進入支線劇情的人數有限制，所以風眠公會只是派出了星光和風瀾兩支小隊，鐵雄公會派出一支小隊。奧古三支小隊。地球聯邦軍玩家出動了四支小隊。
這個支線劇情的主力是地球聯邦軍的新機體msa-0011s高達，其他的機體都是爲他做配。s高達重新啓用了元祖高達的組合機體設計理念，全身由三部分組成。
s高達的上半身，爲戰鬥攻擊機，在宇宙或者大氣圈內都擁有絕佳的運動性，揹包裝備2門大口徑光束加農炮，無論是ms形態還是g-attacker形態都可以使用。雙翼還載有推進劑槽。
s高達的下半身，爲爆擊機，擁有強猛的火力以及不俗的續航能力，大腿部的光束加農炮是從msz-006a1zplus·a1型所使用的光束加農炮改良而來，可進行廣範圍的射擊。還可在機體右側選裝高出力的精靈光束炮以代替光束加農炮，機體左側替換光束加農炮的則是能量補充器。
中心部位用核心戰機連接，核心戰機跟元祖高達的的核心部件設計相似，標準武裝是導彈發射架，就算單獨作爲一臺戰鬥機也沒有任何問題，足以保證機師的逃生以及戰鬥數據的回收。
頭部由於搭載了準塞可繆兵器，有線制御炮系統以及四門火神炮，爲了達到及時散熱的目的，在頭部加裝了強力的冷卻裝置以及大量的散熱片確保散熱。這也就是機體的臉頰有着類似魚鰓狀物體的原因。
而該機的最大特點就是機體內還暗藏了自我學習型電腦——“愛麗絲”即a.l.i.c.e.system——advancedlogisticin-consequencecognizingequipment——“發展型邏輯/非邏輯辨識裝置”，這是一部擁有女性人格的超級電腦。也就是智能ai
愛麗絲具有獨立人格，能夠獨立思考、分析，在作戰中甚至可以獨立控制ms，因此比以往只是輔助用的“學習型電腦”更先進。而“愛麗絲”其能力在與機師的“戀愛”過程中將不斷得到增長，因此，機師的人選是以思維方式超越邏輯和常識的“危險分子”爲佳。
由於愛麗絲具有真正的人工智能，能夠學習理解人類的感情、判斷是非，而不是一味的遵從人類的命令，因此聯邦的高層們擔心這樣的技術會拒絕下達的某些“沒有道義”的命令，不符合聯邦高層的利益，因此導致愛麗絲並不受重視，隨着搭載愛麗絲的s高達的損毀，這項偉大的計劃也就此終止。
除了主角之外，其他的工作都由玩家承擔，戰艦也是統一的麥哲倫改級戰列艦。阿爾法小隊集結了三艘戰艦向着培曾基地開進。鐵雄公會的小隊和奧古的小隊被留在月球，充當月球守衛隊。
此時的培曾基地盤踞着五支隸屬於新迪賽斯的小隊，外部還有叛變過來的埃諾艦隊幫忙，還有悄然而至新吉翁的協助，戰力上不虛阿爾法小隊。
第一幕是培曾基地的新迪賽斯玩家發動叛亂，用新機體rms-141賽克·艾恩輕鬆擊潰了用rms-154巴扎姆改良型搭建第一道防禦線的地球聯邦軍的npc。順利奪過培曾基地的控制權。
第二幕是已經控制了培曾基地的新迪賽斯玩家出動和埃諾艦隊匯合，打算進入月面都市艾爾斯。艾爾斯市是一座坐落於月球南部的自治都市，由於月球軌道運行的原因，這座都市永遠不會面向地球，由於這個原因和其他歷史因素，使得這座城市的居民對地球產生了一種奇異的邪教般的崇拜，這種崇拜使他們成爲泰坦斯的主要支持者，以至於在格利普斯戰爭結束時，包括市長凱撒·派恩菲爾德在內的艾爾斯市民兵出動保衛格利普斯2號。
格利普斯戰爭之後，培曾教導團發動叛亂，組建新迪賽斯，艾爾斯市又支持叛亂者，將這座城市作爲新迪賽斯的後方要塞，於u.c.0088年3月12日接納新迪賽斯軍隊入駐。
雖然艾爾斯市已經接納了新迪賽斯，但是隸屬於地球聯邦的月面防衛隊不能答應這種行爲。於是二者展開了激烈戰鬥。此時和主角一同出發的阿爾法小隊，也是一同趕往艾爾斯市救援。
堅守艾爾斯市的玩家，使用的機體是rgm-86r努貝爾·吉姆3和msa-007耐羅。還有3臺稀有機體fa-010-a全裝甲zz高達先行量產試作型。
機體的性能很是不錯，但是人數差距過大導致艾爾斯市落入了新迪賽斯之手，但是機體的到了最大限度的保存。
原著中戰鬥持續了很久，但是劇情裏的戰鬥，在阿爾法小隊到達後，戰鬥就結束了。樓宇等人跑了一路，但是在第一幕和第二幕都沒有出手的機會。
直到第三幕，地球聯邦軍發動“鷹墜行動”。開始攻擊艾爾斯市，樓宇等人才得以登場。