接替萊爾的是盧·麥卡里，由於在執教斯溫頓鎮期間涉嫌非法賭博，爲洗清罪名，執教不到一年時間的馬卡里選擇了辭職，前球員比利·邦茲正式就任球隊的主教練。1990-91賽季邦茲首次西漢姆聯足球俱樂部帶隊就幫助球隊殺回了英甲聯賽，不過次年他們又再度降回英乙。同年由於英超的誕生，英格蘭職業足球聯賽體系進行全面調整，英乙聯賽也更名爲英甲聯賽，1992-93賽季西漢姆聯獲得英甲聯賽亞軍，殺回了次年的英超。
1994年8月哈里·雷德克納普取代了邦茲的帥位，1998-99賽季他率隊獲得英超第五，距離歐洲聯盟杯資格僅一步之遙，最終憑藉拿下國際託托杯冠軍，西漢姆聯晉級歐洲聯盟杯正賽，儘管帶隊期間球隊成績穩定，但由於與俱樂部管理層意見不一，2000-01賽季開始前雷德克納普宣佈辭職，接替他的是年輕的格倫·羅德爾，後者剛剛從青年隊教練的位置上上調。
羅德爾上任首個賽季，西漢姆聯取得英超第七，但球隊卻在接下來的聯賽中遭遇一系列慘敗，比如一比七負於布萊克本、零比五不敵埃弗頓、一比五負於切爾西，隨後的一個賽季西漢姆聯開局不佳，並最終不幸降級。英超採用三十八輪賽制以來，西漢姆聯的四十二個英超積分是所有降級球隊中最高的，羅德爾在賽季由於需要接受腦部腫瘤的治療而缺席了部分比賽。
2003年8月24日羅德爾與俱樂部解除了合同，此時英冠聯賽已經進行到了第三輪。之前在羅德爾缺席期間代理主教練職務的特雷沃·布魯金臨時接管球隊，不過2003年10月阿蘭·帕杜成爲球隊的新任主教練，西漢姆聯一度逼近聯賽領頭羊雷丁足球俱樂部，但還是不得不參加升級附加賽，最終他們被水晶宮足球俱樂部擊敗，不得不留在了英冠，次年再度殺入升級附加賽決賽的他們一比零戰勝普雷斯頓足球俱樂部，終於得以重返英超。
重返英超的首個賽季，西漢姆聯就收穫第九名的佳績，2005-06賽季，西漢姆聯達到了球隊新的頂峯，他們殺入了當年的英格蘭足總盃決賽，但最終卻惜敗給利物浦，儘管僅僅獲得亞軍，但由於利物浦已經獲得歐洲冠軍聯賽的資格，因而西漢姆聯得以參加次年的歐洲聯盟杯。
2006年8月西漢姆聯完成了當時曾轟動一時的轉會。俱樂部簽下了當時風頭正勁、已經引起多家歐洲豪門覬覦的卡洛斯·特維斯和賈維爾·馬斯切拉諾，2006年11月埃格特·馬格努松領導的一家冰島財團收購了俱樂部，帕杜隨即因球隊戰績不佳而被解職，取代他的是前查爾頓競技主教練阿蘭·科比什利。
在最後的九場比賽中，西漢姆聯取得了七場比賽的勝利，其中就包括一比零險勝阿森納，英超最後一輪憑藉特維斯在進球，西漢姆聯一比零擊敗已經加冕冠軍的曼聯，以英超第十五名的成績成功保級。
2007-08賽季儘管西漢姆聯隊內傷兵滿營，但依然將球隊的成績穩定在英超上游。新近加盟球隊的的克萊格·貝拉米和基爾倫·代爾都長期因傷缺陣，英超最後一輪西漢姆聯二比二戰平阿斯頓維拉，以三分優勢力壓托特納姆熱刺，獲得英超第十，球隊的成績相比上賽季得到顯著提升，而且賽季中從未陷入保級泥潭。
2008年9月3日由於球隊董事會相繼把主力後衛安頓·費迪南德和喬治·麥卡特尼出售給桑德蘭，主教練科比什利最終選擇辭職。前切爾西傳奇射手詹弗蘭科·佐拉入主球隊。2008年9月11日佐拉正式走馬上任，成爲俱樂部歷史上第一位非英國籍的主教練，2008-09賽季結束西漢姆聯排名第九，比2007--2008賽季又提高了一個名次。
2009-10賽季西漢姆聯在揭幕戰中二比零戰勝狼隊，馬克·諾布爾和新任隊長馬修·厄普森雙雙進球，而與宿敵米爾沃爾在英格蘭聯賽盃中相遇造成了厄普頓公園球場外圍的大規模暴力衝突，場內也不時發生球迷衝進球場的事件，比賽一度因此受到影響。
2009年8月球隊的股東冰島的母公司發生財務危機，在尋找到新的買家之前，俱樂部已經無法獲得必要的注資，此時西漢姆聯的胸前廣告贊助商SBOBET出資贊助球隊追逐亟需的射手亞歷山德羅·迪亞曼蒂。
西漢姆聯在賽季伊始即陷入困境，球隊始終在爲保級而戰。在英超僅剩下兩輪的情況下，西漢姆聯三比二戰勝維甘競技，成功上岸，球隊在三十八輪英超中拿下三十五分，比2002年降級時還要少七分。2010年5月11日西漢姆聯宣佈與主教練佐拉解除合同，2010年6月3日西漢姆聯與阿夫拉姆·格蘭特簽訂了爲期四年的合同。
但是西漢姆聯在格蘭特的率領下戰績沒有絲毫起色，始終在降級區徘徊，格蘭特的帥位也一度受到威脅。期間西漢姆聯在英格蘭聯賽盃中四比零戰勝曼聯成爲球隊該賽季的亮點之一，在兩項國內盃賽中西漢姆聯表現可圈可點，英格蘭聯賽盃半決賽，他們負於最後獲得冠軍的伯明翰城，英格蘭足總盃四分之一決賽，球隊一比二不敵最終的亞軍斯托克城。