後柏原天皇登基的時候，起初幕府還打算在控制的領地內徵收特別稅款來籌措他登基典禮所需費用。但卻發生了若狹守護武田元信、武田元度父子被國人土豪攻殺事件，課稅的計劃因此擱淺。文龜二年（1502年）九月，管領細川政元又放言：“即位大禮儀式毫無益處，徒費錢孥。”五年後政元被養子細川澄之暗殺，畿內政局之迷亂達到極點，天皇的即位大典也一直無人問津。
天皇做到這個份上還有什麼樂趣？後柏原天皇自覺人生了無生趣，轉而皈依佛門尋找心靈慰藉，至於那些紛紛擾擾就隨他去吧。這一日閒來無事，後柏原天皇又躲在皇宮內的書閣裏尋找佛門書籍，但翻到中國明朝歷史的時候，後柏原天皇竟然對明朝心生嚮往。
明朝開國皇帝從一介白丁成爲皇帝，打遍周邊無敵手，周邊所有列國必須嚮明朝俯首呈貢，就連日本都不例外，後柏原天皇眼裏佈滿羨慕，這纔是一個真正的帝皇，像自己這般的哪像是個天皇？活的都不如狗，沒有自由不說，連最基本的生存權利也沒有。明朝，若是日本能併入明朝多好啊，後柏原天皇腦海突然蹦出一個想法。
爲了釐清日本現狀，不得不說日本戰國時代的歷史，這一段歷史可謂是劇情狗血，各方大名你方唱罷我方登臺，頗有中國春秋的一番景象。在後柏原天皇時代，最有實力的是細川家族，細川家族本來就是有名的望族，當初室町幕府還未形成時，足利家族方興未艾之時，細川家族就輔佐足利家族打天下。細川家族發跡靠的是細川賴之，他是足利義滿的老臣，一生忠心，不計勞苦，爲足利義滿平定羣雄厥功甚偉。所以他的子孫世代都是足利家族的重臣，到細川勝元，幾次轉任幕府管領之職。
文明五年（1473年），細川勝元暴死，細川政元作爲細川勝元的長子，僅僅8歲就繼承家督和丹波國、攝津國、土佐國守護之位，可謂是權勢滔天，但也因爲年幼，細川政元受到家族長老細川政國的輔佐。文明六年（1474年），細川、山名兩家在將軍足利義尚的調解下議和，“應仁之亂”結束。雖然表面上雙方打成了平手，而實際上則是細川家獲勝。
文明十年（1478年），細川政元被足利家族任命爲管領，但不久後辭職。1489年將軍足利義尚在討伐南近江半國守護六角高賴時病死，足利家族由於無子，於是細川政元推舉關東堀越公方足利政知之子禪僧香嚴院清晃（後來的足利義澄）爲幕府將軍，但在大奧國實權掌握者日野富子（八代將軍足利義政正室）和與細川政元交替任管領的畠山政長支持下，足利義視之子足利義材就任室町幕府第十代將軍。細川政元對這一結果不滿，開始與足利氏幕府拉開距離。
足利義材就任將軍後，足利義視和畠山政長的權勢大漲，而當初支持足利義視父子的大奧國實權掌握者日野富子被邊緣化，日野富子也開始日漸不滿，與足利義視漸行漸遠。延德3年（1491年）足利義視去世後，畠山政長壟斷了幕府的權力。自此開始細川家族與足利氏間隙越來越大，無法彌補，細川政元開始謀劃顛覆足利家族。
細川政元首先考慮聯合越後國，先是拜訪了越後國守護上杉房定，與上杉房定敲定合作事宜後。細川政元原本還想去奧州國，但因爲足利義材討伐六角高賴而放棄。明應二年（1493年），幕府將軍足利義材出兵河內國，支持畠山政長討伐畠山義豐，細川政元趁機聯合日野富子、伊勢貞宗率軍攻入京都，擁立原將軍候選人足利義澄爲室町幕府第十一代將軍，史稱“明應之變”。
政變剛開始時屬於畠山政長的赤松政則也投向細川政元，孤立無援的畠山政長自殺身亡，擁有巨大權力的畠山家族勢力被大大削弱。足利義材也被抓，被幽閉在京都龍安寺。明應三年（1494年），足利義澄還俗，正式就任幕府將軍，細川政元就任管領。但足利義澄只是傀儡，實權都握在管領細川政元手中。廢立幕府將軍在室町幕府中是首次，這之後的足利將軍幾乎都是毫無實權，徒有虛名。
