岡村寧次的過度謹慎，使得華北各個根據地的情報系統，對日軍此次聯席作戰會議一無所知。而這又導致了在對華北日軍情報收集上，對關內情報系統依賴性很大的抗聯情報系統，對此次的日軍會議同樣無從瞭解。
情報上的被動，給此次會戰蒙上了一層濃重的陰影。如果不是楊震對關東軍和華北方面軍採取的聯動行動，事先已經做好準備。並針對日軍華北方面軍可能出現增援和調整部署，也做了一些針對性的部署，這次會戰恐怕抗聯要喫一個大虧。
也使得剛剛從日軍發起的秋季大掃蕩之中剛剛得以喘息，此刻正在抓緊時間恢復元氣，以及籌集過冬物資的華北各個根據地部隊，在日軍接下來發起的冬季大掃蕩之中損失慘重。幾乎沒有人預料到，日軍會不顧疲勞連續的發起規模浩大的掃蕩。
在此次會議之後不到半個月的時間，日軍華北方面軍便調集重兵，拉開了對關內各個根據地，其中以晉察冀、太行、太嶽爲主要目標，以晉察冀邊區下屬各個根據地爲優先目標，持續了整整一個冬季空前殘酷的大掃蕩。
爲了切斷抗聯南下或是西進作戰的策應，在此次所謂的冬季大掃蕩之中，日軍不僅集中了重兵對晉察冀與太行兩大根據地發起掃蕩。還採取了比之前燒光、殺光、搶光更爲惡劣的在山區進行歸屯並戶，製造無人區殘酷手段。
各個根據地部隊在反掃蕩之中，依靠在下半年之中應對日軍大掃蕩的鍛鍊，有了很大提高的技戰術水平。以及雖說因爲四一年下半年頻繁的反掃蕩作戰消耗數量很大，但仍舊有一定儲備的彈藥，試圖依託山地進行堅決的反掃蕩作戰。
但儘管各個根據地部隊頑強的抵抗，給予參與掃蕩的日軍各部帶來嚴重的損失。但是日軍在掃蕩過程之中，與之前只是部分使用毒氣不同。在掃蕩之中極其罕見的大規模使用各種毒氣，尤其是大量使用的糜爛性毒氣和窒息性毒氣，卻是給反掃蕩部隊帶來了更爲慘重的損失。
在此次冬季大掃蕩之中，日軍幾乎調動了華北方面軍所有的化學戰部隊。並以最快的速度從關東軍、南方日軍、本土調集了幾十萬發的毒氣炮彈和發煙筒，以及大量的毒氣戰裝備。在對晉察冀軍區掃蕩的日軍中，甚至達到了一個作戰大隊都編制一個化學兵中隊標準。
日軍在掃蕩之中大規模的採取毒氣戰，一旦遭遇到阻擊便以毒氣開路，甚至派出航空兵直接向掃蕩區域內村莊投擲毒氣炸彈的戰術，使得華北各個根據地的反掃蕩作戰，在短期間之內形勢急轉直下。
防護裝備基本全無，以及急救藥品的各部隊，在日軍大規模的毒氣彈攻勢之下損失慘重。參戰各部隊之中，最多一次戰鬥中的中毒人數甚至達到了百分之百。不僅一線幹部戰士在毒氣之下傷亡慘重，高級幹部也出現多次多人中毒的情況。
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sp; 太行軍區一個團的部隊，在掩護老鄉與總部機關撤退的戰鬥之中，因阻擊陣地被日軍打出的幾千發窒息性毒氣覆蓋。因爲無防毒面具，日軍使用的又是新型毒氣，所有參戰部隊兩個營除極少數人外全部中毒昏迷。
政治處主任以及所有營以上幹部，因爲身上佩戴的短槍以及文件暴露身份，而被集中押往太原關押之外。其餘營以下的幹部、戰士，包括與之行動的幾十名抗大學員，在昏迷之中被日軍全部用刺刀挑死。
在日軍不計手段的掃蕩之下，爲了保住部隊的元氣和老底子，各大根據地留守部隊最終不得不放棄與日軍採取正面對抗的辦法，各部隊相繼撤出日軍重點掃蕩範圍。或是跳出外線作戰，或是撤往深山老林之中休整、喘息。
通過一系列的殘酷掃蕩，華北方面軍依靠血腥的屠殺和強行驅趕，在同蒲、正太、津浦、平張等鐵路沿線的太行、北嶽、太嶽等山區，製造了大量的無人區。所有不願遷移的百姓大量的被屠殺，其掃蕩區域內大量的房屋、糧食、物資被燒光。
原有儲備的，數量原本就不充足的過冬物資，損失相當的巨大。甚至就連根據地內被掃蕩區域的水井不是被填死，就是被丟進人或畜生的屍體，或是乾脆丟進毒氣彈污染以造成無法使用。在掃蕩中日軍甚至對所有遇到的泉水，也全部用炸藥徹底的摧毀。
僅僅在晉察冀的北嶽區，就被搶走和燒燬糧食五千多萬斤，幾十萬擔棉花。大量的牲畜被殺或是被掠奪，房屋被燒燬或是被炮火摧毀達到二十餘萬間。到日軍此次冬季掃蕩結束，整個北嶽區幾乎無一座完整的房屋。根據地羣衆被殺達到數萬人，相當數量的村莊甚至被全村殺絕。大片的農田被日軍撒佈毒氣，而幾年之內無法耕種。
相比部隊，地方幹部的損失尤爲慘重，用十不存一都無法形容。雁北區下屬各個縣的縣委書記和縣長，幾乎全部犧牲或是被俘後被殺。區村兩級的幹部，百分之九十被殺。北嶽區所屬的一個縣，全縣的區村兩級幹部全部被殺餘燼。
日軍的這一手，近一步的壓縮了華北各個根據地的活動空間。造成的大量物資和人員損失，更進一步的加重了華北各部隊的生存壓力。晉察冀和太行軍區的兵工廠、被服廠，全部被破壞。
各根據地普遍出現了斷糧、斷鹽的情況，很多部隊甚至到了就是連黑豆都沒有地方去籌集的地步。有的根據地召開會議，與會的幹部因爲過度飢餓連坐都坐不住，只能躺在炕上開會。一兩黃豆都成了高級營養品，只要經過軍區一級領導特批才能享受得到。
甚至到四二年一月份，晉察冀、太行、太嶽等各大根據地內的部隊，還有很大一部分部隊沒有換上冬裝。中央付出很大代價向河東地區調集的棉花和布匹，還沒有來得及製作成冬裝，就在日軍冬季大掃蕩之中被摧毀了相當大的一部分。