武定帝既然繼位，自然要大肆封賞一遍，世子朱慈烯晉位太子、其餘二子分別爲王，至於其餘宗室也分別由升格不提，另外根據鄭克臧的保薦，武定帝還第一時間任命了四名內閣大學士、六部尚書、侍郎、都察院左右都御史。[]
其中，浙江督師洪磊出任內閣元輔，是爲文華殿大學士、太子少師、新昌伯；福建督師楊英爲內閣次輔，是爲武英殿大學士、太子少傅、明溪伯；原明鄭政事堂左參政柯平爲文淵閣大學士、太子少保；原政事堂右參政鄭英平爲東閣大學士、太子少保。
又以廣東督師鄭斌出任吏部尚書、浙東巡撫陳繩武出任禮部尚書、政事堂左參議林良瑞兼任戶部尚書、政事堂右參議蔡濟兼任工部尚書、警察司司官閆剛爲刑部左侍郎掌部事、刑獄司官郭楷爲刑部右侍郎參贊部事、軍務司司官林珩以兵部左侍郎掌部事、軍器司司官蔡謙爲兵部右侍郎、閩東巡撫吳潛爲都察院左都御史、察言司司官蔡漢襄兼任右都御史。
不過閣臣也好、尚書也罷都只是空殼擺設，實際上掌握武定朝實權的還是原來明鄭藩下政事堂及各司司官。當然爲了適應形勢的發展需要，政事堂改名爲大都督府參軍司，原政事堂左右參政改爲大都督府參議、原左右參議改爲大都督府諮議參軍。至於各司則更名爲大都督府某經歷司，譬如警察司就改名爲大都督府警察經歷司。
參軍院此時也跟着改名爲大都督府參謀廳，林升的總章參軍事改爲總參謀事，同時與洪拱柱、毛洪言、吳淑三人升任爲大都督府僉事，孫有勞和林賢兩人的左右同僉參軍事也改稱左右副總參謀事，參軍都承製改爲一等參謀、參軍承製改爲二等參謀、參軍事改爲三等參謀、行參軍事改爲四等參謀。由此推而及之，各師、團、哨的總參軍、參軍長、參軍職也分別改爲總參謀、參謀長、參謀。
武定帝登基大典剛剛結束，匆匆從瓊州趕到福州的鄭斌和兼任大都督府審官經歷司司官的吏部左侍郎鄧麟彩便在第一時間找到了鄭克臧。兩人一致要求鄭克臧優先解決如今明鄭在兩省佔領區內的幾十名府州縣正印官及輔弼官的缺額問題，而左諮議參軍兼戶部尚書林良瑞也跟營田經歷司司官兼左侍郎顧同山忙中添亂，要求鄭克臧幫助解決當年秋糧收穫不足和來年墾種人口因戰亂大量流失的問題。
面對這四名重臣的圍攻，鄭克臧不禁頭大如鬥，只得一股腦的將所有問題都推給了大都督府參軍司。參軍司連夜合議作出了沒收李光地之流鐵桿漢奸的家財田土並將福州周圍旗丁圈走的土地無償分配給投軍百姓家庭的決定，同時爲了避免剛剛晉封伯爵的蔡元書、王新化兩人產生猜忌和誤解，武定朝中央政府暫時不向兩人佔據的閩北、閩西各府縣派出守令且原則上同意兩人提出的保薦名單。
對於參軍司以內閣名義作出的決定，鄭克臧並無異議，只是提出“本人或祖輩曾經出任過僞職及投考過僞朝科舉的只要能舉城或率部來投且願意接受明鄭方面統一調度”可試作改過自新不再按漢奸論處治罪。
內閣對鄭克臧態度的變化有些摸不着頭腦，但理解的要服從，不理解的也要服從，於是便以武定帝的名義“大赦”天下，這份詔書連同武定帝登基詔書很快傳遍了整個明鄭統治區並向桂、湘、贛、浙、蘇、魯等地傳播開去，不但迅速穩定了明鄭統治區內的人心，更是清廷統治下的各地士紳進一步發生了動搖。
當然決定南中國歸屬的還是武力，各路清軍在進駐紹興的康熙的逼迫下格外賣力。擁有六萬餘兵力的浙南清軍在攻入福建之後馬不停蹄的向霞浦方向進擊。在歷時五個月的浙閩邊境阻擊戰中損失慘重的蔡元書部不得不放棄福寧（注：福寧州治霞浦縣城），退往周寧一線。接到蔡元書撤退的消息，佈置在東衝半島的鄭軍海龍驤師第四團當即趕赴寧德，伏波艦隊本部也開進三都澳以作策應。與此同時，正在閩北作戰的左右勇衛師也奉命急速返回，誓將南侵的清軍擋在洞宮山脈、鷲峯山脈、太姥山脈和天湖山和天湖山脈構成的重“門”（注：寧德的地形呈門字型梯狀）之中。
