掉進地下洞窟的火箭隊只是想挖化石而已，沒想到這次遇到了危機，大喊大叫的該怎麼回到原來的地方。小智怒氣衝衝的大罵道“該死的，現在應該想辦法出去纔對，冷靜下來！”
“皮卡，皮卡丘！”皮卡丘看見不遠處有紅色的眼光，大聲提醒小智。小智轉頭一看，意識到事態的嚴重性。小次郎和武藏害怕的抱在一起，喵喵則更是膽小的躲在小智的後面。首先出來的是多刺菊石獸和鐮刀盔，“怎麼會有這些神奇寶貝？不是在幾萬年前就絕種了麼？”
“別管那麼多了！看他們眼睛紅紅的樣子，肯定是睡覺被我們吵醒了，很生氣的。”小次郎小聲提醒小智快點解決，不然不知道待會還會發生什麼事情。
小智也不管那麼多細節了，直接放出了傑尼龜“皮卡丘，對多刺菊石獸使用十萬伏特，傑尼龜對鐮刀盔使用水槍。”從睡眠中剛剛甦醒，還沒有完全適應身體，就遭到了對面的攻擊，再一次暈了過去。小智直接扔出神奇寶貝球收復了他們，然後被傳送到大木研究所。沒過幾秒鐘，小智等人再次看見紅紅的眼睛，這一次是數十雙眼睛盯着他們，小智意識到不妙，帶着傑尼龜和皮卡丘跑了。害怕的火箭隊也跟着小智跑了起來。被追的氣喘吁吁地小智這時候也不知道該怎麼解決了。這麼多的神奇寶貝自己根本不是對手，逃下去遲早也會累死。“神吶，誰來救救我啊！”
“傲！”一聲嚎叫聲傳出，威懾住了諸多出來的化石神奇寶貝。自己睡的正香，卻被活生生的吵醒，自己可是這兒的霸主，誰能不怒？所有的化石神奇寶貝全部躲了起來，從一個角落裏飛出來一隻化石翼龍，飛向小智。盯住小智的眼睛，好想再問爲什麼要吵醒他。被化石翼龍盯住的小智心虛的不敢看着對方，轉頭吹着口哨爲自己壯膽。化石翼龍看着對方不理睬自己，直接抓住小智的衣角衝出地下洞窟，展翅天空。瑟雷娜看到小智被一隻巨大的神奇寶貝抓出，先是大喜，以爲是神奇寶貝救它出來了，可是後來陌生的神奇寶貝抓住小智不放，才意識到小智還是處在危險之中。
“小智，危險！”瑟雷娜滿臉焦急的看着小智，這時候幫不上忙的自己恨透了自己，要是能夠幫得上的忙的話小智就不會這樣了，或者自己剛纔搬石頭的時候能夠快點的話就不會這樣了。
話轉這邊，小智在慌亂之中，不小心打掉了火恐龍的寶貝球，導致寶貝球摔落，放出了火恐龍。火恐龍看見小智被化石翼龍抓在半空中。非常的憤怒。“傲！”火恐龍大聲提醒化石翼龍放下小智，否則自己就對他不客氣。化石翼龍則是對火恐龍無視，一隻不會飛的廢精靈而已，怕你幹啥，你的任何絕招都對我無用。一向好強的火火恐龍被化石翼龍徹底激怒了，逼迫自己開始進化成了噴火龍。
噴火龍可是火系兼飛行系的精靈，這下噴火龍立即飛向高空對戰化石翼龍，化石翼龍依舊無視噴火龍，自己早在幾十萬年前就已經稱霸天空，怕你不成？化石翼龍直接使用鋼翼對戰噴火龍，噴火龍看見也直接用鋼翼對戰，兩者對衝，化石翼龍因爲剛剛甦醒，並沒有完全適應身體，這一下實力相當，互不相讓。化石翼龍也不含糊，再次使用鋼翼衝向噴火龍。噴火龍知道再次使用相同的戰術可能得到的結果是一樣的。噴火龍直接閃避開化石翼龍的攻擊飛向高空，足夠高度後聚集力量使用鐵尾攻擊化石翼龍。這個招數是皮卡丘飛電系絕招的得意招數，早在小火龍的時候就已經學會，看來這次是檢驗成果的時候了。化石翼龍看見噴火龍飛向高空，以爲對手想要逃跑，就並沒有在意，這一次身爲天空霸主遭到了有生以來的第一次失敗，鐵尾的攻擊，鋼系攻擊岩石系效果可是極佳的，這一回由於自己的疏忽收到了致命的打擊。物理的鬆開小智，噴火龍快速的接住小智讓小智躲開了墜落的危險，在下面看見這一幕的瑟雷娜終於放下了心，終於安全了。安全的小智看見化石翼龍墜到地上，把手裏的神奇寶貝球扔了出去，就這樣收服了千萬年前的天空王者---化石翼龍。
小智看見現在的小茂莫名其妙，不過他表示無所謂，在他面前，小茂奇怪的事情多了。瑟雷娜看見小智安全的落地終於松下口氣。緊緊地抱住了小智，小智倒是呵呵笑了“至於麼。又不是生離死別。”瑟雷娜抹掉眼睛，破涕爲笑，把最漂亮的微笑露在小智的面前。
“咦，這是？蛋？”小智看見一顆並未孵化的蛋，好奇的撿了起來。“這恐怕是還有好久才孵化吧。瑟雷娜，送給你吧。”小智順手就把蛋送給了瑟雷娜。瑟雷娜不好意思的看着小智“這，是你撿到的。”
“沒事，反正我今天得到很多好東西了，不在意這一個。”小智堅持送給瑟雷娜，瑟雷娜也很開心的結下了。這可是小智有史以來送給自己的第一件禮物。而在一邊的小霞則是吃了很大的醋“爲什麼不送給我，哼！”小霞生氣的自言自語，並沒有讓小智聽見。
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經過一天的鬧劇，大夥終於散開了，各自回到各自應該回到改回的地方。而倒黴的火箭隊被遺棄班的終於爬到了外面。