西班牙人戰敗了，呂宋羣島已經被大明全面接管。大明的行政官員也到了呂宋羣島，並開始着手摧毀土著的統治結構。當然飯要一口一口的喫，和多島嶼目前還是要靠土著進行管理的。不過在呂宋本島上，這樣的政策是率先實行的，即將原本的土著統治者一腳踹開，由大明官府直接管理土著。同時再輔以一些土著或者在呂宋生活的漢人對土著進行溝通。
爲了保護漢人在呂宋島的安全，不被土著侵害。大明官府開始在呂宋行政後，立即出臺了嚴格的刑法，那些對漢人進行犯罪的土著都將進行嚴懲。同時就是讓軍方進行配合，在各地進行駐軍，一邊保護漢人安全，一邊對土著手中的殺傷性武器進行嚴格管制。弓弩、火器是土著不可持有的，同時進剿那些不服管教的土著勢力。
不服管教的土著肯定是有的，特別是大明官方直接對呂宋進行行政，而不是通過土著統治者出面。不過那些土著的反抗並不能動搖大明對呂宋的統治地位，這無關德行。而是力量上就碾壓了。
土著沒文化，沒有生產力，還很懶惰。大明要想鎮壓那些作亂的土著，只要投入兵力進行剿滅，只要那些土著不是一味的進行遊擊戰，剿滅起來還是比較容易的。不過土著沒什麼文化，他們在游擊戰方面並沒有完整的理論。
這是文明高度的碾壓。
德行、勢力、智慧，這是古人總結出的決定戰爭勝利的三大要素，然而土著不管是在德行還是勢力，或者是智慧上都比大明要差太多了。所以不管這些土著如何反抗。他們註定是胳膊擰不過大腿。
當然，此時大明在對外擴張過程中，朱由校已經明確要求不可進行屠殺、奸（和諧）淫、搶劫平民等有損陰德的行爲。
但對於那些反抗大明統治的土著，那就不一樣了。這個世界本就是弱肉強食，剿滅那些不服從統治的土著並不會有損陰德。
所以那些反抗大明統治的土著，註定是要被大明給消滅的。他們的裝備和軍事素質都太差。在大明的正規軍面前根本不堪一擊。而且這些土著也不團結，並且很容易收買，還很懶惰。
朱由校派來的調查組，因爲路上碰上了不良海況，逗留在臺灣大半個月才啓程前往呂宋。
到達的時候已經是農曆七月下旬了。
調查組到達後，隨即對萬曆年間漢人遭到屠殺的事件進行了相關的調查。當年的往事也沒過去多久，很多人還是有深刻記憶的。調查局經過調查後馬上揪出了一大堆參與了當年屠殺行爲的土著統治者，同時還揪出了不少參與屠殺的土著民。
不過西班牙人才是屠殺漢人的主謀，不過很多西班牙人已經被調回本土。特別是那一任的西班牙駐菲律賓總督。
既然調回去了，自然就是拿現在的西班牙駐菲律賓總督出氣，總得拉幾個出來頂缸，以告慰被屠殺的漢人在天之靈。同時也是要通過實際行動來告訴所有人，屠殺漢人沒有好下場。
爲了抓捕那些參與屠殺的土著，官府發佈了懸賞令，鼓勵土著對參與屠殺的土著進行揭發，揭發之後是有獎勵的。
抓獲了之後，再進行一一覈實。
畢竟當年的屠殺是羣體活動，覈實起來還是比較容易的。而且這些參與屠殺的土著，都有共同的年齡特徵，那就是年齡不小。
在經過一番逮捕之後。抓捕上萬名土著，經過一番覈實之後放了三千多人，有七千多人被確定參與了當年大屠殺的土著，這些土著被一批接一批的被拉到馬尼拉郊外執行了槍斃。
因爲大量土著被槍決，馬尼拉郊外的刑場很快就‘血流成河’。看得那些土著心驚膽戰。
上百名被揪出來頂缸的西班牙殖民者，則被調查帶回了京城，這些西班牙殖民者將在京城進行問斬，以在本土對大明百姓一個交代。
就在調查組徹查屠殺事件的時候，一支黃金部隊的勘探隊也來到了呂宋，在呂宋成立了一個‘南洋黃金勘探總局’，並開始在南洋各地到處勘探黃金，並在軍隊的保護之下，向婆羅洲進行勘探。
婆羅洲當前是沒有殖民者佔領的，婆羅洲的土地雖然比較貧瘠，但卻有黃金。同時還有石油，後世的文萊就位於婆羅洲。除此之外，婆羅洲擁有除巴西雨林之外最大的熱帶雨林。
對婆羅洲的殖民活動也被納入海軍的計劃，即便土地貧瘠一些，但在沿海開闢一些據點，然後把島嶼佔領了也不用話費太大的功夫。這麼大的第一塊地方，即便土地貧瘠一些，也是有很多資源的。沿海地區交通比較方便，漢民移民到婆羅洲也不可能混成山區貧民。
開採黃金這是朝廷中央的事情，而呂宋當地的殖民利益，卻則地方官府要考慮的。他們接管了西班牙人在呂宋的殖民成果，此時的呂宋羣島上，已經發展出了不少種植園。這些種植園很多都是漢人的，不過不少在萬曆年間的屠殺過後，變成了西班牙人的了。
西班牙人已經完蛋了，這些種植園也就變成了大明的官方資產。
同時呂宋還是有一批漢人種植園的，這些漢人擁有的種植園自然不會去動。但是那些土著擁有的種植園，就遭殃了。
大明官府直接出臺了針對土著種植園主的稅收政策，對土著種植園主施加重稅，不把這些種植園主整成窮B決不罷休。
這些開闢出來的種植園，官府直接就可以進行稅收。每年可以產出不少的胡椒、水稻和棉花、甘蔗。
這年頭呂宋也是有種植棉花的。當然熱帶地區也少不了椰子之類的玩意。
對於大
明來說，胡椒這種玩意確實是可以賺到錢的，國內擁有比較廣闊的市場。種植胡椒也是可以種的，不過大明更需要的是大米和棉花。
所以官方對種植園徵收的稅收就有區別了，種植水稻和棉花的種植園收取的稅收最低，更高的則是甘蔗種植園。而胡椒種植園的稅收則是最高的。這樣的稅收政策，主要是爲了鼓勵水稻和棉花種植業，當然也不是一竿子打死胡椒種植業，只是平衡胡椒種植業和水稻、棉花的種植收益，使得種植一畝胡椒的收益和種植一畝水稻及棉花差距不會太大，以免種植太多的胡椒。