新增國家安全部、交通部、教育部、民生部、自然資源部、水利部、衛生部、廉政署、審計署。原內閣成員不再擔任各部具體職務，只負責管轄，其中人力資源部、司法部、監察部、廉政署、審計署爲獨立部門，由皇帝朱厚照親自管轄。修改原有職位品級，更名爲院級、部級（署級）、府級（司級）、縣級（局級）、吏級。吏員分爲三級，所有官員必須從一級吏員做起。
政務院成員屬於朝廷最高職級，撤銷原各部職級稱謂，尚書改部長，侍郎更名爲司長，以此類推。撤銷原省一級行政機構承宣布政使司、提刑按察使司、都指揮使司，更名爲省府，最高長官爲省長（部級），副省長（副部級）八人，分別管轄不同的政務部門；參照朝廷各部設立對應的部門。
兵部改組爲軍務院，楊一清爲第一任軍務院院長，下設總參謀部、總裝備部、總後勤部、總訓練部、軍情部和八大戰區，軍情部由錦衣衛改制而來，西山戰區更名爲北平戰區，負責京城和京畿之地；遼東戰區負責京城以北（現東北地區）；山東戰區負責山東、山西、河南；南京戰區負責南京、浙江、江西、湖廣；四川戰區負責四川、陝西及西部，廣東戰區負責廣東、廣西、福建、海南；雲南戰區負責雲南、貴州。
每個戰區按照軍務院架構設置參謀部、裝備部、後勤部、訓練部，設司令一人；按照作戰所需設立相應的作戰部隊，以師爲單位。朱厚照作爲一國之君，自然是最高統帥，但朱厚照很清楚若是大權總攬，會導致大臣不滿，到時候又會出現皇權和臣權之爭，所以他選擇了放權，政務院具有最高行政權，朱厚照負責立法權和軍權。
梳理完體制改革後，從京師到地方開始進行轟轟烈烈的改革，科技改革開始以北方爲試點，三年後推行全國。成立西山學院，爲大明朝第一所高級學院，學院依舊設立在西山，西山衙署專門劃分了一百畝地供學院使用，現在正在交由西山建築建設，學院現階段設立了數學、物理、化學、農業等分院。
朱厚照心裏覈算着，再有差不多五年時間應該有不少的學生踏入西山學院學習研究，到時候纔是明朝開始發力的時刻，自己是不是掛個學院的院長名分呢？朱厚照想了想，隨後又放棄了這個年頭，現在由於朝廷從上到下的改革，朱厚照每天愈加繁忙，除了處理政務，朱厚照每天還堅持編寫高等數學、物理、化學等高級教材，每天忙得不可開交，五年後估計會更忙，到時應該收復日本了吧？
朝鮮王宮旁邊的軍營校場，王守仁看着眼前瘦弱的朝鮮士兵，站姿勉強還過得去，朝鮮士兵對於明朝官兵的到來沒有什麼排外的情緒，反倒是朝鮮軍隊的將軍頗有不滿，言辭之間充滿敵意。
王守仁當即宣佈：“從今天起，明朝將在朝鮮設立朝鮮戰區，任命本人爲朝鮮戰區的最高指揮使，由本人負責朝鮮戰區所有軍隊的訓練和作戰。爲了增加你們的作戰能力，所以在未來一個月內，將由我們對你們進行訓練，訓練結束進行考覈，如果考覈不過關就會被淘汰，發放退伍軍餉；如果考覈過關就列入明朝軍隊，每個月軍餉按照明朝士兵執行，由明朝負責軍餉的發放”。
朝鮮士兵本來挺沒有精神的，一聽到以後將由明朝發放軍餉，全都喜形於色。在朝鮮當兵三餐都喫不飽，加上層層盤剝，到手的軍餉不過區區一兩銀子。王守仁示意傳令官揮動令旗，從京城來的三千士兵整齊劃一的喊着口號走進校場，個個士兵身材壯實，站姿挺拔，精氣神與朝鮮士兵形成鮮明的對比，從朝鮮士兵的眼中，投射出羨慕的目光。
那些將軍臉色更爲難堪，開什麼玩笑，讓我等和那些下等士兵一起訓練，我們還要不要臉啊，其中一位將軍走出來說：“王將軍，請恕末將無法答應”。
