“不敢相信，這就結束了嗎？”
評論區一條條的評論，奧特曼戰士本身就是光之使者，但是阿古茹奧特曼的出現卻違背了這個理念。
然後當所有一切畫面結束的時候，屏幕上再次出現了新的場景。
但根源的破滅招來體的攻勢也逐漸加強，接踵襲來的強敵---破滅魔人布里布羅茨和澤布卜，最後雖然都被擊敗，但阿古茹·奧特曼也身受重傷，地球防衛力量也受到重創。
戰鬥到了最後階段，空中基地因破滅魔人基普布和單極子生物莫奇安的襲擊而毀滅，XIG的據點遷至吉歐基地，而我夢與藤宮的身份亦**IG重要成員得知。“根源的破滅招來體”派出大量破滅魔蟲覆蓋地球表面，阻擋陽光，影響通訊，但故意未將報導壞消息的新聞轉播屏蔽。
阿古茹奧特曼和蓋亞奧特曼聯手對戰魔蟲的集合體--破滅魔蟲愷撒德比西，但是由於敵人數量太多而陷入苦戰。
在破滅招來體的最終兵器--根源破滅天使佐格出現後，更以壓制性實力擊敗蓋亞和阿古茹，通過新聞播放轉播給全世界，以此把人類最後的希望一舉擊潰。
此時，地球怪獸卻大舉出現對付蝗蟲，我夢以地球內部的力量回復通訊，“鍊金之星”亦與XIG合作，利用怪獸的能量轉化成光，使我夢與藤宮再次變回奧特曼並且得到強化，阿古茹V2聯手至高型蓋亞，殲滅了全部的破滅魔蟲，並一舉打敗根源破滅天使佐格，恢復和平。決戰之後，兩人都沒有了光的力量，我夢最後選擇回到大學繼續從事研究，而藤宮則獨自踏上了旅途。在擊敗佐格後的數年裏，不再是阿古茹的藤宮，一人四處旅行，尋找着人類和地球怪獸共存的方法。
。但由於根源破滅海神伽庫佐姆的甦醒，地球怪獸們受到影響又再次活躍。藤宮爲了保護怪獸們不惜對抗軍隊，因此被遭到各國機構的通緝。
身負重傷的藤宮被神祕的金髮少女所救，傷勢也被對方的特殊能力治癒。
這個少女實際上是海底智慧生物·里納爾的化身，人類未知的存在。由於伽庫佐姆吞噬着里納爾的力量，使其種族日漸衰弱。里納爾的少女探知着藤宮對於人類和地球上其他生物共存的看法，在得知了藤宮堅定“人類會改變”的信念後，少女以自身的力量喚醒了海洋之光，讓藤宮能再次成爲阿古茹奧特曼。
伽庫佐姆的黑暗遮蔽了地球，開始滅亡行動，藤宮變身爲阿古茹迎戰。起初，阿古茹壓制住了破滅海神，但不久就因大量的巴伊庫赫支援海神而被打倒。
蓋亞再現後，幫助阿古茹脫離束縛，但兩人聯手也無法戰勝伽庫佐姆的強化體形態，命懸一線。危急時刻，里納爾集合全族的力量，爲兩位奧特曼補充光之能源。
力量增強的阿古茹和蓋亞再度迎戰，對破滅海神展開壓制性的反攻，最終以組合技“光子方場”消滅了伽庫佐姆（強化體），破滅招來體的毒手再一次被粉碎。
地球和平的若干年後，藤宮博也感受到來自其他平行宇宙的地球的呼喚，以阿古茹地球之光的力量穿越次元，來到了生命之樹所在宇宙的地球。
藤宮隨後與先一步到達的我夢會合，並幫助凱和天照女王等人對付才氣博士的陰謀。對於才氣博士想要“剝奪智慧生命體的自由意志”的想法，藤宮表示理解，覺得才氣就像過去的自己，想法既是對的，也是錯的。
戰神被庫因矇蔽而被傀儡毒侵蝕，歐布也被傀儡毒折磨着。
藤宮變身爲阿古茹，和蓋亞聯手迎戰庫因。在知道庫因的真正目的是徹底抹消所有生物的智慧和文明後，阿古茹奮力要幫戰神擺脫庫因的控制，但因分心而遭到暗處的巴力西卜用大招偷襲，解除了變身。
重傷的庫因和才氣融合爲才庫因，面對實力更強的惡魔，飛鳥和武藏及時趕來支援，與藤宮等人會合。阿古茹、蓋亞、歐布、戴拿和高斯等五位奧特戰士聯手對戰巴力西卜軍團，形勢仍是充滿危機。
最後在翔平和女王情感羈絆引發的奇蹟下，生命之樹的果實發出光芒，戰神得到淨化，才庫因被阿古茹等五位戰士的組合光線擊敗，巴力西卜軍團終被消滅。
危機解除，阿古茹和蓋亞等奧特曼將自己的部分力量交給歐布，幫其在今後的冒險中渡過難關，之後返回自己的宇宙。
畫面緩緩地消失，滕宮博跟阿古茹奧特曼出現在了屏幕上，猶如壁紙一般。
“不會吧，這麼強悍的嗎？”
“強嗎，很弱的樣子。”
“不覺得有什麼特色，我覺得這個藍色奧特曼很一般。”
“沒錯，個人是不太喜歡的，就算後面改邪歸正了，幫助了很多人，可是這個裝逼的樣子，讓人喜歡不起來。”
“我覺得都還是觀察一下。”
“抱有懷疑的態度，看起來藍族奧特曼是沒有人了，這個是哪裏冒出來的野生奧特曼？”
“實在是不支持，第二名，有點不配，後面的還真的看不下去了。”
“不覺得很奇怪嗎，雖然是誕生的奧特曼，但是一出現竟然要滅世。”
“這個力量強大了，也無法改變什麼，弱者依舊是弱者。”
“反正無論怎麼樣，這個阿古茹奧特曼，還在這個滕宮博讓人很不舒服。”
“我覺得挺好的，阿古茹奧特曼算是出生在地球上，只不過剛出生的孩子又有什麼壞心思呢？”
“確實，畢竟沒有人引導，誰知道正義是什麼，而他的正義就是消除人類，沒有毛病。”
。。。。。
阿古茹奧特曼的人氣似乎很低迷，因爲毀滅世界的奧特戰士，與所有人內心的奧特戰士完全不一樣。
而且雖然後面從良幫助了很多人，可是對於人類來說，曾經的毀滅的傷痛是無法避免的。
看起來，第二名的藍色奧特曼阿古茹奧特曼，對於所有人來說，是一個不好的開始，原來奧特戰士代表光明的存在，也會滅世。