那些匆忙間徵召的土兵根本不堪一擊，在亂糟糟的衝鋒遭到夏軍火炮及火銃的次第打擊後，甚至還沒有進入白刃戰階段就已經土崩瓦解了，只有以德意志僱傭兵爲核心的原殖民軍還堅持了一會，但在己方敗兵的牽動、衝擊下，很快也潰不成軍。
早就有所預料的劉文來旋即指揮部隊窮追猛打，在七百多遊騎探哨組成的龍騎兵面前，把背後露給夏軍的荷蘭人、土著兵橫屍遍野、血流成河。更爲讓荷軍驚恐萬分的是，逃着逃着，他們居然發現夏軍阻擊部隊已經提前包抄到位堵在己方退路上了。
走投無路的扎蘭頓將軍，在得到保證荷蘭軍官生命安全及允許贖身的許諾後，別無選擇的率着唯一完整的殘軍集團計二千餘人向夏軍投降，至此椰城會戰宣告結束。
是役，華夏聯軍共斃傷俘荷蘭軍官二十七名、德意志僱傭兵一千七百餘名、土著兵八千二百餘名，繳獲8磅、9磅野戰炮十五門、軍馬六十餘匹。唯一美中不足的是有大約四百名德意志僱傭兵和一千一百名土兵拼死突破夏軍阻擊，逃回了巴達維亞城堡，另有腳步甚快的六千餘名土兵搶先一步逃往周邊鄉村並進而逃亡爪哇內陸，讓夏軍無法盡了全功。
扎蘭頓的失利讓全巴達維亞的荷蘭人驚恐起來，不得已，巴達維亞總督安森-範-西斯-德-萬倫迪諾只好搶在夏軍圍城之前向爪哇各地的荷軍要塞通報戰局，尋找楊-薩克-蘭德生海軍中將，請他務必尋找機會擊破華夏海軍，解救巴達維亞。
萬倫迪諾總督的傳令兵剛剛出發，夏軍便驅趕着八千多俘虜出現在巴達維亞城堡外，並當着滿城的荷蘭軍民面實施了十一抽殺，血淋淋的首級壘砌的京觀讓無數荷蘭紳士當場暈倒。隨後夏軍軍使登城勸降，並明確發出“拒不投降者殺”的威脅。
荷蘭人以需要評議會決定爲由試圖拖延時間，對此，夏軍一方面給予兩天時間考慮，另一方面則驅使一干俘虜開始在巴達維亞城堡外圍挖掘壕溝做圍困和進攻的準備。
巴達維亞城堡內有足夠五、六千人喫上一年的糧食，城防炮更是多達三十餘門，再加上還有扼守海港的要塞做掎角之勢，因此心存僥倖的荷蘭人最終選擇了死守。
劉文來於是通告水師方面，先打掉海港炮臺，以杜絕荷蘭人的僥倖心理。
夏軍巡洋艦裝備十八分短炮和十五分長炮，對付要塞是最犀利的武器，不過用木殼的巡洋艦來對付石塊壘砌的海防要塞，是一種不合算的交換，所以常天遠便拿出了新式武器。
所謂新式武器，一共有兩種。一種是夏軍剛剛開始推廣的火箭，這種火箭在安陽會戰中大放異彩，最終使得夏軍兵不血刃的拿下彰德府城，因此很快爲兵部採納爲水陸兩師標準裝備；另一種是大口徑臼炮。這兩種武器都裝載在臨時趕製出來的單桅縱帆船上，可以一直逼近到海岸炮射程以內的極近距離開火，以如今的火炮技術，守軍根本連瞄準這種高速小船都做不到，更不要說能精確打擊、遠距離摧毀了。
什麼？單桅縱帆船不能遠航。這是因爲補給上的限制，但此役有超過二十艘二萬料以上級別的重型軍輸船輸運補給物資，急就的單桅縱帆船自然不用擔心無法越過大洋遠征。
不過常天遠的這兩種新式武器的使用效果顯然沒有想象中的那麼好——大口徑臼炮雖然威力不小，但一時半會還無法摧毀海防要塞堅固的城牆，而新式火箭也無法對全石質的要塞產生致命的威脅——在這種情況下，從陸路方面進攻就從輔助選項重新變成了主選項。
標準棱堡結構的巴達維亞港要塞原本有守軍三百人，擴編後又增加到八百人，雖然不能跟主城堡相比，但足以應付無槍無炮的土著人和力量有限的英法葡等國殖民者。正是鑑於城堡的堅固、守軍力量充足，因此夏軍還是用針對棱堡的標準戰法掘進壕溝。看着一天天逼近的壕溝，要塞守軍心急如焚，但城外夏軍兵強馬壯，根本無法突圍，荷軍只好坐以待斃，整日祈求幾乎不可能出現的歐洲援軍儘早抵達。
然而巴達維亞主城堡和海港要塞的荷軍都沒有想到，城外的夏軍其實只是在虛張聲勢。
