明軍入城之後，朱聿鐭讓陳永華騎着自己的馬，領着一部分自己的親兵，開始在城中申明軍紀。
朱聿鐭爲什麼讓陳永華去申明呢？
因爲陳永華和軍中的人都不相熟，誰敢違抗軍紀，誰敢姦淫擄掠，甚至誰敢進入民宅，他都會毫不猶豫的抓起來。
城中有一些沒來得及逃走的滿人，在城破之時，紛紛投井、懸樑而死。
朱聿鐭有攻破南京的經驗，很多事情他都能夠事前做好準備，使大軍入城時紀律嚴明。尤其是這算是大明光復南京之後的第三次北伐，確實第一次攻破省會級的城市，無論是朱聿鐭還是陳永華、馬重禧、石虎頭、康沛寧，或者是學堂裏的學員，人人都一心想着成就一番改天換地的大業，所以對軍紀特別重視。
當天晚上，明軍只有暫時沒有分配任務的抗虜軍政學堂的四百學員進城，佔領了重要的衙門和全部八座城門，對於已經被滿人侵佔的魯王府邸和鄉官巨紳的住宅，都指派學員看守，不許亂兵和壞人進去，也不許府中有人進出。
康沛寧奉旨向饑民放賑，以內人手不夠，又從獨立軍中抽調了一些沒有違反軍紀劣跡的兵士開赴大明湖駐紮。
整個進入城中的大明新軍，不到三千人。餘者都駐紮在郊外。
陳永華是最早在城中申明軍紀的，朱聿鐭乾脆將城中巡邏治安的任務就交給他。
從是夜起就有騎兵沿街巡邏，敲鑼傳諭大明皇帝的幾條禁令。
當城中抵抗的清兵和滿人被徹底的肅清之後，朱聿鐭才領着親兵入城，將布政使衙門作爲自己的行宮。
這時大街上和十字路口都張貼了以大明皇帝的名義發佈的檄文和詔書。
詔書上說得清楚，除了收繳建虜的財貨土地，解放奴才，鄉紳百姓的財產一概不動。
一開始，百姓們，尤其是富戶豪門還不信朱聿鐭的詔書，這些人都隔着門縫悄悄地向外窺探，隨後有平民小戶之家或膽於較大的人，開了半扇門，探出頭來。隨後有人走出，大膽張望，向鄰居們互相詢問。
大明的軍馬破城後確實紀律很好，堪稱古人所說的“王者之師”，彷彿是洪武皇帝復生一般，又聽見巡邏兵丁的沿街傳諭，大家的心更安了。
到了這個時候，濟南百姓懸着的心纔算是放了下來。
濟南府的局勢穩定下來之後，朱聿鐭將馬重禧召到身邊，道：“黑虎星，我給你兩萬人，再給個番號給你，大明新軍第十軍，你做軍帥，山東省內或有打我大明旗號的人馬，都挺你的調遣，你能給我將整個山東省都拿下嗎？”
馬重禧一愣，康沛寧笑道：“黑虎叔，陛下這是擡舉你，要讓你獨當一面了。”
馬重禧聽了康沛寧的話，拍着胸脯道：“陛下看得起俺老黑，那俺老黑就行，不行也得行！”
馬重禧雖然在軍政學堂學習過一段時間，但是朱聿鐭對他還是有些不放心，問道：“黑虎星，我問你，現在你只有一個濟南府，手裏的兵力只有兩萬人，而且，這兩萬人馬還不能打硬仗，你準備怎麼把山東都拿下來？”
馬重禧想了想道：“首先，俺老黑分出一半的兵力，主要是紅衣大炮，拿出二十門來，幫着那些歸順咱大明的義軍，將山東的州府都拿下來。”
“怎麼辦？”馬重禧愣了愣：“還能怎麼辦？當然是打唄！”
朱聿鐭問道：“如果在你平定山東所有的州府之前，建虜從河北調十萬，甚至更多的人馬來攻打濟南，你怎麼辦？”
“這……”馬重禧一時不知該怎麼回答朱聿鐭的問題了。
朱聿鐭道：“所以，你攻打山東其他州府的順序是先南後北，我這裏所說的南，指得是泰山以南。黃河以北的可以暫時放着不去管。如果建虜來攻打濟南，兵馬不多，你要堅決的守住濟南城，如果建虜的人馬多了，你就放棄濟南，退往泰山。你還記得我在學堂裏對你說的那句話嗎？”
馬重禧回答道：“有人就有地盤，沒人啥都沒有。”
“我原話是這麼說的嗎？”
康沛寧道：“存人失地，人地皆存；存地失人，人地皆失。”
“對，這纔是我的原話。”朱聿鐭這句話是剽竊的偉人的，只不過這個世上除了他自己，沒人知道。朱聿鐭接着道：“所以，你要先行派一部分人馬，在泰山上安營寨扎。我任命的那些軍帥中，就有人是山大王出身，你可以派他先行上山。”
馬重禧道：“陛下，俺知道了。”
朱聿鐭又道：“對於投靠咱們的這些義軍首領，他們是各有不同的目的來投靠咱們的，就算他們不服從你的號令，你可以將他拿下，可以關起來，就是不能隨便的下殺手，因爲一旦你啥了他們的人，其他的那些首領也會和你離心離德，因爲他們怕自己會是下一個……”
馬重禧聽了這話，想到了曹操。
這裏的曹操不是三國中的曹操，而是明末的一名農民起義軍的領袖羅汝才，李自成後來一潰千里，無論是張獻忠還是別的義軍首領都不願意上來拉李自成一把，就是因爲李自成殺了羅汝才。
馬重禧道：“陛下放心，微臣一定謹遵聖旨。”
朱聿鐭微微一笑：“怎麼，又想起闖王了？”
馬重禧一驚，他沒有想到朱聿鐭竟然知道自己的心裏在想什麼，他不敢撒謊：“回稟陛下，微臣是想到闖王了。”
朱聿鐭沒有沿着這個話題再說下去，接着道：“對於這些義軍首領，你要以幫助他們操練人馬爲名，往他們的軍中多派參軍、長史和司馬，你明白我的意思嗎？”
馬重禧道：“俺明白，就是慢慢的架空他們。”
“不，你錯了。”朱聿鐭道：“你萬萬不能有這樣的想法，我是要他們真正的成爲我大明的一員，你要真心誠意的幫助他們發展壯大，要實實在在的幫他們提高軍隊的戰鬥力……”
馬重禧問道：“要是他們喫飽了就反水，或者是投靠建虜，那咋弄？”
石虎頭笑道：“黑哥，他們只要喫飽了就不可能反水，喫不飽纔會反水。小弟跟着陛下從贛州到濟南，尤其是當初在贛州，那麼的艱難，那麼多雜七雜八的人馬，誰都不聽誰的，後來陛下讓他們喫飽了，除了那姓童的和姓陳的，其他的如今都跟着陛下在抗擊建虜。”
馬重禧道：“成，俺就按陛下交代去做便是。”