兩宮太后接奏，諭曰：攻克達坂城及托克遜堅巢，並會克吐魯番滿漢兩城，甘肅西寧道劉錦棠勞苦功高，著賞戴雙眼花翎；予廣東陸路提督張曜一等輕車都尉，仍兼雲騎尉世職；提督譚上連等，騎都尉世職；黃萬鵬等，雲騎尉世職；陶生林等，黃馬褂；章洪勝等，巴圖魯名號；陣亡總兵譚聲俊等各就官職從優議恤。
關外軍情順利，吐魯番等處收復後，南八城門戶洞開，自當乘勝底定茴疆殲除醜類以竟全功。惟計貴出於萬全，事必要諸可久。
吐魯番固爲南路要隘，此外各城如阿克蘇等處，尚有可據之形勢否？茴酋報知阿古柏縛獻白彥虎、繳回南八城之說，是否可恃？
喀什噶爾逆首，依附彼族，尤易枝節橫生。伊犁變亂多年，前此未遑兼顧，此次如能通盤籌劃，一氣呵成，於大局方爲有裨。
該大臣親總師幹，自以滅此朝食爲念，而如何進取，如何佈置，諒早胸有成竹，爲朝廷紓西顧之憂。其既統籌全局，當直抒所見，密速奏聞，以慰廑系。
另片奏，請撥款二百萬兩，已令戶部速議具奏，俟議覆後再降諭旨。將此由六百里密諭知之。
七日之內，連失三城，阿古柏魂飛魄散，再請英國人調停，272名大小伯克一意求和，阿古柏火冒三丈，怒毆近前小吏，衆伯克爭相詰責，阿古柏急火攻心，眩暈而去；醒後喝下一杯苦茶，一陣功夫，心中絞痛，當夜即亡。
阿古柏死後，其子海古拉密不發喪，飭令茴目白彥虎駐守喀喇沙爾，纏茴艾克木汗駐守庫爾勒，海古拉自偕阿古柏屍首，繞越阿克蘇，疾進喀什噶爾，與其兄爭王奪位。海古拉離去不久，艾克木汗自立爲王，攻佔阿克蘇。洪福汗國分崩離析，白彥虎心潮起伏，久久不平。
南疆亂作一團，劉錦棠速即稟報左宗棠：逆首阿古柏聞達坂、托克遜之報，憂泣不已，於四月中仰藥而死。羣賊無首，張軍門主軍復至，此刻整軍西進，最爲妥當。左帥奏言嵩、蜀二軍與羅長祜、譚拔萃等同時會克吐魯番滿、漢兩城一說，錦棠甚不以爲是，此實乃老湘軍獨自奪得。另，朝廷賞戴雙眼花翎，攻城略地之時，翎毛極易顫動，尤不利於戰。
宗棠得稟，呵呵一笑，復致函劉錦棠：毅齋以二品武官、三品文官之職戴雙眼花翎，其遇堪比督撫大員，朝廷眷注之隆，二百年所未有也。
馬人得即浩罕人所立甘茴頭目，見官軍到即投，亦不僅在孟威一處。此等事情均無足深尤。惟徐提督必欲向其索取洋財，又如肅州找馬四說話一般糊塗，似此殊可惱恨。渠性厭聞正論，早擬棄置不用，故所部減汰僅剩五營，又以曾多次重傷，未便罷斥。
大軍西進，崑山所部姑留吐魯番，將來可陸續撤回。郎齋心性明敏，日有進詣，意欲立功西域，不甘留後，當令並進耳。
大軍西進有日，竊以爲絕非今日。南疆之地，喀喇沙爾至喀什噶爾，兩千餘里之遙，喀什噶爾至和闐，一千餘里之遠；況有沙漠、戈壁、湖泊橫亙。大軍征戰，糧資爲先；寧遲勿錯，新秋糧資採運充足，自可緩進急戰，殄滅醜夷。
少頃，宗棠又致函廣東陸路提督張曜：吐魯番及喀喇沙爾，伏暑燥熱異常，蚊虻最多，非秋後進軍不可。
秋後進軍，糧、運尤乃要着。南疆吐魯番等地，土地肥沃，天氣早暖，產糧爲多，若能約束各軍，使百姓不受擾害，則糧、運均可就近辦理，不但可節省人力物力，且十分便捷。
以軍糧轉運來說，古城、巴里坤、哈密均十分喫緊，駝已受孕暫歇，只能依靠車馱。計各處已撥官車、民車900餘輛，馱騾2000餘隻，已是搜索一空。現命甘肅造新官車，以馬駕轅，以騾做邊套，同時預訂駝只，但只有等到8月才能奏效。
此後官民車馱，不能依仗於後路購買僱用，應設法在吐魯番、八城就地辦理。一面設法制車買車，編幫承運，以節省人力物力而利於大軍前進。
在吐魯番制辦車馱，物資豐富，工匠又多，比起內地更爲便捷，趕車趕馱之人駕輕就熟，所需運費亦少，自可籌辦。此後每攻克一城，均應按此辦理。就地取材極易，故事半古之人，功必倍之。
6月底，英國政府知曉南疆戰事，立即照會大清國駐英公使郭嵩燾，聲言英政府將力阻清國大軍挺進西疆。
郭嵩燾甚懼夷人嘴臉，速即上奏曰：進軍新疆，窮兵縻費；即捐數城之地，予浩汗人立國自存，吾國則可利用其力勘定西疆，其似系兩全其美之策，吾國宜應乘英人調處之機，妥定章程，以爲保境息兵之計。
宗棠聞悉，目眥盡裂，怒曰：郭嵩燾匹夫，妖言禍國！浩罕人非無立足處，何待英人別爲立國？即欲別爲立國，則割英地與之，或即割印度與之可也，何乃索我腴地以市恩？逆匪阿古柏已服毒自戕，大軍西驅，破竹之勢已成，欲止不能！