事實上，此時包圍巴達維亞海港要塞海港要塞的華夏聯軍不過只有安南軍三個團及龍驤軍第六師中壘團；而在巴達維亞主城堡外的華夏聯軍也只是越南軍三個團、龍驤軍第二師一個團、龍驤軍第六師炮軍團等三千餘人而已；主力夏軍已經海運到了泗水外圍；至於參戰的十團神策軍則兵分兩路在當地僑民的指引下分別向井裏汶、茂物等地進攻前進。
接受了泗水荷軍投降之後，夏軍旋即登陸巴厘島、廷加羣島、龍目島、松巴哇島等島嶼，對島上各處荷軍要塞實施進攻，其中能立刻攻克的就立刻攻克，不能立刻攻克的就長期圍困——憑藉着夏軍水師的巨大優勢，將荷蘭聯合東印度公司在東印度羣島的據點逐一拔除。
夏軍表現的強大實力讓飽受荷蘭人殖民之苦的爪哇土著領主們看到了希望，紛紛派人前來聯絡。夏軍便順勢與萬丹、馬打藍這兩個爪哇最主要的蘇丹王國簽訂宗藩條約，以允諾放棄原本荷蘭殖民者強行設定的稅權改以數目較少的朝貢、保護兩國領土完整、不干涉兩國內政等相對溫和的條款，繼承了荷蘭聯合東印度公司大部分遺產並攫取了巴達維亞、三寶壟、泗水、芝拉扎等爪哇港口和整個東努沙登加拉羣島的主權。
此外根據華夏的建議，馬打藍蘇丹國與萬丹蘇丹國達成了邊境劃分的協定。兩國隨後將以梭羅河爲界，以西的爪哇地區屬於萬丹蘇丹國、以東屬於馬打藍蘇丹國；另外，馬都拉島、巴厘島、龍目島、松巴哇島等西努沙登加拉羣島也歸屬馬打藍蘇丹國所領；
而幾乎就在同一時間段內，蘇祿水師方面也大部拔除了荷軍在德拉地、安汶、班達羣島等處的據點，並與德拉地蘇丹國簽訂了宗藩條約，約定了彼此的國境，正式取代荷蘭聯合東印度公司掌握整個香料羣島及荷屬伊裏安查亞地區。
五月十二日，在夏軍的幫助下，戈阿蘇丹國收復瞭望加錫。
戈阿蘇丹艾德-阿貢旋即與華夏特使李龍正式簽訂宗藩條約，正式割讓米納哈薩半島及托米尼灣內全部島嶼予華夏；並約定在馬魯古海一側，戈阿蘇丹國領有曼涯羣島、華夏領有蘇拉羣島，兩國於兩處羣島之間的中線劃分疆域；在東南班達海方向，除土幹比西羣島以外的所有島嶼屬於華夏；在佛羅勒斯海方向，塞拉亞島以南均爲華夏領地；在西部望加錫海峽，兩國以海峽中線爲界，以東島嶼屬於戈阿，以西屬於華夏在婆羅洲的都護府。
隨後，李龍又代表馬打藍蘇丹國與戈阿蘇丹國簽訂條約，規定甘妮安羣島、廷加羣島、薩巴拉納羣島以南海域屬於馬打藍蘇丹國，以北爲戈阿蘇丹國領海，當然以上海域都對華夏開放，華夏船隻無論軍用戰艦還是民間商船都有無條件的自由通行權。
得知夏軍已經推進到松巴海峽附近後，貌似中立的葡萄牙人認爲荷蘭聯合東印度公司全面失敗已經成爲定局。因此，爲了不讓華夏獲得撕毀《凌牙門條約》的藉口，不再騎牆的帝汶管領便以中立爲名，將正在古邦港休整的荷軍艦隊驅逐出港。
古邦原本是荷蘭人的地盤，當初是作爲拉攏對方的砝碼轉讓給葡萄牙人的。如今卻被往日的盟友所驅逐，這讓荷蘭人不禁怒火萬丈。然而此時若是與葡萄牙人翻臉的話，或多或少會給爪哇艦隊帶來一些損失，這是大敵在側的荷蘭人所不願意看到的，因此蘭德生中將還一衆荷蘭船長們還是忍住了報復的慾望，率艦隊離港而去。
離開古邦港之後，爪哇艦隊高層發生了一次爭執。部分船長和指揮官認爲不能繼續東躲西藏下去了，只有舉行海上會戰才能改變眼下不利的局面；而另外一部分指揮官認爲，夏軍的力量龐大，單憑以武裝商船爲主的爪哇艦隊是不可能獲得勝利的，因此爲了保全實力，應該立刻退往斯里蘭卡和印度。
說起來，後者的建議纔是正確的，但這個時代並沒有所謂“存人失地、人地兩存”的戰術論述，因此遭到了相當多的荷蘭船長的批駁，而蘭德生中將也表示反對，認爲一旦放棄東印度羣島，聯合東印度公司會爲之破產不算，丟下巴達維亞不管也不符合騎士守則。
蘭德生中將的意見壓倒了撤退派的言論，既然如此，那就只能打了，可該怎麼打呢？是殺回爪哇還是進攻香料羣島的夏軍水師？還沒有做出決定，飄在薩武海上的荷軍便與護送陸師進攻阿洛島的夏軍分遣隊撞倒了一處??????