絕望之下也出城投降。
大破竇建德之戰，秦瓊率數十名精銳騎兵率先衝破竇軍大陣，僅僅憑着十幾人敢衝入敵軍內部，並且大破敵人的陣腳。
立下汗馬功勞，此次大戰之後秦瓊獲封翼國公，又獲賞賜黃金百斤、帛七千段。
同年七月，竇建德被斬首，其舊將懼怕唐朝報復，於是擁立劉黑闥爲王起兵造反，半年之內收復了竇建德昔日所有領土。
轉眼又到了十二月，秦瓊隨李世民前往河北平叛。
在河北，秦瓊再次立了赫赫戰功。
武德五年二月，在劉黑闥進軍洺水途中，秦瓊率軍於列人將其擊破。
一直打到劉黑闥失敗，到最後被秦瓊一箭射穿心而死後，秦瓊又被賞賜了許多物資。
武德九年，秦瓊參與玄武門事變，隨李世民誅殺李建成、李元吉，事後被拜爲左武衛大將軍，食實封七百戶。
後來秦瓊經常生病，每逢病時就對人說“我戎馬一生，歷經大小戰鬥二百餘陣，屢受重傷，前前後後流的血能都有幾斛多，怎麼會不生病呢！”
涇河龍王爲了和一個算卜先生打賭，結果犯了天條，罪該問斬。
玉皇大帝任命魏徵爲監斬官。涇河龍王爲求活命，向唐太宗求情。太宗答應了，到了斬龍的那個時辰，便宣召魏徵與之對弈。沒想到魏徵下着下着，打了一個盹兒，就魂靈昇天，將龍王斬了。
涇河龍王於是抱怨太宗言而無信，日夜在宮外呼號討命。太宗告知羣臣，大將秦叔寶奏道願同尉遲敬德戎裝立門外以待。太宗應允。那一夜果然無事。太宗因不忍二將辛苦，遂命巧手丹青，畫二將真容，貼於門上。
秦瓊是山東歷城縣一名馬快班頭，擅長使用雙鐗，遠近聞名，人送綽號“小孟嘗”。在執行公務時結識單雄信、王伯當、徐茂功等綠林好漢。
陰差陽錯救了李淵一家，被李淵幼子李元霸當成是神仙。後來惹上官司被髮配到北平府，而北平王羅藝卻是秦瓊的姑父，秦瓊得以在羅藝帳下任職，並和羅藝的兒子羅成鑽研武藝，傳槍遞鐗。
離開北平府後，秦瓊又輾轉被殺父仇人靠山王楊林所賞識，成爲楊林手下的十三太保。而後秦瓊行走江湖所結識的好友及北平府羅成、張公瑾等人一同來歷城縣給秦瓊母親祝壽，卻因爲程咬金劫皇綱事泄漏，被楊林抓獲，秦瓊等救出程咬金後決定起義反隋，並於賈柳樓結義。
在徐茂功的建議下，秦瓊單雄信等襲取瓦崗寨，以瓦崗爲根據地，正式揭竿起義。程咬金稱混世魔王、大德天子，秦瓊爲兵馬大元帥，徐茂功爲護師，單雄信、謝映登等爲瓦崗五虎將。
瓦崗後來因爲新君主李密用玉璽換蕭妃，搞的衆將士離心離德，秦瓊程咬金等離開瓦崗到了洛陽，因見王世充爲人奸詐，於是設計離開，投奔到李世民帳下，隨李世民東征西討，統一天下，被李淵封爲護國公。後參與玄武門事變，助李世民登上帝位。
李世民起兵時才十八、九歲，年輕氣盛，最瞧不得敵人在自己面前耀武揚威。要是打仗時在兩軍陣前看到對面敵人有囂張的，就回頭給身邊的秦瓊說“去滅了他。”
於是秦瓊縱馬持槍而出，獨闖敵陣，在萬軍之中把那個囂張的傢伙給滅掉。——每次都是這樣。
秦瓊用的槍和一般人不一樣，比一般人的要粗要大要重很多，跟隨李世民打王世充的時候，秦瓊在洛陽城下耀武揚威，把自己的槍插到地上，然後回去了。
王世充派手下人出去拔槍，十幾個人一起拔沒有拔出來。然後過了一陣秦瓊回來了，一把手拔了出來。
公元616年，秦瓊跟着張須陀征討瓦崗，結果張須陀中計戰死，秦瓊帶着其餘部下歸附裴仁基，後來裴仁基因爲和蕭懷靜不和，殺死蕭懷靜後投降瓦崗，秦瓊不得不跟着裴仁基。
宇文化及殺死楊廣，秦瓊跟着李密打宇文化及，第一次被宇文化及打散，但是秦瓊挺身而出救了李密，並收散兵逆襲了戰局，但是因李密負傷，勝仗中部將沒有任何獎勵，恰逢王世充來攻打瓦崗，李密軍潰敗，秦瓊投降王世充，王世充任秦瓊爲龍驤大將軍。
但是王世充在公元619年自封爲帝，將裴仁基處死，秦瓊與程咬金看不慣王世充爲人，奔投李唐。之後秦瓊爲李世民父子效力，深得李淵的器重。
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