一時之間，朝野上下議論紛紛，羣臣上奏顯陵當北遷，但朱厚熜欲南巡，親自調度，下旨從太倉庫調銀二十萬兩以供戶部使用，並命禮部整理南巡之典章禮儀，又命工部大修沿途行宮。
直至此刻，羣臣方纔感覺到南巡一事，耗費巨大。朝堂之上，諸臣反對，以皇帝不可輕動爲由，更有英宗皇帝及武宗皇帝先例在前，反對朱厚熜南巡之聲，一浪高過一浪。
先是正月二十七日，工部郎中嶽倫上疏諫阻，命錦衣衛逮訊罷斥爲民。又有太學生陳良鼎上疏道：“乘輿南幸，隨從衆多，郡縣須修橋鋪路，建造行宮，迎來送往耗費巨大，此實非利國利民之舉。臣聞河南及湖廣各地連年水旱，百姓頻頻告急。當地官員聽說天子駕臨，已預徵來年賦稅，百姓只好典賣財產、賣兒鬻女相應付。莫如遣臣護柩南下歸葬，這樣既可免皇上親自犯霜露、勞玉體，又可免損民費財。”待奏疏入宮，朱厚熜下詔命關入錦衣衛大獄，並遭杖責，擬流入邊疆。
二月八日，吏部尚書許瓚、都察院左都御史王廷相等上疏諫阻南巡，朱厚熜怒斥：“朕乃天子，臣子無禮！朕恭詣顯陵，爲親計度，孝誠已發，出自朕心，既非無事空行，又非人言所導。卿等既有此諫，何不早言？今諸事已定，而乃上奏諫阻。又想惑於羣議，非實有諫止之忠，宜思之，勿爲此沽名之舉。”
朱厚熜的大罵可謂是一語中的，指出羣臣並非真心諫止南巡，只不過是爲博取名聲，免人議論而已。
隨後，御史劉士賢、都給事中曾烶等人接連上疏諫阻南巡，朱厚熜下旨奪衆人俸祿兩個月，以示皇帝南巡之決心。
羣臣的諫阻都阻攔不住朱厚熜南巡之心，內閣首輔夏言，次輔顧鼎臣皆保持沉默，禮部尚書嚴嵩更是盡心竭力將南巡之典章禮儀呈上，朝堂諸位重臣俱都不言語，雖然羣臣激憤，但也無可奈何，有國子監生私下裏大罵皇帝昏庸，權奸誤國，但都無濟於事。
嘉靖皇帝南巡一事，便在重臣沉默中商定下來，朱厚熜這才稍解怒意。
爲了這次南巡，朱厚熜做了充足的準備，先是冊立三歲的皇子朱載壑爲太子，皇子朱載垕爲裕王，皇子朱載圳爲景王，同時大赦天下。
又大賞羣臣，內閣首輔夏言更是加封爲大明開國以來從未有過的上柱國，位極人臣之首。
是以，雖然反對南巡之聲猶在，只是朝中諸位重臣，俱是沉默不語。
朱厚熜考慮到皇帝出京，唯恐邊疆生亂，於是急召首輔夏言、次輔顧鼎臣入宮商議。
“陛下，臣的意思是，宜選派朝中重臣充巡邊使，巡狩九邊，以解陛下憂慮。”夏言擡眼偷瞧了一眼朱厚熜，上奏道。
朱厚熜沉吟片刻，又問向顧鼎臣道：“顧卿是何意思？”
顧鼎臣心中自有主意，想起那年衆人商定之事，雖然此刻是一個良機，但爲了穩妥，也只能迎合夏言之意，便說道：“臣贊同夏閣老所言，選派一重臣，巡視九邊。”
朱厚熜見兩位閣老俱是如此表態，復又問向夏言道：“愛卿可有人選？”
夏言心中一動，知道良機來了，但猶如老僧入定一般，語調淡然道：“臣推舉翟仲鳴！”
如今，翟鑾的三年守孝早已過去良久，但是朱厚熜似將他遺忘一般，久不復用。
見夏言提起翟鑾，顧鼎臣更是不言語，只是看着大殿中的一點，似有什麼吸引他的物件。
殿內陷入沉寂，朱厚熜又問道：“可有其他人選？”
夏言道：“陛下，巡視九邊，非重臣不可，遍觀朝野上下，非翟仲鳴莫屬。”
朱厚熜想了片刻，確實再難以選出更合適的人選了，這翟鑾去值前曾爲內閣首輔，雖然不得他的心意，但如今南巡已定，九邊不可生亂，也唯有此人可用。
“既然如此，加授翟鑾爲兵部尚書兼右都御史，諸邊文武將吏鹹受節制，另取太倉庫銀五十萬犒賞邊軍。”朱厚熜終於鬆口。
頓了頓，朱厚熜又接着道：“命兵部尚書毛伯溫總督宣大山西三關等處軍務，左侍郎樊繼祖提督薊州、山海關等處邊備，隨宜往來調度，各該將官相機戰守，鎮巡以下官員悉聽節制，其合行事，朕許他們便宜行事，適當處理，待朕回宮後寫奏本還京。另外調撥太倉銀二萬兩，並淮浙存積鹽價銀三萬五百兩，給與總督三邊尚書毛伯溫隨軍行賞，調撥太倉銀三萬兩，給與提督薊州等處邊備侍郎樊繼祖隨軍行賞。”
夏言聽聞朱厚熜終於啓復翟鑾，心中也暗自鬆了一口氣，然後說道：“微臣遵旨。”
顧鼎臣說道：“微臣遵旨！”
隨後，朱厚熜又賜行邊使翟鑾“清謹學士”舊日圖書及飛魚服佩用等物，賜扈從留守文武大臣郭勳、夏言、顧鼎臣等金蟒寶帶，銀瓢佩刀等物。
朱厚熜又下旨命咸寧侯仇鸞掛左副將軍印、東寧伯焦棟掛右副將軍印扈駕；命翊國公郭勳掌中軍，成國公朱希忠爲副，各給旗、牌六面、副，選調團營官軍六千人護駕，命二員參將統領，聽左、右副將軍指揮。
南巡護駕的隊伍調撥停當，京城、皇城的防務在經過一系列調動之後，朱厚熜命太子監國，以宣城伯衛錞，遂安伯陳鏸爲留守使，大學士顧鼎臣爲同留守使，兵部尚書張瓚參贊機務。
而剛剛提升執掌內提督團營關防的御馬監太監兼提督東廠的麥福爲內提督，與衛錞等人協同行事，文武大臣、刑部右侍郎屠僑等一十八員官吏分守京城九門，仍命內坐營官九員協守。
嘉靖十八年二月十六日，朱厚熜帥文武百官及後宮嬪妃出京南巡，京師居守大臣及文武羣臣送別皇帝御駕到宣武門外。
只是出行前，竟然發生一件離奇之事，竟有一個兵卒孫堂，由西闕門進入，到午門，從御路中橋到奉天門下，登上金臺坐着，而守門官吏，竟然沒有人發覺。及至第二日一早，孫堂站在金臺之上大聲呼喊，這才被守城官吏發覺，隨即將這兵卒孫堂捕獲。
孫堂大喊道：“皇帝南巡，一路上搭蓋席殿，累計死亡軍民大半，因此我來攔駕。”
孫堂下錦衣衛詔獄，酷刑之後，稱孫堂患狂病，以“擅入御座”之罪名，判處絞刑。