聖旨中澄清了李選侍虐待儲君，甚至是害死皇帝生母王才人一事，並痛斥楊漣等人欺天子年幼，擅自干涉帝王家事，妄圖操縱天子。同時下詔封李選侍爲康太妃，正式執掌慈慶宮。畢竟是便宜老子最心愛的女人，駕崩前都明確交代大臣們要給她封皇妃的，就算是封了皇太妃，也無法威脅朱由校的地位。
羣臣看到這道聖旨，又是一陣騷動。
朱由校儘管是東林黨推上皇位的，但朱由校本身就是皇太子，所以身份是合法的。他此時自然可以跳出來清算東林黨。歷史上天啓皇帝清算東林黨的時候深居簡出，顯然不是因爲不能公然清算東林黨，很可能是被下了毒。
齊楚浙黨則是神色興奮，皇帝對東林黨下手，對他們自然是最有利的。不過齊楚浙黨相比東林黨來說，要鬆散得多，這也是齊楚浙黨爲什麼在朝堂上如果沒有皇帝支持，就爭不過東林黨的原因。
楊漣等人被逮捕，向東林黨開戰的第一槍已經打響了。錦衣衛和東廠奔赴各省，迅速將楊漣等人的家人全部逮捕，並查抄了資產。
一番查抄下來，資產查抄了將近十萬兩白銀，各種來歷不明的資產，楊漣這些傢伙，底子全都不乾淨，否則靠那點俸祿怎麼過日子啊？
朱由校隨即讓人在皇家軍工廠邊上建了一個新監獄，然後將楊漣這些罪臣送入監獄，進行‘勞動改造’，也包括他們的家人，一律打上刺青，穿上囚服，每天在看管之下，到皇家軍工廠做苦力活。
監獄暫時還比較簡陋，不過已經在大興土木了，用不了多久一個設施完備的新監獄就能建設出來。
朱由校親自前往監獄巡視了一次，聖鬥士楊漣一看到朱由校，馬上指着鼻子大罵：“昏君，昏君啊！”
“哈哈！”朱由校暢快的大笑一聲，對楊漣問道：“愛卿，你是不是很氣啊？”
聽到朱由校這句話，楊漣差點氣得吐血。自從被逮捕之後，他們先是被關押在了東廠大牢內，然而東廠特務對他們根本就是審都不審，讓他們連辯駁的機會都沒有。很快一羣家小也進來作伴了，讓楊漣等人大喫一驚。
不僅自家的進來了，連他們的兄弟家小都被抓了進來。
這些親屬見到楊漣等人，不是哭得昏天地暗，就是大罵他們得罪了皇帝，以至於連累親族。
最慘的當屬左光斗，他的一個叔伯侄子被抓進來後，當場和左光斗撕逼，把左光斗摁在地上胖揍了一頓，被打得鼻青臉腫的左光斗，身體倒是無恙。朱由校見到左光斗鼻青臉腫的模樣，隨即吩咐道：“來人，去請個御醫來給他看看，再給他安排個獨立牢房，別被打死了。”
“陛下真是宅心仁厚啊！”李進忠拍了個馬屁。
朱由校巡視了一圈，又把監獄看管制度修改了一番。這些罪臣的家小，上了年紀的就好好養着，不用參與勞動。其他的貶爲官奴，安排去做苦力，從他們身上壓榨人口紅利，制度上一定程度參考了宋代的模式。
楊漣等人的家屬遭到連坐，也引起了朝中巨大的議論。很快奏章就如同雨點一般送到了司禮監。
自從王安被朱由校查抄問罪之後，朱由校從內書堂提拔了兩個文采不錯的太監，一個當司禮監掌印，一個當司禮監秉筆。李進忠則專心負責東廠事務。
此時的司禮監，基本上已經沒有什麼權力了，僅限於幫皇帝處理奏摺、草擬聖旨之類的。對宮內已經失去了管理權，同時也不再管理皇莊、皇店。雖然看上去處理奏摺、草擬聖旨權力很大，實際上並沒有什麼權力。
