畢竟獨孤軒軒是萬清源心中一直暗戀的女人，又是從小相伴玩耍到大，二人之間是有感情的，當然萬清源對獨孤軒軒的感情與獨孤軒軒對萬清源的感情絕對不一樣，萬清源是在心中暗戀着獨孤軒軒，而獨孤軒軒僅僅只是將萬清源當做兄長一般對待，獨孤軒軒倒是有些體會到萬清源對自己的感情似乎有點男女之間的那層意思，不過獨孤軒軒隨即便否定了自己的觀點，懷疑自己是不是想得有點多。
萬清源並不想獨孤軒軒死去，更加的不願意是自己親手害死獨孤軒軒，但是爲了自己的前途，萬清源又不得不這樣去做，只有幹掉獨孤軒軒，自己才能在青城山站穩腳跟，纔有機會做人上人，之前被魔公子謝謙欺負鄙視的日子，萬清源已經受夠了，好不容易被教主夫人師思思看上，收做身邊的侍者，萬清源不願意再回到被人任意欺辱的過去，萬清源要出人頭地，正是這種想法，促使萬清源狠下心來主動自薦前來西城準備幹掉自己的好朋友。
萬清源是痛苦的。但如果用自己的這種痛苦換來今後的榮華富貴高人一等，萬清源從骨子裏都是願意的，若是自己不是祁府的管家的兒子，那麼自己就可以堂堂正正地去追求獨孤軒軒。
正是因爲自己僅僅是祁府下人的孩子，便沒有機會得到祁府的大小姐，在得知獨孤軒軒與一笑山莊少莊主秦小癡聯姻消息之後，萬清源整個人都顯得沮喪和失落，即使是父親大管家萬程前來規勸和安慰，那也是勸萬清源不要忘記自己的身份。
萬清源實在想不通自己可是從小就和獨孤軒軒一起長大，一塊玩耍，彼此之間的感情自然深厚，在萬清源的心裏，早就將獨孤軒軒看成是自己的女人，但是萬清源性格有些內向，雖然是自己個兒這樣想的，可就是沒有當着獨孤軒軒的面親口說出來。萬清源認爲自己與獨孤軒軒如此這般要好，不僅僅是江南祁府的人看得出來，就是整個蘇城的人，只要是認識自己和獨孤軒軒的，無一不知道自己和獨孤軒軒的關係。
這只是萬清源一個人的想法，至於獨孤軒軒如何想法，萬清源也沒有問過，所以獨孤軒軒也沒有說過，萬清源只是從獨孤軒軒對自己的表現來分析，認爲獨孤軒軒也和自己一樣，喜歡對方。
直到斷魂刀祁初宣佈獨孤軒軒與一笑山莊少莊主秦小癡婚訊的時候，萬清源這才明白過來，自己絕對不是斷魂刀祁初心中所選，而獨孤軒軒似乎也是沒有考慮到自己，因爲獨孤軒軒後來爲了此事離家出走，並沒有和自己商議此事，而是自己獨自出門，這一走大約有一月有餘，等到獨孤軒軒再次返回江南祁府的時候，萬清源終於明白一個道理，獨孤軒軒心中是有自己，但絕對不是男女之間相戀的彼此，獨孤軒軒只是將自己當做兄長一般。
萬清源擔心的是獨孤軒軒一人出門，若是遇見壞人又該怎麼辦？其實萬清源也明白獨孤軒軒的武功，絕不是三五個江湖角色就能得手的，萬清源也知道自己的所謂的擔心就是多餘的，但就是放不下心來。
萬清源感到淒涼的原因，起初還一直認爲獨孤軒軒也會和自己一樣，對對方充滿愛戀，可是等到最後，卻是那樣的結局，這個結局對萬清源來說，無異於將這二十多年的感情全盤否定，直到今日才幡然醒悟。
萬清源覺得自己現在應該是這個人世間最痛苦的人了。
等到父親前來勸慰自己的時候，萬清源才清醒過來，原來身份是那麼的重要，自己從出生的那一刻起，便被烙上下人的印記，關於這一點，萬清源沒有選擇的餘地，就像每個人都沒有選擇父母的權利一般，萬清源根本沒有資格選擇自己的出身。
所以萬清源想要通過自己的努力去改變自己的身份，這種感覺在萬清源到達青城山之後，顯得尤爲的強烈，面對魔公子謝謙，萬清源表面上流露出的是無限的臣服，可是在心裏，萬清源已經開始在思考自己一定要改變這一切，只要有機會，無論是採取什麼樣的方法，自己都會盡全力去爭取。
之所以在到達青城山之後會有如此強烈的感受，主要因爲在江南祁府的時候，斷魂刀祁初祁老爺和夫人以及獨孤軒軒都沒有將萬清源當做下人對待，平日裏對待萬清源就像是對待自己的孩子一般，其次因爲萬清源的父親乃是江南祁府的大管家，除了主人之外，可就數大管家是權力最大的人了，江南祁府的所有下人們都對大管家萬程不敢有絲毫的不敬，萬清源乃是大管家萬程的兒子，下人們自然不敢得罪，而是處處捧着萬清源，更不敢在背後說三道四。因此萬清源在江南祁府可以說就像是一個主子一般的存在，這也讓萬清源有了一種自己就是主子的感覺。
可是等到到達青城山之後，在魔公子謝謙的眼裏和青城山其他獨孤聖教的人眼裏，萬清源就像是一隻螻蟻般的存在。