明應八年（1499年），足利義材在紀伊、河內、越中守護畠山尚順（畠山政長之子）的支持下率北陸之兵侵攻近江，比睿山延歷寺也暗中支持。細川政元快速地察覺了延歷寺的行爲，立刻轉移行動，命赤澤朝經和波波伯部宗量對延歷寺採用了大規模火攻，這次行動把根本中堂、大講堂、常行堂、法華堂、延命院、四王院、經藏、鐘樓等山上的主要伽藍盡數燒燬。
赤澤朝經乘勢向河內國舉兵擊破畠山尚順，畠山尚順尚順逃往大和國。細川政元以同樣的氣勢進攻大和國。追擊筒井順賢、十市遠治等國人衆，火攻喜光寺、法華寺、西大寺、額安寺，佔領了大和北部。赤澤朝經的一連串動作使細川家族的版圖大幅擴大。自此，細川家族開始掌控日本，權傾一時，而後柏原天皇則在細川政元的陰影下登基。
永正元年（1504年），攝津守護代藥師寺元一謀反，被細川政元血腥鎮壓。永正三年（1506年）討伐河內的畠山義英（義豐之子）和畠山尚順，赤澤朝經再度被派遣，返回大和國展開侵攻。所以現在的後柏原天皇根本沒人搭理，是死是活也沒人在意。
後柏原天皇一直視父親后土御門天皇是皇室的恥辱，父親在位時，朝政荒廢，皇室的領地遭到各地大名的侵吞，朝廷收入大幅銳減。而在朝廷內部，傳奏日野勝光和大御所夫人日野富子專橫跋扈，天皇的地位彷彿傀儡一樣。
后土御門天皇生前數度表示退位的意願。文明六年（1474）到十一年他四度提出退位，在朝臣一條兼良和皇太子勝仁的勸說下才作罷。而幕府再三拒絕後土御門天皇讓位的請求，其實是擔心營建上皇宮邸和舉行皇位繼承儀式會給亂世的財政帶來困窘。
明應三年（1494），室町幕府管領細川政元無視后土御門天皇的意旨廢立幕府將軍，心灰意冷的后土御門天皇第五次提出退位，在周圍旁人痛哭挽留下再度作罷。明應九年後土御門天皇崩，室町幕府遲遲不肯支付大葬費。
后土御門天皇遺骸在宮中放置了整整四十三天，都還無力下葬。最後葬於深草北陵，而在般舟院陵也安置了部份骨灰。這件事深深刺激了後柏原天皇，也深以爲恥，他內心中無比痛恨幕府，雖說他登基也沒有儀式，但比起父親久久不能入土爲安，這件事如鯁在喉，時常午夜夢迴中刺醒他。
周建平收到牟斌的命令後並不覺得奇怪，他自認爲軍情處也沒有人比他更適合籌劃日本，自從進入朝鮮後，他就安排了人員假扮成商人去與日本進行貿易，現在手上也匯聚了一些日本的情報。這段時間忙於朝鮮的事情，他也沒有去整理這些情報，現在命令下來了，朝鮮的事情也走上了正軌，他可以抽身出來全身心投入日本攻略了。
他把有關日本的情報整理出來後，腦海中升起一團疑雲，若不是清晰認識到這是明朝，他還誤以爲自己穿越回了春秋戰國時代。繼而他又發現了一些有意義的事情，原來日本天皇只是個傀儡，日本真正的控制者是幕府，幕府下面又有各地實力的大名，關係錯綜複雜，但周建平仍迅速捕捉到了當中蘊含的突破口。
他沉思了一會，揮筆寫下：呈牟大人，卑職在梳理日本情報時，發現日本天皇形同虛設，毫無權力，日本實際控制者是室町幕府，室町幕府就如中原三國時期曹操狹天子以令諸侯，卑職竊以爲日本天皇可以作爲突破口，方便我朝滲透。另日本現在到處戰亂，各方勢力關係錯綜複雜，如同中原春秋戰國時期，這對於我朝進攻繼而控制日本是個大好機會，卑職準備先行派人滲透日本皇宮，接近日本天皇，以待策反，可否？
周建平寫好信後，又把日本的資料重新抄錄了一遍，連同信一起交給了屬下，快馬加鞭送回朝廷。