他權力的太監，又沒人事管理權，也沒有軍權。他們的權力是完全依附於皇權的，朱由校隨時能夠把他們解僱，基本上就是相當於兩個祕書。
“皇上，這上百道奏章，都是反對連坐的。”司禮監掌印太監叫李朝慶，是個四十多歲的太監，性格十分穩重。擔任司禮監掌印之後，每天都會在司禮監將奏章分類，然後送到皇帝面前。
“全部扔了吧！”朱由校揮了揮手，對於這樣的奏章朱由校根本懶得看，連坐制遭到羣臣反對這自然是極爲正常的。現在的大明，有幾個官員底子乾淨的？
楊漣等人被逮捕下獄，東林黨一羣人開始謀劃如何營救的問題。見個人上奏不見效，於是東林黨開始上躥下跳，又給皇帝上了一道聯名奏章。
面對依舊跳個不停的東林黨，朱由校真心有些惱火了。
當個皇帝容易麼？
處置幾個大臣，就好像捅了馬蜂窩一樣。
“李進忠，田爾耕，你們兩個馬上給朕狠狠查查這些東林黨，只要貪污受賄的一律逮捕下獄。”朱由校把李進忠和田爾耕叫進了宮內，對他們兩個吩咐了一番。
“是，皇上。”兩人應諾，朱由校看了看他們兩個，這兩個最近關係貌似不錯，錦衣衛和東廠近來貌似處於蜜月期啊！
那還分開幹嘛？乾脆合併算了。
“誰查到的多，朕有賞。”朱由校瞥了一眼他們兩個，隨即好似不經意的說了一句。田爾耕雙眼一亮，剛剛晉升錦衣衛指揮使的田爾耕，還不太敢和李進忠競爭，畢竟李進忠是皇帝最親近的心腹。然而這次皇帝的話，顯然是要挑起競爭了。
“謝皇上。”兩人叩謝，李進忠自然也是知道怎麼回事，皇帝登基以來，已經表現出了極爲高明的平衡之術。
宮內司禮監權力被削弱，他李進忠提督東廠，張炎提督御馬監，宮內沒有一個太監能夠管理全局。
不過李進忠並不是很擔心，只要用心辦事是了。
兩人出宮後，錦衣衛和東廠，隨即大打反腐牌。這張牌簡直就如同王炸一般，對東林黨產生巨大的殺傷力。
錦衣衛和東廠只是隨便一查，就抓到了不少東林黨貪腐的小辮子。每天都有東林黨官員被錦衣衛和東廠帶走審訊，查出鐵證就是連坐下獄。
東林黨一陣雞飛狗跳，紛紛叫苦鳴冤，好似意思在說，皇帝你不按套路出牌，已經‘防禦過當’了。這年頭有幾個底子是乾淨的？朝廷那麼點俸祿夠他們過活麼？
但是皇帝這番架勢，倒是第一次把不少東林黨官員嚇到了，一時間除了東林黨那一羣比較廉潔的官員外，其他的人人自危，生怕半夜被錦衣衛和東廠的番子破門而入。同時希望能找到一些功績，來挽回皇帝對他們的信任。
可惜的是，功績沒找到，又讓朱由校發現了一個大案。這個大案之所以被朱由校發現，主要還是大明皇家銀行的季度報表引起的。
大明皇家銀行的季度盈利很糟糕，大量的攬儲資金都用來投資農業墾荒了，一時半會產生不了盈利。
爲了扭轉大明皇家銀行的盈利糟糕問題，朱由校一拍腦子想到了鑄幣。大明的紙幣儘管貶值到退出了市場，但不是還有銅錢鑄造嗎？
搞了半天，朱由校還不知道官方鑄幣每年能賺多少銀子。於是朱由校讓司禮監掌印李朝慶去內閣詢問葉向高鑄幣收入。
葉向高竟也不知，還專門跑去詢問了一番，這才上奏說在鑄的‘泰昌通寶’大半年下來，僅入一萬五千兩。
朱由校一聽這個數字，當場就炸毛了，鑄幣利潤豈會如此之低？當他是三歲小孩麼？