志村團藏回到木葉的次日，猿飛日斬召開了高層會議，宣佈了志村團藏由於身體原因辭去一切職務的消息。
這消息一出，立刻在村子高層中掀起了軒然大波，不過猿飛日斬隨即便宣佈了另一個更加驚人的消息，那就是推薦黑崎一護成爲新任根部部長的決定。
雖然只是舉薦一個候選人而已，但在座的高層每個人都心知肚明，在失去了志村團藏的牽制之後，火影和宇智波一族的合力沒有任何勢力能夠抵擋得住。
所以當猿飛日斬提出讓黑崎一護成爲新任根部部長候選人的時候，那麼距離他走馬上任也就只是時間問題了。
而且不僅如此，猿飛日斬還提出了由宇智波介川暫時掌管失去了志村團藏管理的雨之國戰場方面的部隊。
之前猿飛日斬舉薦黑崎一護，或許還可以說是出於他兩名弟子綱手、大蛇丸同黑崎一護良好關係的緣故，這下對於宇智波介川的安排卻是讓所有人都明白過來爭鬥許久的火影派系和宇智波派系握手言和了
儘管志村團藏突然倒臺在木葉和火之國造成了些許騷動和影響，但接下來火影派系和宇智波派系的全面合作卻是讓這種騷動被限制在了最小的範圍內，沒有影響到前線戰爭的形勢。
當然，即使如此還是有些看不清形勢的人跑到了志村團藏的府上，向他表示隨時準備聽從號令對付陰了志村團藏的火影和宇智波一族。
但這些人的結果卻是被志村團藏氣沖沖地趕出了自己的家裏，因爲志村團藏很清楚這次自己的確是失敗了，如果他被黑崎一護抓到的證據一旦爆出來就不僅僅是被剝奪權力軟禁在家的結果了。
志村團藏之所以還能落下個病退歸隱的結局還是託了猿飛日斬不忘舊情的緣故，因此他纔會如此識趣地接受猿飛日斬的處理。
而且志村團藏也明白，自己既然只是被軟禁起來，那麼就代表自己沒有捲土重來的機會。只要熬下去，總有一天這件事會隨着時間的流逝而過去的。他需要做的，只是在那一天到來之前好好忍耐就行了。
也正是這個原因，志村團藏纔會氣憤地將那些過來表忠心的部下全部趕了出去。不僅如此，他還特地囑咐了一下那些人，要好好地配合火影和宇智波一族的命令，一副認錯態度極爲良好的樣子。
志村團藏這邊收起了自己的爪牙，黑崎一護那邊也很快上任，成爲了新一任的根部部長，只是他的部下里很多都是從暗部那邊調過來的。
顯然正如黑崎一護之前所猜測的那樣，猿飛日斬是不會任由黑崎一護像志村團藏那樣將根部經營成自己的私軍的。
對此黑崎一護也沒有什麼怨言，而是立刻着手對根部的改造。
首先是原根部成員，黑崎一護將他們進行了逐一審覈，結果是除了個位數的原根部成員外，其他人幾乎全部在審覈結束後被他丟到了審訊部隊那邊，至於這些人在審訊部隊那裏要經歷什麼樣的折磨就背在黑崎一護的考慮範圍之內了。
或許是猿飛日斬爲了回報黑崎一護的好意，在情報整理工作行將結束之際，審訊部隊那邊爲黑崎一護帶來了一份禮物三支初步訓練完成的根部小隊。
這三支小隊是審訊部隊經過洗腦等手段訓練出來的原根部成員，這裏面就包括了黑崎一護認識的藥師野乃宇等人，他們已經不再忠於志村團藏了，所以猿飛日斬將他們送到了黑崎一護這裏，幫助他完成對根部的改造。
同時猿飛日斬這樣做也有默許他組建一支私軍的意思，顯然這段時間以來的合作讓他同宇智波一族的關係親近了許多。
不過黑崎一護的行動還是極爲剋制的，不僅只組建了十支聽他指揮的根部小隊，而且獲得的情報也會先給猿飛日斬過目一番，這裏面既有他無意情報工作的原因，也有避嫌的原因。
猿飛日斬也看出了黑崎一護的用意，所以逐漸放鬆了對他的監視，同時在前線戰場上也對宇智波介川加以提拔。
木葉二十四年三月，火之國和土之國、風之國在雨之國的混戰告一段落，三方一同撤離了這片在失去了山椒魚半藏守護後被戰爭蹂躪了多年的土地。
土之國雖說實力要遜於火之國一籌，但畢竟實力在五大國內也屬上游，所以火土之間暫時還處於勢均力敵的地步，兩國的戰火在草之國、瀧之國等小國內燃燒起來。
風之國就有些喫力了，它的國力和人口相比起火之國都處於絕對劣勢，所以維持不住對川之國的佔據，被火之國的部隊打進了自己的國境內。
不過砂忍們精於傀儡術和毒術，在自己的主場內抗衡起木葉忍者來倒也不落下風，讓火之國的部隊每前進一步都要付出慘重的代價。
戰爭就這樣陷入了膠着階段，宇智波介川就這樣逐步升任風之國戰場部隊的正式指揮官，並在一年半的時間裏指揮了幾場成功的會戰，給予了風之國重大的打擊。
木葉二十五年十月。
風之國頹勢已現，但火之國也逐漸顯露出了疲態，雙方的持續了數年的戰事已經停息了一段時間。
趁着這段停戰的時間，本應全權處理風之國戰事的宇智波介川也已經悄悄回到了木葉。
此時的宇智波介川沒有在寬敞明亮的火影樓內，反而穿梭在一座木葉地下龐大而幽深的基地內。
在穿過幾條走廊後，宇智波介川來到了一扇寬大的木門前，他擡頭看了一眼門上的銘牌後舉手推開了門。
“好久不見了，火影大人，還有一護部長”
宇智波介川看到門後的人影后率先開口。