小智道：“皮卡丘，滾球獸，你們準備好了沒有，明天我們就要開始旅行，同時我們也要和千年獸對抗了。”
“皮卡丘”皮卡丘很是的興奮已經做好準備了。
滾球獸：“沒問題，千年獸就交給我們來對抗吧。”
花子走上來道：“小智，你跟誰說話呢，明天就要去出發了還不睡覺。”
小智：“我知道了，我這就睡。”說完立刻躺在那牀上，滾球獸在一旁裝成了布偶。
第二天
小智慌忙起牀：“遭了遭了，遲到了。”連衣服都沒來得及換，直接穿着睡衣跑了出去。
到研究所後小茂正準備出發：“呦，這不是小智嘛，第一天就遲到，真是有你的。我已經拿到傑尼龜了，你就在後面當我的襯托吧哈！”說完和美女軍團坐着豪車出發了。
大木博士走過來：“啊，小智你來了，第一天就遲到，真是的，寶可夢都已經被領完了。”
小智道：“沒關係呀，我有皮卡丘就夠了，對不對？”
大木博士道：“你和皮卡丘感情真好，進來吧。”
進入研究所之後，大木博士把圖鑑和精靈球交給了小智其中有三顆精靈球和普通的精靈球不一樣下面是一樣的白色，可是上面全是鮮豔的藍色，上面還有一個英文字母D
大木博士：“這個呢就是精靈圖鑑，它可以自由記錄你所遇到的寶可夢。然後呢，精靈球你可以用來捕捉寶可夢，對了對了，還有世界上好像出現了很多會說話的寶可夢，經過調查之後發現他們和普通的寶可夢不一樣，所以我們研發了特殊的精靈球專門用來捕捉他們，也就是這種D-精靈球，好了，現在你出發吧。”
小智接過來：“謝謝，大木博士。”
小智從研究所出來之後發現他花子還有真新鎮的居民都在這裏一番寒暄之後小智踏上了旅行。
遙遠的卡洛斯地區的朝香鎮。
莎莉娜道：“媽媽，那我出發啦。”
咲兒：“路上小心噢，記得先去密阿雷市找布拉塔諾博士拿寶可夢圖鑑和精靈球之後再去關東哦。”
密阿雷市
看起來有點兒年輕，嘴角上有點兒鬍子的，穿着白大褂的男人正在這裏等着。
布拉塔諾博士：“我已經等你很久了，那麼你要選擇哪一個呢？”
莎莉娜道：“我早就決定了我要火狐狸，接下來就請多指教啦。”
火狐狸直接跳上了莎莉娜的肩膀。
布拉塔諾：“這個是精靈圖鑑，還有精靈球，另外的三顆是特殊的D-精靈球，是專門用來收服那種新發現可以說話的寶可夢，還有，這是去關東的機票，我已經和大木博士打過招呼了，你收服了寶可夢之後會自動傳送到大木博士那裏。”
莎莉娜接過東西放入揹包說了聲謝謝後就想着機場走去。
黑暗空間
“可惡的皇家騎士，還有那個阿爾宙斯，怎麼到哪裏都有阻撓我的存在。哼！等我的傷好了之後，我非要讓我他們算賬不成，哼，不過現在還是想辦法讓七魔王們再一次重現比較好，又要動用力量了。”千年獸一邊說着一邊散發出黑霧，黑霧漸漸形成了七個黑影，“去吸收人類的負面情緒，再一次降臨吧，我的親信，七魔王們。”
關東地區的一號道路。
小智和皮卡丘以及進化後的亞古獸正與烈雀羣戰鬥着。
因爲他們在出發的時候不小心驚動了一隻烈雀，結果那隻烈雀卻叫來了一大堆幫手圍捕他們，在這場戰鬥中，滾球獸成功進化成了亞古獸。
“小型火焰！”“小型火焰！”
“皮—卡—丘”亞古獸和皮卡丘不停的釋放着絕招，將烈雀擊退，但擊退一波又來一波兩隻的體力逐漸消失了。.七
小智道：“可惡，沒完沒了！”
這個時候一道火焰直接命中，烈雀，同時一隻巨大的寶可夢把一人兩隻帶到了背上，然後飛上了天空。烈雀們驚慌失措地逃離。
而在後面的一個騎腳踏車的少女，看到這一幕後喫驚：“那個難道是...鳳王”
小智用波導之力與鳳王，溝通：“呼，鳳王，真是多謝你了，不過你怎麼會過來的？”
風王心靈感應：(呵呵，察覺到了氣息，所以過來看看，沒想到張過來就看見你這一幕，真是的，真不知道該怎麼說，前面就是城市了，我要是進入的話肯定會引起騷動，所以我就只能把你送到這兒嘍，這個是我的羽毛，有了這個，你就可以得到我的祝福。)鳳王把小智送到了離常磐市不遠的地方，同時一根彩虹色的羽毛交到了小智的手上。
鳳王：再見了！！
小智和皮卡丘亞古獸向着鳳王告別。
亞古獸：“呼，累死了，我先回暴龍機裏休息了，沒什麼事不要叫我，開飯了再把我叫出來。”說完直接進入了暴龍機。
小智：“走吧，前面就是常磐市了，和莎莉娜匯合之後再說吧。”
常磐市的門口小智被君莎給攔住了。
君莎：“站住，請出示你的身份證件。”
小智拿出圖鑑：“這個精靈圖鑑是贈予真新鎮的小智，希望他將來能夠成爲著名的寶可夢大師，大木博士。”
君莎道：“嗯，確認完畢，那天因爲最近出現了寶可夢失蹤的事件。你們要小心，還有皮卡丘可不擅長初始寶可夢。”
小智道：“沒問題，我和皮卡丘是一長大的，對吧？”
“皮卡！”皮卡丘在肩上點了點頭。
君莎道：“你們的感情真不錯呢，讓我送你們去寶可夢中心吧。”
小智道：“不用，我已經和朋友約好了在常磐市見面。”說着謝過了君莎進入了常磐市
常磐市內莎莉娜正在到處亂撞：“寶可夢中心到底在哪裏呀？”
小智剛進入沒多久就看見了她：“莎莉娜這裏！”說着跑了過去
莎莉娜也向小智跑去：“小智”
兩人匯合之後一起前往了寶可夢中心。