兩宮太后屢聞捷報，心情大爽，喜諭曾國藩：青陽縣城業已克復，現復攻克石埭、太平、涇縣、繁昌並南陵五城，徽郡北路防務既可稍紓，兼可南攻寧國，東歸蕪湖、太平，亟宜乘此聲威，一氣掃蕩，著即飭令鮑超等各軍迅將寧國府城攻克，進取廣德。爾後會合水陸各軍，先將蕪湖收復，再行攻取太平，爲進攻金陵之計，西梁山要隘業經北岸官軍奪取，其東梁山一處亦爲南岸緊要隘口，並著派兵乘勢克復，庶水師可以沿江東下，由蕪太江面直抵金陵。
曾國藩接旨，急令曾國荃部，即刻南渡，會合彭玉麟水師，攻取金柱關。
國藩令畢，唯恐彭玉麟、曾國荃心不在焉，貽誤戰機，遂再諮告彭曾：佔據金柱關，一曰隔斷金陵、蕪湖之氣；二曰水師打通涇縣、寧國之糧路；三曰蕪賊四面被圍；四曰擡船過東壩可達蘇州。
幕僚趙烈文道：沅甫天生將才，亦知金柱關之重，滌帥無須急催。
曾國藩道：趁金陵援賊未至，速奪此關，爾後憑險據守，亦是快意。左宗棠來諮，言楊逆輔清似有分兵入浙之意。左部兩面受敵，只能頓兵衢州，待蔣益澧、劉培元軍至，再行攻擊。
幕僚歐陽兆熊道：李鴻章來諮，言滬上肥沃，官民皆鄙衣衫襤褸之淮軍。
趙烈文笑曰：吾如滬民，吾亦哂之。
歐陽兆熊道：李少荃才氣無雙，堪當大任；滬人以貌取人，可嘆可恨。
曾國藩道：少荃雖難與共患難，但器識淵深，不搖孚議，決策英斷。吾已上疏兩宮，以薛煥株守上海，師疲無功，奏請少荃署理江蘇巡撫一職，不知兩宮何意？
趙烈文道：兩宮必令恭親王及諸軍機協議，然李少荃甫至上海，寸功未得，撫篆得否，實難預料。
兩宮太后接曾國藩奏請李鴻章署撫折，急召羣臣廷議。
軍機大臣、都察院左都御史文祥道：江蘇巡撫薛煥，守滬兩年，大小數百戰而賊不能直薄城下者，實賴薛煥偕諸將堵截之力也。最近復又攻破王家寺、龍珠庵，徹解松江之圍。此若臨陣換將，軍心必有浮動，稍有波折，上海或更動盪。
恭親王奕忻亦附。
慈禧太后道：薛煥奏言，自蘇、浙有借師助剿之說，遂謂洋人爲可恃，不知洋人之向背視我之強弱爲轉移，兵力不厚則爲彼所輕，有欲借其力而不能者。至管帶兵勇實乏將才，惟有於獎勵之中，時示警戒之意；使其努力自強，以冀外國之兵樂爲相助。華爾本吳煦等僱募教習兵勇，若練成勁旅歸我調遣，何嘗不善！乃自五戰五勝以來，隱然有不受約束之意；且每戰必求重賞，溪壑亦未易盈。吳煦等猶以爲長城可倚；竊謂駕馭外國之人，似應操縱在我，惟有默爲裁製以化其桀驁之氣，庶可得其用而不受其害。
薛臣此言，亦有見識。
然曾國藩奏言，薛煥駐師上海，每月靡餉二十餘萬，不能專辦一路之賊。江蘇所存地方，惟鎮江、揚州尚據形勝。上年奏請禁用廣勇，而所信任之曾秉忠、馮日坤等所部半系廣勇。曾秉忠之勇劫掠洋船，馮日坤之勇於金山圍殺紳團。自蘇、常失陷，人民萃於上海，人浮於事。每有差委，率由營求而得；或並於無可差委之中，曲謀位置之法。上海既繁盛，蘇州之書籍、字畫自賊中販賣而出者，薛煥設書畫局購買名跡。風聞薛煥九年由臬司通京途次，有失銀之案。在京，有饋遺之情。薛煥偷安一隅，物議繁滋。蘇省財賦之區，賊氛正熾；恐不能勝此重任。
