此時第三新東京市已經建造完成並開始運行多年。
在第三新東京市的居民大部分爲軍人的家屬，變種人和外星人。
因爲獨立日戰爭使得外星人被迫公開，故此在與安理會溝通後，得到了他們的同意，第三新東京市對外星人開放。
在這裏外星人不需要遮掩自己的樣貌，可以大大方方的出現在第三新東京市。
人類總是在尋找新奇和刺激，雖然獨立日給各國帶來了傷害，不過時間已經過去了十年，一部分人已經忘了當時的恐懼。
帶着對外星人的好奇，第三新東京市竟然發展起了旅遊業，每年都有不計其數的各國公民不遠萬里坐飛機來到第三新東京市。
一是爲了外星人，二也是見識一下第三新東京市的超高科技產物，天井都市。
每當夜晚降臨，大樓便會降落進入地底空洞，而在清晨升起，迎接第一縷陽光。
天井都市下的地底空洞，這裏是第三新東京市的核心，NERV司令部。
NERV最高領導爲司令萊維佛福特，副司令佩姬卡特。
接下來分爲管理部，管理一課(人事)、二課(訓練)、三課(設施)、四課(補給)
戰術作戰部，作戰一局（MIB下的軍隊，主要負責對外星人作戰。），二局（歐羅巴魔法部），三局（正十字騎士團）
科學調查分析部，原MIB探員，主要負責對地球外星事件的調查和分析。
技術開發部，原MIB科研部門以及漢默工業
其餘類似於總務部，特務部（大陸酒店的殺手們）等等
可以說如今NERV的發展十分的迅速，已經成爲了龐然大物，達到了各國默許其成爲一個獨立的王國。
此時NERV地下空洞，司令指揮部內。
大家顯得都有些悠閒，喝着咖啡，監控着地球外的一切。
不過很快大家就悠閒不了，MAGI發出了警報，地球外有空間能量涌現，有人空間跳躍到了地球軌道外。
但是近日來第三新東京市並沒有收到申請，所以這是路過還是別有目的。
無論是哪一種，現在所有人都忙碌起來。
一艘，一艘，一個艦隊出現在地球之外。
“是克里帝國，是克里帝國指控者羅南的專屬艦隊。”
克里帝國，對於NERV的人來說也算是一個熟悉的名稱。
因爲在幾年前通過銀河共和國的情報，NERV得知了德魯克星的蟲族人入侵就是收到了克里帝國的指派。
所以這一次克里帝國指揮着羅南率領艦隊出現在地球外，所有人明白在這一次來者不善。
最先得到消息的是居住於第三新東京市的副司令佩姬卡特。
“是克里人麼。”
在得到肯定回答後，佩姬卡特沒有猶豫直接下令道，“拉響警報，天井都市準備下沉，通知作戰一局進入戒備狀態，所有飛行員就位，準備上空。”
“瞭解。”
看着手下忙碌，佩姬卡特拿起手邊的電話通知萊維·佛福特。
就在NERV進入戒備狀態是，外太空克里艦隊的主艦上，羅南俯視着這個美麗的星球，喃喃自語道，
“就是這個星球奪走了宇宙靈球麼，還真是美麗的星球，可惜就要被毀了啊。”
又注視了一會兒，羅南道，“向米德加爾特扔下導彈，毀了他們。”
很快克裏艦隊就開始行動起來，炮口打開向着地球扔下了一顆顆導彈，垂直落下。
畢竟好像曾經克里人在這裏做個實驗，也許是當時的遺留吧。
不過羅南不相信，整個米德加爾特都會那麼強，如果是這樣米德加爾特一早就名動宇宙了，那會落魄到現在，不調查根本沒人知道這顆星球。
羅南注視着導彈飛速的落下，突然羅南的眉頭一挑。
無數激光自地球表面射出，直接將克里人的導彈卻不炸燬，一點都沒有剩下。
一艘艘VF系列的飛機藉着在第三新東京市建立的質量加速器，筆直的朝着天空而去。
質量加速器來自於高達seed，一個加速龐大的工具，能夠將物體送上太空的巨大發射機。
通過加速器VF很快就來到了地球近軌附近。
令人奇怪的是看着地球的戰機上空，克里人竟然一點反應都沒有就這樣目視着VF飛上天空，排列好陣型嚴陣以待。
已經來到總部的萊維望着克里人的行爲，不滿的撇撇嘴，嘀咕道，“外星人的傲慢。”
“史蒂夫，聽得見麼。”
升級成爲NERV一塊磚的美隊答道，“聽得見，司令請吩咐。”
“讓他們見識一下地球的實力，給老子弄死他們。”
“瞭解。”美隊馬上回應，之後在頻道中說道，“所有人都有，讓他們認識一下我們地球人，史蒂夫·羅傑斯，出發。”
美隊首當其衝帶着訓練已久的VF系列的太空戰機隊伍向着克里人出發。
羅南望着VF戰機，只感覺他們好像撲向火堆的飛蛾一般，冷漠的下達命令道，“將戰機派出去，讓他們知道什麼叫做絕望。”
羅南的副手答了一聲，正要下去吩咐的時候，艦隊的後面響起了警報。
畫面第一時間傳達到羅南的面前，望着艦隊上面的表示羅南的眉頭一挑，是阿斯加德的軍隊。
此時克里艦隊算是被前後夾擊了，更可怕的是阿斯加德的軍隊不遜於克里艦隊，而且他們身後還有可怕的彩虹橋。
彩虹橋不單單是傳送工具，它還能夠成爲超遠程大功率破壞性武器。
在雷神中洛基就曾經想用彩虹橋毀了約頓海姆。
“現在怎麼辦。”
羅南眉頭緊鎖良久，道，“打，就這樣灰溜溜的回去，別人會如何看我們克里人。
艦隊開始變化陣型，一前一後，6成力量對着米德加爾特先把他們吞了，然後再去對付後面的阿斯加德人。”
副手聽完沒有半分的猶豫當即下命令，太空中的克里艦隊開始變化陣型，抵擋來自前後的敵人。
此時阿斯加德指揮，托爾望着克里艦隊的變化，馬上就明白了羅南的打算。
克里人不慫，阿斯加德更沒有理由慫了，托爾舉起雷神之錘大吼道，“阿斯加德萬歲~~~”
與此同時，地球，第三新東京市，地下空洞的電梯中。
一個皮膚灰白好像老頭，樣子卻完全有別於地球人的老傢伙出現在這裏，他的身邊還有着身材高大，灰色皮膚，握着一把大錘的外星人跟在他的身邊。
他們兩個人是滅霸的黑暗教團的黑曜五將烏木喉以及黑矮星。
兩人很快就被戒備的探員發現，“你們...”
烏木喉手指輕輕一勾，戒備的探員倒飛出去撞在牆上，一口鮮血吐出，但落在地上已經沒有呼吸了。
烏木喉緩緩的從地上漂浮起來，向着NERV的司令部走去。