水師對於收復了南京的大明新軍而言是一支十分重要的武裝力量，朱聿鐭一直糾結的是將大明的水師分作兩支還是合爲一支。
如果是分作兩支的話，那就是一支在長江遊弋，往來於九江、安慶和南京之間，一支依舊駐守太湖，策應湖州、蘇州和杭州；還是將施琅水師和太湖水師合二爲一，全部交給施琅，統一由施琅指揮。
施琅自帶水戰buff，如果能夠加強他所率領的水師的實力，對於大明而言，無論是沿江城市的爭奪，還是沿江兵力的投送，更重要的是，有朝一日，佔領武昌之後，北伐之時，可以派遣施琅的水師配合陸師，沿着漢水北上，攻打襄陽、樊城。
當年岳飛北伐走的就是這一路。
總而言之，對於明軍而言，有百利而無一害。
朱聿鐭前世在讀書的時候，就曾聽一個歷史老師說過，太平天國最後之所以敗給了曾國藩的湘軍，固然有很多政治軍事上的原因，但是沒有加強水師的建設，是諸多原因中比較重要的一個。
當年太平軍從廣西打到湖南，在岳陽----就是明朝末年的嶽州----的時候，有很多洞庭湖的漁民加入到太平軍中來，太平軍這纔有能力攻佔武漢，並且從武漢沿江東下，只有了短短不到一個月，也就半個月多一點的時間就攻佔了南京。
但是，太平軍在攻佔南京以後，尤其是太平軍西征大軍在湖南吃了敗仗，水師幾乎是全軍覆沒以後以後，就再也沒有重建水師，哪怕是恢復水師也沒有。
相反的是，曾國藩的湘軍水師雖然屢屢遭遇重創，但是又屢屢重建，所以在後期的兩軍作戰之中，尤其是在兩軍爭奪沿江城市的時候，太平軍只能取守勢，毫無反攻的能力。
如果將施琅的水師和太湖的水師合二爲一，水師的戰力自然就更強，在長江上的優勢自然就更大。
不過，對於太湖，朱聿鐭也有自己的考慮，如今雖然太湖周圍的府縣都已經被明軍控制，並且他已經恢復了整個浙江省，但是清軍在福建的兵力還是比較強的，如果清軍從福建北上攻打浙江，同時武昌的清軍又沿江而下來打南京，那他就處在東西夾攻之中，浙江省的大部分地區都可以放棄，但是湖州、蘇州和杭州，這三個城池卻是一定要堅守的。
堅守湖州、蘇州和杭州不僅僅是從經濟利益上考慮，更重要的是因爲這三座城池都圍繞着太湖，有太湖的便利，這三座城池就能成爲一個防守整體，從東面拱衛南京，如果這三座城池丟了，南京的東面將無險可守。
三座城池要成爲一個整體，那要點就在太湖，如果沒有太湖水師，或者是太湖水師的戰力削弱，一旦清軍殺來，它們怎麼能成爲一個整體呢？
防着清軍的同時，還得防着盤踞在金門、廈門的鄭成功。
因爲朱聿鐭已經得到了祕報，鄭成功已經擁戴了朱由榔，他會不會乘着新軍主力出兵攻打武昌或者別的什麼地方的時候，鄭成功以他的水師由海路北上攻打南京，同時以陸師進入浙江，並且走太湖，那對南京而言，形勢就變得十分的兇險了。
“尊侯啊，說到水師我也頭疼啊。”朱聿鐭將自己的考慮告訴了在座的諸將，問道：“你們說一說，是將兩支水師合二爲一，還是各不統屬？”
楊廷麟首先開口了，道：“殿下，我軍雖然攻佔額南京，但是依舊是處在建虜的四面包圍之中，保留太湖水師，就是保留了我軍在南京以東的一支重要人馬，對於護衛蘇杭湖有莫大的便利。”
堵胤錫道：“殿下，卑職也覺得楊大人所言有理，我軍的主力，忠順……不，是第三軍、第四軍和第六軍都要駐守在南京以西，一是對抗建虜的主力東下，二是便於隨時西上，攻取武昌。”
朱聿鐭笑着問施琅道：“尊侯，你的意思呢？”
施琅想了想道：“殿下，卑職以爲還是留着太湖水師，只是如果殿下也要給水師番號的話，卑職希望卑職率領的水師是大明第一水師！”
袁宗第笑道：“哈哈，還是你施琅會挑時候伸手。”
施琅也笑道：“漢舉將軍，如果論組建的時候，我施琅的水師也在太湖水師的前面啊。”
朱聿鐭道：“既然你都這樣說了，那就依你，不過你要當得起第一這個名頭。我提醒你，你將來面對的水上強敵不是建虜……”
施琅正色道：“殿下放心，卑職知道，卑職的強敵是鄭家的水師。”
“不，不僅僅是鄭家的水師。”
施琅道：“管他是哪家的狗雜種，殿下要我往哪裏打，我施琅就往哪裏打！”
堵胤錫問道：“殿下，您說施琅將軍的最強悍的敵人不僅僅是鄭家的水師，那還有何處的水師？”
“盤踞在臺灣島上的荷蘭人，他們火器精良，纔是我大明新軍水師的強敵。”
“河南人？”易金福問道：“河南人不是在中原嗎？怎麼會在臺灣島呢？”
“錯了錯了，不是河南人，是荷蘭人。”朱聿鐭覺得越描越黑：“就是你們所說的紅毛鬼。”
施琅道：“哦，殿下放心，當初卑職跟着鄭芝龍的時候和紅毛鬼交過幾次手，火器着實比咱們的厲害，但是他們人不多，而且廝殺不如我等。反正越是紅毛鬼，殿下越發只管放心，卑職手裏只要有人有船有炮，管他黃毛鬼還是紅毛鬼，我都讓他到水裏去當水鬼！”
朱聿鐭道：“尊侯，你水師的正式番號是大明水師第一艦隊，太湖水師的番號不動，繼續稱太湖水師。”
施琅道：“卑職遵命。”
至此，大明新軍的所有人馬都重新整編，一支真正屬於大明王朝的新軍猶如初升的驕陽，充滿了朝氣，充滿了活力。