贛南的清軍在打退了王新化的進攻後也有心向閩西或閩西北進擊，然而鄭軍向粵北的快速進軍使得兵力有限的于成龍不敢輕舉妄動。在援閩還是援粵的問題上猶豫不定了許久之後，身兼江西提督的于成龍方現自己只能選擇汀州方向的王新化作爲突破口。可是好不容易翻越大山的贛省綠營卻在汀州府城下撞得鼻青臉腫，王新化部又以奇兵再出寧化，威脅石城，素不知兵的于成龍只能焦頭爛額的撤回瑞金。
既然清軍在福建方向的進展可以用步履維艱來形容，因此整個天下的目光不得不投向或許可以扭轉乾坤的廣東戰場。此時，攻克韶關的何乾部遇到了自湖廣迤邐而來的鄂省綠旗兵鄖陽鎮、宜昌鎮、湖南綠營永州鎮等部及荊州駐防八旗的挑戰。但蔚嶺、大庾嶺、大東山、瑤嶺山、起微山、青雲山由北及南依次橫亙在韶關境內，清軍只能沿武江谷地緩步推進，一時半會也對鄭軍無可奈何。至於肇慶方向，毛洪言已經溯西江推進到德慶，而且與韶關方向的武江、湞江的水文條件不同的是，西江江寬水深，鄭軍的巡航船固然不敢深入，但改裝後的淺水炮船及普通的千料通報船卻還是能從容駛入的。有了水師炮船的助戰，並無內河水師建制的廣西清軍根本無法突破鄭軍的防線，雙方在德慶城下幾度交手，鄭軍屢屢發炮，轟得清軍鬼哭狼嚎，卻無法前進一步。
就在這閩粵戰事紛紛擾擾之際，幾乎沒有人注意到本該在福州城中主持大局的鄭克臧已經消失不見了，甚至就連明鄭方面的部分大員也沒有發現，現而今已經擴充到十七個師的鄭軍嫡系陸師卻只有八個用在了閩粵戰場上。
永曆四十六年十二月十七日，鄭軍北方艦隊再襲山東、直隸的沿海地區，擄走近二百戶一千口兩省百姓，隨即又在五天後對復州等地實施登陸，在一處海防哨所內打死了一名滿八旗防禦及十幾名旗兵步甲，此後因爲年關將近，鄭軍終止了襲擾，但很快原本應該在西歸浦等地過年的北方艦隊主力在永曆年的最後一天返回到了東寧。
同是十二月十七日，在紹興住得憋屈的康熙決定返回杭州過年，但拖拉御輦的御馬在途中莫名其妙的受驚，一度造成車隊極大的混亂，雖然最終隨行的侍衛殺死發狂的御馬解救了被顛得天旋地轉的康熙，但這個不吉利的徵兆還是讓康熙極爲不悅，於是他決定年後前往蘇州修養，同時遣返隨駕大軍，重新從禁旅八旗及山西、直隸、山東、河南諸省輪戍兵力。
十二月二十四日，在周寧、政和等地休整月餘的蔡元書部因爲補給的問題輾轉進入建寧府。涌入的友軍固然使得洪拱柱手中的兵力大增，抵抗浙西來犯的清軍的把握也大大增強，但是蔡元書部的到來也使得閩西北原本就孱弱的糧食供應體系更加喫緊，再加上兩部之間並無直接的統轄關係，在宿地和輜重分配上也多齷齪，不願此時因爲一絲不慎而導致全局變動的洪拱柱便率部退出建寧府城。
可是洪拱柱的退讓並沒有得到好的結果，因爲無法滿足慾壑難填的手下，十二月二十八日當晚，蔡部數個營頭鬧事很快便發展爲全軍譁變。出面彈壓的蔡元書及右福寧師都統制谷永芬等人被叛軍殺死，僥倖逃生的左福寧師都統制周正和帶傷逃往延平。
此時剛剛率部進入延平休整的洪拱柱得到周正和的飛報，不禁大驚失色，隨即顧不得新年在即，點起一師兵馬急速北上，趁狂歡中的叛軍不備衝入建寧府城，一舉平定了亂軍。但是經此一變，建寧十室九空，已經不適宜再充當抵禦清軍進攻的堡壘。不得已，在斬殺了所有的叛軍之後，洪拱柱只能在武定元年的正月初一帶着所部重新退往南平。
由於閩西北之變還沒有傳達福州，因此福州城裏依舊是張燈結綵、歡天喜地的景象。重返福州的鄭克臧再次露面，親自率領百官向武定帝朝賀新年，武定帝則授予鄭克臧三孤之一的少保作爲新年賞賜，兩人上演了一副君臣相得的活劇。