而已經取得雲隱兩隻尾獸的佑介暫時也並沒有再繼續攻打雲隱的打算，向雲隱索取了極爲高額的賠償後，便接受了對方的投降。
雖然雲隱內部依然有不少衝動的忍者堅持寧爲玉碎不爲瓦全，想要和木葉死戰到底。
不過現在有冷靜派的土臺主持大局，這些聲音都被壓了下來。
也因爲這個原因，土臺被不少雲隱的忍者詆譭貪生怕死。
不過土臺清楚的知道，在這個危險的時刻，不論有怎樣的壓力他自己都必須要穩住。
土臺之所以這麼快敲定向木葉投降的事宜，也是爲了防止木葉繼續進攻造成更大的損失。
經過這一次戰役，雲隱村已經元氣大傷，最強的幾名忍者損失殆盡。
四代雷影身體雖然被搶回，但是重傷不治身亡，二尾人柱力和八尾人柱力也被木葉活捉。原本在五大忍村中也算數一數二的雲隱村現在一下成爲了墊底的存在。
如果木葉再繼續發動攻勢，那麼雲隱的損失就更加不可估量，嚴重的話別說雲隱村甚至雷之國都可能會滅亡。
做出投降的決定並送出請降書後，雲隱立刻通過傳訊封印陣將消息也通知了霧隱。
傳訊工具在火影世界是有的，不過顯然沒有普及，只有一些重要的場合會用到
這倒不是雲隱有多麼厚道，只是雲隱不希望這個時候再和任何其他忍村結怨。
本來這次戰爭就是雲隱主導的，如果雲隱先投降而不通知盟友，之後導致了霧隱損失慘重，這必然會極大的影響兩個忍村甚至兩個國家的關係。
如果是以前雲隱還不在乎霧隱的態度，但是現在的雲隱在未來很長的一段時間內都必須要戰戰兢兢的處理外交關係了。
霧隱收到雲隱傳來的消息後，內部也是一片譁然。霧隱高層們也完全沒有想到強大的雲隱竟然會失敗，甚至敗的那麼徹底。
不過既然作爲主攻方的雲隱已經投降，霧隱就更沒有理由繼續和木葉戰鬥。
霧隱高層立刻召集會議討論向木葉議和，雖然被帶土控制四代水影堅持要打完這一場戰爭，但是村子內部沒有任何一個人支持他。
最終霧隱也在雲隱投降的第二天向木葉提出了求和，並且願意支付這次戰爭木葉與霧隱交戰所有的損失並提供額外的物資賠償。
對於霧隱的求和，如果戰線的主帥是佑介可能還不會這麼快同意，畢竟三尾沒有到手，並且佑介的習慣也是將對手先教訓一頓之後再和談。
但是現在主帥是熱愛和平的自來也，見敵人願意求和並賠償，自然是欣喜的接受了。
霧隱的快速求和，也讓佑介奪取三尾的計劃落空，算是晚了一步。剛剛飛到東邊戰線的分身玄鴉又原路飛回了木葉村，這也讓佑介有些哭笑不得。
不過對此佑介倒並不太在意，有了二尾和八尾，足夠在自己的咒印之中再添一隻尾獸，併爲每一個弟子也施加一個適合他們的咒印。
當雲隱投降、霧隱求和之後，整個忍界都對木葉取得這樣的戰果不可置信。
木葉雖然身爲五大忍村之首，但近年來明顯每況愈下。
這種情況下，木葉竟然能夠抵擋住兩個同等級別忍村的進攻，甚至其中還包含隱隱有最強之名的雲隱村，這就讓人感到非常的不可思議。
由佑介統領的宇智波一族以強大無比的姿態迴歸了忍界視線。
身爲宇智波一族族長的佑介親手打得四代雷影重傷不治，並且活捉了完美人柱力奇拉比，隱隱有忍界第一高手威勢。
而不過剛剛十歲就能活捉二尾人柱力的鼬以及擊敗了雲隱智將土臺的泉美，名聲也傳遍了忍界。
因爲鼬和泉美名揚忍界，同爲佑介弟子的兜的信息也被八卦的人挖了出來，但因爲沒有實際的戰績，兜廣泛被認爲是一個拖後腿的。這也讓兜鬱悶了一段時間。
當帶領大軍回到木葉之後，佑介得知三代火影身亡的消息時也是吃了一驚。
因爲在戰爭時期，木葉高層暫時封鎖了三代的死訊，佑介也是回到村子之後才知道這這件事。
對於三代，佑介的評價是貶大於褒的。毫無疑問三代是將村子放在第一位的，爲了村子三代願意犧牲自己。
但是三代的軟弱讓他做出許多錯誤的決定，也將木葉從強盛推向了衰敗。可以說如果不是原著之中主角鳴人是在木葉，那麼木葉早就完蛋了。
現在三代已經入土，而四代火影還在昏迷當中，整個木葉羣龍無首，所有的大事都只能由身爲火影首席顧問的佑介來決斷。
這一變化倒是讓佑介十分的不適應，畢竟他除了修煉，還有不少研究需要進行，比如解決泉美萬花筒寫輪眼不斷損耗的問題、或是結合流刃若火的力量開發一些新的炎遁忍術。
由於佑介擊潰雲隱爲木葉這場戰爭勝利奠定基礎，個人地位和聲望在木葉也已經達到了頂峯，村子中提議佑介成爲五代目火影的呼聲也非常高，不過都被佑介全力壓了下來。
對於成爲火影，佑介並沒有太大興趣。他的想法是幾年後扶持鼬成爲火影，自己隱藏在幕後即可。
現在的確是一個扶持火影上位非常好的時機，只可惜鼬的年齡實在是太小了。
見佑介堅持推辭五代火影之位，衆人也沒有辦法。最後商定給予了佑介火影半袖的榮譽，以表彰他對木葉的功勳。
木葉上一位擁有火影半袖榮譽的忍者，正是木葉白牙旗木朔茂。
戰爭結束之後大約一個月，木葉研究院也已經修建完畢，研究院位於宇智波一族駐地的東側，靠近木葉警務部。佑介便將自己的實驗室以及辦公室正式遷移到了木葉研究院之中。
木葉研究院的修建，可謂是耗資巨大，所有的設備都是忍界最先進的，不少還是從他國進口引入。也幸虧是由火之國大名撥款建造，否則光是木葉根本承擔不起這一費用。
在研究院四周以及內部，佑介設置了大量的結界與封印陣，確保研究院研究成果萬無一失。
而研究院一旁，佑介還規劃了一片空地，用於以後建造一個學院，專門爲研究院補充人才。
此時研究院最高層的實驗室中，佑介剛剛完成了從人柱力中抽取尾獸的工作，一旁幾個弟子則乖乖的站着，等着老師來分發尾獸。
實驗室的中央有兩個封印陣，封印陣上都懸浮着一顆散發着強大查克拉力量的光球。
左邊一顆光球呈灰色，裏面隱隱可以看到章魚腳一般的陰影，其中封印着的是八尾牛鬼。
而另一顆光球則燃燒着幽藍色的火焰，其中封印着的便是二尾妖貓右旅。