這個賽季他們在聯賽中提前六輪獲得德甲冠軍，創造了德甲五十年曆史中最快的奪冠紀錄，德國杯半決賽六比一橫掃狼堡隊史第十九次殺入德國杯的決賽，比賽中戈麥斯六分鐘完成帽子戲法讓他與荷蘭足壇名宿巴斯滕比肩。
201213賽季歐洲冠軍聯賽半決賽首回合拜仁慕尼黑主場較四比零大勝巴塞羅那。次回合拜仁客場挑戰巴薩，羅本和穆勒建功，加上皮克的烏龍球，拜仁三比零客場再勝，總比分七比零晉級決賽。拜仁第十次參加決賽，拜仁若能第五度封王將超越巴薩和阿賈克斯、齊平利物浦成爲奪冠第三多的俱樂部，落敗則變作亞軍第一大戶，拜仁、尤文、本菲卡都是五次亞軍。
2013年5月25日歐洲冠軍聯賽決賽憑藉羅本與曼朱基齊的進球拜仁慕尼黑隊二比一戰勝德甲勁旅多特蒙德隊第五次稱霸歐洲，如願以償。
2013年6月1日德國杯決賽拜仁慕尼黑在柏林奧利匹亞球場三比二戰勝了斯圖加特獲得德國杯冠軍，這樣拜仁慕尼黑就成爲歐洲第七支獲得三冠王榮譽的球隊，同時也是德國第一支獲得此榮譽的球隊。
2013年6月27日拜仁慕尼黑官方宣佈與隊中首發中場球員裏貝里成功續約四年，這樣法國老將依然將身披拜仁戰袍迎接新帥瓜迪奧拉成爲拜仁繼續創造輝煌的有力保障。
2013年8月30日拜仁慕尼黑在布拉格伊甸園球場舉行的歐洲超級盃比賽中，兩度落後的情況下兩度扳平，並在最後點球大戰中以五比四擊敗歐洲聯賽冠軍拉齊奧隊，首次奪得歐洲超級盃冠軍。
2013年12月21日世界俱樂部杯決賽，歐洲冠軍盃冠軍拜仁慕尼黑二比零戰勝東道主球隊拉賈卡薩布蘭卡，獲得冠軍，同時也以年度五冠王的輝煌戰績完美收官。
2014年3月12日201314賽季歐冠18決賽次回合拜仁慕尼黑主場一比一阿森納，拜仁總比分三比一淘汰槍手。這是歐冠改制後，德甲巨人第十三次晉級歐冠八強，槍手則連續四個賽季止步十六強賽。第五十五分鐘施魏因斯泰格先拔頭籌，第五十七分鐘波多爾斯基勁射得分，傷停補時階段羅本贏得點球，穆勒罰失。
不過在014年3月25日因逃稅案被判入獄三年半的拜仁主席赫內斯辭掉拜仁慕尼黑俱樂部所有職務。
2014年3月26日拜仁慕尼黑在客場以三比一輕取柏林赫塔隊，在聯賽還剩七輪的情況下領先排名第二的多特蒙德隊二十五分之多，提前衛冕德甲冠軍。拜仁在上賽季的基礎上更進一步，在德甲五十一年曆史上首次三月份就捧起冠軍獎盤。
安聯體育場是歐洲最現代化的球場，2006年德國世界盃的揭幕戰也放在了這裏。當拜仁慕尼黑隊主場比賽時，能容納66000名觀衆的體育場將在照明系統的映射下成爲一個紅色的發光體，幾英里外都可以看到。
2010年1月30日註定將成爲安聯球場一個紀念性的日子。這家德國最成功俱樂部的主場將迎來自己的第一百次滿座，而且與美因茨的這場德甲聯賽也是拜仁在這裏的第一百二十場比賽。
2012年5月20日萬衆矚目的1112賽季歐洲冠軍聯賽決賽在慕尼黑競技場打響。坐鎮主場的拜仁慕尼黑在一百二十分鐘的常規時間內與對手切爾西戰成一比一平。點球決戰中拜仁第四個出場的奧利奇和第五個出場的施魏因施泰格先後罰失點球，失去了在家門口奪冠的機會，而這也是拜仁自2001年歐冠捧杯以來，連續第二次在決賽中失利。
拜仁慕尼黑的隊徽曾多次變更。拜仁的隊徽是全德國乃至全世界最出名的標誌，據統計大約有百分之八十七的德國人，百分之八十九的法國人，百分之七十五的英國人都知道這個標誌。拜仁從1921年開始使用隊徽，最初會徽由四個個性化的字母f，c，b，m構成，主色調是藍色，後來逐漸演變成字母被代表勝利的月桂花環環繞着，隨着時間的變遷，代表勝利的桂冠取代了月桂花環。
1954年起俱樂部採用代表俱樂部顏色的紅底白字加蘭白方塊標誌作爲隊徽，紅與白是俱樂部的顏色，藍白色底象徵着巴伐利亞的州旗，而蘭白色的小方塊則是慕尼黑這座自由城市的象徵，本來俱樂部後邊的e.v是代表協會的標誌。從2002年2月起俱樂部改組爲股份公司，隊徽中的ev被取消。
長期以來，拜仁的會徽主色調是藍色和紅色。拜仁當前的會徽是一個寫有fcbayernmunchen的紅色圓環包裹着巴伐利亞州州旗。?
而這也就是拜仁慕尼黑這些年的戰績，他們的歷史簡直就是一場盛宴，對於他們的球迷來說這個被人稱爲綠茵好萊塢的球隊其實也沒有那麼娛樂，因爲他們更多的時候還是站在巔峯的。
而現在他們的主教練已經換成了瓜迪奧拉，他們的雄心自然也比往常更加強烈，更何況全歐洲都想要知道到底是張衛更爲神奇，還是瓜迪奧拉更爲兇狠。