張居正面聖後，讓朱衡自行回部，自請處分。朱衡性格強硬，常與張居正相爭，不爲張居正所喜。萬曆元年，楊博辭吏部尚書，葛守禮和朱衡一主一副，擬於廷推時奪得此位，卻被張居正聯合王瀚擊敗。
此次西苑修造腐敗案發，張居正欲藉此機會，將朱衡趕出朝廷。因此在面見朱翊鈞時，無一句緩頰之語。
朱衡擅長水利，但其觀點長期與治河專家潘季馴不合。嘉靖四十五年、隆慶元年兩次在治理黃河事務上，與潘季馴水火不容。
潘季馴的治河理念爲“束水攻沙”和“蓄清刷渾”，以清竣河道，根治漕運壅塞爲主；朱衡的理念爲“改舊爲新”，以新開河道，力保漕運爲主。
兩人在治河理念上的齟齬，逐漸演化爲互相攻訐，並分頭向朝廷上報自己的治河方案。朱衡連續兩次在朝廷中把潘季馴擊敗，獲得治河的主導權，並因治河保漕之功升工部尚書，潘季馴作爲朱衡的副手，也跟着升了級，後來丁憂回家。
隆慶四年，黃河決於邳州、睢寧，潘季馴丁憂起復後總理河道，堵住了缺口。朝廷尚未賞功，因運輸船隻漂沒事故，被勘河給事中雒遵彈劾罷官。
在隆慶初期，張居正曾經支持朱衡的治河理念。但隆慶四年的黃河大決口，大大動搖了張居正。
此後幾年，因朱衡在朝中多次與他唱反調，張居正在萬曆元年初期又向潘季馴伸出援手，擬起復潘季馴總理河道，被朱衡阻撓而失敗。
朱翊鈞逐步掌權後，張居正向朱翊鈞推薦了潘季馴。後世之歷史愛好者，還有不知道潘季馴鼎鼎大名的嗎？朱翊鈞本擬立即啓用潘季馴，但又改了主意。
他囑咐張居正撥朱時泰賄銀五千，令潘季馴組織團隊，在黃河、淮河和運河整個流域進行調研，通盤考慮治黃、治淮、保運、保祖陵、保民生五個方面，並拿出全面的治理方案。凝萃殿案發時，潘季馴還在泗州洪澤湖附近調研呢。
西苑腐敗案發，朝中科道羣起而攻朱衡，張居正也無保衡之心，他不安其位，於萬曆二年四月初連續上書請辭，朱翊鈞未按慣例加官，也未準馳驛，直接罷其官。
朱衡收拾行囊，灰溜溜的離開了京師，戶部侍郎郭朝賓接工部尚書。
西苑腐敗案造成太妃薨逝，震動京師。朝廷爲平息輿論，免尚書、並判工部員外郎楊松絞刑。工部涉案的官員、差役四十多人三司會審後，一體被判斬首、抄家，其餘三十多人抄家、流放。
因直殿監少監王利受賄，置主上安危於不顧。東廠取得口供第三天，朱翊鈞未經三司會審，直接判其剮刑，並責令少監以上的各司、監首領觀刑。.七
直殿監首領殷祥監管不力，且有受賄事，發孝陵。其餘與西苑宮室建設有關的直殿監人等，或殺或逐。
一番大砍大殺，宮內宮外震怖。朱翊鈞正月大閱，斬殺勳貴數名，部分勳貴還以爲是皇帝惡了勳家。
此次看見了王利、楊松等的下場，不光是勳貴，連同朝臣、百姓都知道，這皇帝是個殺星下凡。
雖未像太祖、成祖那般迭興大案，但萬曆二年春天還沒過，這殺掉的人頭築個小京觀都夠了。
一時之間，天下萬馬齊喑。去年還磕磕絆絆的考成之法得以徹底貫徹，各部、司將自家的五年規劃和萬曆二年的本年任務齊齊調高了一截。
萬曆二年四月初一，葛守禮不再抱病，上班第一件事即上疏奏請興革都察院。
張居正貼黃“請聖裁”，朱翊鈞批紅“可”，並令葛守禮將興革方案細化復奏。隨後，令御史、科道滋味難明的聖旨下來，將都察院大作興革。
......