哀家之意，李鴻章着即署理江蘇巡撫。薛煥御賊有功，以頭品頂戴充通商大臣，全權辦理比利時國通商事宜。蘇省淪陷已久，僅存上海及江北一隅。馮日坤等倘真玩忽職守、縱兵濟賊，則上海之軍務，必永無起色。即著曾臣國藩密諮該署撫，令其留心訪察，如馮日坤等果有妄爲情事，該大臣即行一面傳旨正法，一面奏聞。
慈安太后道：此着承上啓下，標新去異，大有可取。自此之後，李鴻章之軍、薛煥之軍、華爾常勝軍、英法聯軍合力圍擊，勝算在握。
慈禧太后道：李秀成逆首親至，上海戰事必有反覆。速告薛煥、李鴻章等，不可杞人憂天，不可高枕無憂；謹小慎微，臨戰無懼，方可有得。
1862年4月上旬，李鴻章偕十三營淮兵甫至上海，芒鞋短衣布帕，煢煢孑立，衆皆笑指爲丐。
鴻章不以爲然，速召衆將曰：四月以來，薛煥綠營、華爾洋兵、英法聯軍連克滬西之王家寺、龍珠庵，浦東之周浦，所以志滿意得，目中無我；軍貴能戰，待吾破敵懾之。
參將程學啓、郭松林求戰。
李鴻章不許，道：初來乍到，練兵學戰爲性命根本。薛煥、華爾、何伯、士迪佛立等正聯攻嘉定，吾等不妨作壁觀戰。傳吾將令，我部駐周浦之軍，據壘守營，切勿輕出。
4月27日，英法聯軍、華爾常勝軍4000餘人，猛攻嘉定外圍南翔、鶴蛇山之太平軍營壘；清軍副將熊兆周率兵3000，協同作戰。李恆嵩騎隊、曾秉忠水師進逼青浦；參將林叢文、蔣德分攻黃渡、羅店；以作牽制。
中外聯軍鏖戰三日，攻破太平軍南翔防線。5月1日，聯軍彙集重炮30餘門，轟擊嘉定城垣，太平軍傷亡逾千，力不能支，棄城而走。
5月11日，中外聯軍再攻青浦縣城，30門野戰炮，齊發並放，轟塌城牆，突入城內。
太平軍巷戰一日，損兵逾半，遂再突圍遁退。
5月15日，知府李慶琛，率兵5000，並500英法聯軍，圍攻太倉。
嘉定、青浦皆失，太倉岌岌，李秀成心悸，速自各地調兵遣將，增援太倉。
1862年5月17日，李秀成親率一萬精兵，會合各地援軍十餘萬人，包抄圍攻太倉之清軍、洋兵。鏖戰一日，斬殺清軍主將李慶琛、副將王國安、梁安邦、周士謙以下五千餘人。
薛煥大慟，速至淮營，謂李鴻章道：公既署撫，請速出兵，佑護上海。
李鴻章道：奉旨保城，然也！
然薛煥別後，鴻章卻謂諸將曰：吾營各軍，一月之內，有言大戰者，斬！連日觀戰，洋兵數千，槍炮併發，所當輒糜，其落地開花炸彈，真神技也。而我營之長杆火槍，擡炮小槍，輕重大小，毫不參差。以此禦敵，可有勝乎？速傳吾令，各營速遣專人，多籌資財，購置洋人槍炮，以壯吾軍。
鴻章令畢，再諮曾國藩：鴻章到滬，修營浚濠，兵勇無吸菸擾掠，都謂大帥軍容爲蘇省用兵以來所未見。鴻章惟照此做法，穩紮穩打，擬翻刻營制營規，遍給滬軍。翻刻勸戒淺語，遍給屬吏。翻刻愛民歌解散歌，遍貼各城鄉，以曉諭軍民與賊中之百姓。此即是不才新政。能爲佛門傳徒習教之人，附驥尾以成名，則幸甚矣。另，郭雲仙如無事，懇請恩師飭其至滬管理糧臺營務，鴻章叩謝。