“奉天承運皇帝，詔曰：
自澎湖有事以來，我郡國羽林之材，無不敢戰，皆因文武與紅番首戰，致誤封疆。
朕每念攻伐未張，國威未顯，百姓受擄，痛心疾首！
在鄭氏威望久聞於海疆，思視國若身家，拋棄李氏諸寇，主受招撫，朕心甚慰。
紅毛番竊據澎湖，鎖我海疆於漳州，每過一日，遺禍甚重，沿海百姓深受其辱，國憲不存，朕豈能忍？
茲授鄭一官爲漳州守備官，加武平衛千戶。授鄭鴻奎爲銅山所守備官，領百戶。
萬望繼續爲國效力，如能擊退來犯之敵，揚我大明國威，朕將不吝賞賜，升官賜爵，不在話下。
欽哉！故諭。”
在鄭芝龍襲擊福建奪取廈門時，爲了打敗俞諮皋和許心素，打造了一支按照“荷蘭人的模式”建造的艦隊。艦隊中的船隻不論是堅固程度還是火炮數量均要比一般的戰船強上許多。這是由於鄭芝龍年輕時曾在澳門打拼，其女婿便是澳門鐵匠的兒子。而且鄭芝龍還曾替荷蘭人劫掠到呂宋貿易的中國帆船。所以鄭芝龍可以憑藉與洋人獨特的關係從澳門和荷蘭人那裏獲得大量的紅夷火炮，以至其戰船所配的紅夷炮數量非一般倭寇、海盜可比。荷蘭人曾記載：“有人曾說，在這個國家（中國）以前從未有人像一官一樣按我們荷蘭模式建造龐大精緻、裝備精良的帆船及艦隊，他還在船上裝配了一部分能被拖動、帶有環栓、置於雙層甲板的大炮。”
明政府也有官員登上了鄭芝龍的戰船，並將其武備記載了下來：“閱其戰艦，堅原如鐵城，每船可安置大銃二十四位。”按上述史料記載，鄭芝龍戰船的雙層甲板均裝備帶有環栓能夠拖動的火炮，其一艘戰船上就配備了24門紅夷大炮，而當時明軍的戰船上至多也只有6~8門，鄭芝龍戰船上的大型火炮數量是明軍的3倍以上，這使得明軍水師在面對鄭芝龍的艦隊時很難有抵抗的能力。
鄭芝龍的船隻大多是從事遠洋貿易的大型“洋船”。這裏“洋船”指的是從事遠洋貿易的帆船，在外文文獻中也被稱爲“戎克船”，泛指中國帆船。這種船隻製造精良，體形碩大。據巴達維亞城日記記載，1625年（天啓五年）1月24日，一艘駛往巴達維亞的中國帆船途經臺灣，其載重達到600噸，乘員達480人，排水量更是一般明軍小型戰船的數倍。
雖然烏尾船各項指標都十分有益，但是因其造價高昂，數量在艦隊之中最少。在衝鋒時，多擔任先鋒衝犁敵船，與敵人接弦展開白刃戰。而與敵人在遠距離進行火炮對射任務，則是由艦隊中的另一種船隻—鳥船來承擔。
鳥船（形制與快船相同，體型稍大）從嘉靖時的開浪船發展而來，開浪船的船身很小，其以頭尖而得名，喫水僅三四尺，四槳一櫓，其形如飛，船內只能容三五十人。萬曆時鳥船逐漸大型化，福建沿海海商經常用此船載貨去各地貿易，其“船身長，安兩艕，有櫓六支，尾後催稍櫓兩支，不畏風濤，行使便捷”。這時的鳥船船身兩旁從4槳變爲6櫓，尾後也增加了1支櫓，其推進力得到增強。也有兩旁無櫓的鳥船。
到了崇禎年間，鳥船的船體相對於嘉靖、萬曆時期的鳥船大上許多，其身長已經達到了7丈5尺，而且櫓設在船尾，兩旁並不設櫓。何汝賓《兵錄》載，鳥船“頭小肚澎，身長體直，尾有兩邊，催櫓兩支，有風揚帆，無風搖櫓，轉折輕便，篷長櫓捷，如鳥之飛也”。鳥船的船身雖然龐大，但速度足與沙船、唬船並駕齊驅。
《福州城圖》中所描繪的鳥船是單層甲板的大鳥船。雖然它被稱爲“鳥船”，但整艘船看上去並不像一隻鳥，反而更像一條巨大的怪魚，船首的前方形似怪魚的巨口，牙齒長在舌頭邊，眼睛碩大。