2003年夏天貝克漢姆登上銀河戰艦。在弗洛倫蒂諾任職皇馬主席期間，銀河戰艦憑藉一系列的舉措讓皇馬在2006年取代曼聯成爲世界上最富有的俱樂部。
然而隨着銀河戰艦一代球星們年齡的增長，弗洛倫蒂諾齊達內+帕文的商業政策無法兼顧競技和經濟的致命缺欠開始顯現，這位成功商人的皇馬主席生涯終於走入了困境，大牌球星佔據了太多的上場時間，使得俱樂部關於更衣室的傳聞不斷。
之後的2004~2005、2005~2006賽季，弗洛倫蒂諾繼續引入邁克爾·歐文、卡薩諾、羅比尼奧、巴普蒂斯塔、卡納瓦羅、范尼斯特魯伊等球星，隊裏中層球員和年輕球員的流失卻更加嚴重，但銀河戰艦依靠偉大球星們的表演依然能博得人們的注意。
2005年菲戈轉會國際米蘭；2月26日聯賽落後巴塞羅那的積分達到十分；2月27日，弗洛倫蒂諾-佩雷斯宣佈辭去主席一職。至此銀河戰艦的締造者結束了對皇家馬德里一千九百六十二天的統治。2006/2007賽季最終以一個聯賽冠軍結束了近六年的輝煌歲月。2006年世界盃之後，齊達內宣佈掛靴，貝克漢姆、羅納爾多、卡洛斯等巨星相繼離開，銀河戰艦時代最終落下帷幕。
2006年7月4日五十五歲的拉蒙·卡爾德隆以許諾引進卡卡、羅本、法佈雷加斯等新生代巨星爲口號，當選皇馬新一任主席，隨後把金牌教練卡佩羅再次請回皇馬，隨之而來的還有卡納瓦羅、埃莫森等心腹球員，同時皇馬買入范尼斯特魯伊、迪亞拉等實力派球員。
2006/2007賽季儘管做出了賽季中途清洗羅納爾多、封殺貝克漢姆的舉動，儘管球隊踢法難看，儘管大半個賽季都落後於巴塞羅那，但被認爲有九條命的卡佩羅最終不負所托，依靠主場二比零，客場三比三戰勝巴塞羅那建立起來的血性，范尼斯特魯伊最終以二十五個進球奪取西甲聯賽金靴，而替補出場的大羅也發揮出色，屢屢有進球進賬。
當然還有貝克漢姆，貝克漢姆的職業精神感動了卡佩羅，在連敗比利亞雷亞爾和赫塔菲後，卡佩羅被迫解凍貝克漢姆，貝克漢姆不負衆望在之後的比賽發揮出色，屢次救主。最終這艘星際鉅艦連戰連捷上演大逆轉，艱難地再次捧得了聯賽冠軍。只可惜在最後一輪西甲中范尼斯特魯伊由於受傷被換下，錯失了和托蒂爭奪歐洲金靴獎，那賽季托蒂在意甲打進二十六球。
賽季結束後貝克漢姆轉戰美國大聯盟洛杉磯銀河隊，卡洛斯轉會費內巴切隊，銀河戰艦時代華麗謝幕。然而由於卡佩羅的足球哲學與西甲追求漂亮足球的踢法不相容，卡佩羅在率隊奪冠後再次下臺。
2008~2009賽季卡爾德隆時代積攢下的矛盾如火山般爆發：主席、主帥更迭，夏季的引援失敗，球隊高層混亂，球員傷病不斷。這個賽季皇馬不僅四大皆空，還相繼被尤文、利物浦和巴薩雙殺，聯賽最後的五連敗更是卡爾德隆亂政的直接後果。在安菲爾德的慘敗延續了連續五年未能進入歐冠八強的尷尬紀錄，那更是凸顯了皇馬和巴塞羅那的巨大差距。
在這個賽季死敵巴塞羅那獲得了三冠王，而更讓皇馬球迷痛心的是，小豬施因斯泰格因爲卡爾德隆而無法免費加盟。承諾的C羅、卡卡也沒有兌現，最終卡爾德隆因暗中操縱選票的醜聞被迫下臺，卡爾德隆時代也隨着2008/2009賽季的黯淡被永久塵封。
在卡爾德隆在任的兩年半時間裏，皇馬兩奪聯賽冠軍，但在歐冠賽場卻持續低迷。隨後的賽季沒有大牌巨星的皇家馬德里，在聯賽中跌跌撞撞，最終在賽季後一無所獲。2008/2009賽季中期，卡爾德隆因舞弊被迫辭職，球隊也從此離開了卡爾德隆統治的時代。
西班牙豪門皇家馬德里前主席弗洛倫蒂諾召開新聞發佈會，正式宣佈將參加2009年夏天的皇馬主席大選，2006年離開之後銀河戰艦的締造者出現在全世界球迷的面前宣佈：他將參加6月14日舉行的皇馬俱樂部主席選舉。
2009年6月1日曾經的銀河戰艦的締造者弗洛倫蒂諾·佩雷斯復辟成功，並致力於打造銀河戰艦二代。2009年的夏天皇馬斥資二點五億歐元買入了十名球員。
其中包括2006/2007年的歐冠最佳射手、金球獎得主、世界足球先生卡卡，2008年的歐冠最佳射手、金球獎得主、世界足球先生克里斯蒂亞諾·羅納爾多，法國足球先生本澤馬等等。但是銀河戰艦II在第一年並沒有取得弗洛倫蒂諾預想中的成功，擁有數位巨星的皇馬並沒有因此而一帆風順，反而在前進過程中艱辛萬分，在國王杯上爆冷，在西甲賽場上創紀錄的九十六分依然屈居亞軍；在歐冠賽場更是被裏昂擊沉，因此主帥佩萊格里尼黯然下課。
而之後皇馬也進入了一個新的時代。