明太祖出身貧苦，對元末的腐敗現象刻骨銘心。建極以後，以重典治世，建立了有史以來最嚴密的巡視監察網絡。而都察院，就是這巡視、監察網絡的核心。
都察院的職能分爲內職掌、外職掌和地方上的按察司。
外職掌即爲出巡御史，分爲專差和巡按兩大類，主責巡視地方，有“大事奏請，小事立斷”之權。
按察司爲地方固定的監察機關，除南京外，設立十三道按察司。按察使和布政使、都司併爲本省三巨頭，主管一省刑名按察之事。
朱元璋的本意是地方監察加上中央巡查，以都察院爲核心構建全國反腐、監察體系，永葆大明無貪腐之弊。然而，事與願違，明中期以後，都察院已經因爲其體制和整體吏治腐化的原因，基本上失去了反腐監察之能，其中重要原因是體制弊病。
明制，左都御史雖然爲都察院首腦，但其對監察御史並無任免之權，只有分派任務之權。
監察御史巡視之後，其奏章左都御史不得與聞。此法爲養臺諫獨立辦案之風氣，並壯其風骨。
這種體制初期確實養出了很多國爾忘家、忠而忘身之臺諫，但隨着時間流逝，臺諫之地已成升官捷徑。臺諫之官各有恩主，內職掌成爲朝中大臣豢養的打手和爭權奪利的工具；外職掌成爲借天子之威，滋擾地方的貪官；地方按察司更不用說，成了冤假錯案集中的淵藪。
《明史》中評論居京師之臺諫雲：“居言路者，各有所主。故其時，不患其不言，而患其言之冗漫無當，與其心之不能無私。言愈多，而國事愈淆亂也。”
至於外職掌之專差和巡按，明中期以後地方官接受巡視，即自備“謝薦金”，竟成慣例。
外職掌的御史官員以“謝薦金”之多寡來寫巡視、查案報告——不僅催化了腐敗，更成爲禍亂吏治之由。
針對這些弊端，此次都察院的興革，雖仍設左都御史、右都御史，副左右都御史、僉都御史和十三道。但責、權發生了巨大變化。
之一，將御史的人員擴編，改每道設一名、兩名專責御史之舊規，每道設八到十人專責御史，並設僉都御史正、副各一名。御史奏章必經正僉都御史簽押方能上報，僉都御史爲本道御史的糾核、巡視結果擔責。
之二，改御史“風聞奏事”之舊規，分錦衣衛之一部爲十三個稽查科，每科三十人。設於十三道御史之下。御史參核，必用錦衣衛稽查科查實證據，方能上報。
之三，改御史職責不清之舊規，各道御史均負責本道糾核、巡視事，不得越界。若收到其他道的線索或舉報，準送左都御史，由其分派至該管的道覈實調查。
之四，除左、右都御史外，共四名副左右都御史分管十三道，分管內容由左都御史決定。御史參奏報告，由副都御史簽發才能成爲奏章；這些人也要爲奏章的正確性、真實性擔責。
之五、右都御史獨領監察道，監察都察院內部。各道御史若發現其他道或本道御史有違規行爲的，可舉報至右都御史。右都御史和監察道無權參與都察院其他事務。
之六、左都御史掌都察院，除右都御史外，對副都御史以下，有參劾之權。副都御使以下若被左都御史參劾，立罷。
之七，改御史必由三品以上高官舉薦之舊規。從進士、待選之官中直選。都察院列出《大明律》、《憲綱總例》、《糾官邪規定》、《監官遵守條款》等十餘本參考書，待選者通過法律考試，並經都察院副都御使以上集體面試即可擔任御史。
此次都察院的興革，現有臺諫之官有喜有憂。一方面他們掌握了錦衣衛稽查科這一直屬力量，在朝廷中地位一舉超越各部，權力大增。
另一方面御史隊伍的擴大和獨立參劾權的喪失，降低了御史這一“清流華選”的含金量，斷了他們以特殊地位謀私上進之途。綜合而言，對都察院基層御史來說，錦衣衛的加入並未使他們感到興奮，反而是獨立性的喪失擊中了他們軟肋。
因此，雖然朱翊鈞大砍大殺震懾了天下官、民，但以“硬骨頭”著稱的御史們，還是掀起了朱翊鈞主政以來的第一股逆流。