王守仁問道：“爲何？因爲你們是有身份的將軍”？
那個將軍很坦然嗯了一聲，“是的，我們是朝鮮的貴族”。
貴族？王守仁的笑容充滿蔑視，語氣極爲諷刺：“我父親不止是狀元，還是現任明朝內閣閣老之一，我是弘治十二年的科舉狀元，現已是明朝西山軍校的校長，我尚且還要與士兵同吃同住，你一個屬國的貴族算什麼，在這裏擺什麼譜，不願意參加訓練就退伍”。
那位將軍重重的哼了一聲，拂袖而去，剩餘的將軍互相看了看，向王守仁拱手告退，跟隨那位將軍離去。王守仁轉身對朝鮮士兵說：“還有誰想走的，現在可以走，本官絕不阻攔”。陸陸續續有些士兵走了出來，王守仁打量了一下，相較於其他士兵，這些士兵較爲壯實，看情形應是之前那些將軍的心腹或是家將。
林俊在政務上也遇到了大麻煩，現在朝鮮官員幾乎都是勳貴家族的人，林俊想按照明朝的新體制設置朝鮮省府，這也是臨行前朱厚照的示意，算是新體制的踐行。林俊剛剛提出這個構想，立刻引起了反彈。
不少朝鮮官員甚至放話，若是天朝上國敢改變朝鮮架構，寧願請辭也不願爲官。這一天，林俊召集了明朝跟過來的官員，林俊雙眼通紅，他已經兩天沒怎麼閤眼了，把遇到的問題告知衆人後，一些明朝官員考慮到朝鮮的安穩，建議林俊延緩體制變革，畢竟朝鮮不同於明朝，誰知道中途會遇上什麼阻力，支持這一觀點的明朝官員不在少數，只有王守仁、唐伯虎等西山出來的官員表示不能受到勳貴家族的恐嚇，堅決執行朝廷的策略，確保朝鮮收於掌中。
林俊考慮了很久，終究下定決心，若是這一步忍讓，下一步很難再去實施，就像明朝的體制改革和科舉改革，只要朝廷退一步，以後要退無數步，最終還是由朝鮮的勳貴家族把持朝政，這不是朝廷想要的結果。想通這點後，林俊冷笑一聲：“我們不可以妥協，這是陛下臨行之前給本官的任務，他們要請辭就同意他們的請辭，本官現在立刻寫奏章，請求朝廷派遣官員到朝鮮，哼，他們不想做官，大明朝可還有很多人沒法做官呢，按照本官說的去做，一切後果由本官承擔”。
“伯虎，辛苦你回京師一趟，一定要向陛下稟明朝鮮官場的現狀，這些勳貴家族是在要挾朝廷呢，除了派遣官員外，希望陛下也能派遣一下工匠到朝鮮，本官打算修路。另外防止朝鮮勳貴家族使壞，保證朝鮮的糧食供應，請求朝廷撥付三千石的糧食支援”。
“大人，還需朝廷調動遼東戰區的士兵，至少需要一萬人，還要一萬支擊發槍和相應的彈藥，才能確保朝鮮的安全和釜山港的建設”，王守仁在一旁提醒。林俊點點頭，涉及家族利益和生死，朝鮮勳貴家族肯定不會善罷甘休，即使再發生一次李?勾結倭寇弒殺大臣的事也不足爲奇。
現在由西山過來的士兵只有區區三千人，雖然士兵訓練有素、裝備精良，但畢竟不是國內，若是朝鮮勳貴家族一意孤行，這點人根本無法保護衆人。林俊說：“伯安提醒的對，此事不可疏忽大意，伯安，調動五百人護送伯虎回去一趟，事情緊急，伯虎馬上出發吧”。
林俊安排唐伯虎回去是有深意的，首先唐伯虎可以說是天子門生，另外唐伯虎在陛下還是太子時就開始跟隨，與陛下的感情天然親近，由他開口索要物資和人員，再者陛下對朝鮮事務非常看重，把王守仁和唐伯虎都派到朝鮮來除了鍛鍊他們，還有一個重要的原因就是爲他們以後的升職積累經歷。
唐伯虎也知道事情緊急，抱了抱拳沒有二話就告辭了。林俊拉住王守仁，輕聲說：“伯安，這段時間辛苦你，加強這裏的防守，一定要確保我們的安全，那些勳貴家族失去了作威作福的權利，肯定不會善罷甘休，爲防他們狗急跳牆，我們還是要提高警惕”。