隨着佐爾坦-亞卡年的陣亡，新吉恩號二號機強行控制了喬納-巴修塔和nt高達，玩家們的任務也變成了全力保衛氦-3儲藏基地。
這也導致玩家們展開了史詩級合作，大馬士革號和金鬃馬號直接停靠在了一起，畢竟無論是菲尼克斯還是新吉恩號二號機，都不是任何一方能輕易對抗的。
新吉恩號二號機和菲尼克斯一路打到了氦-3儲藏基地。玩家們如臨大敵，戰鬥也從雙方交戰變成了集體打boss。
第一波攻擊直接由戰艦發起，兩艘戰艦的主炮齊射，目標是新吉恩號二號機。直接逼出了新吉恩號二號機的i力場。然後就是一波導彈連射，新吉恩號二號機的6門肩部大型mega粒子加農炮開始掃射，直接將大量導彈掃爆。
爆炸的光逐漸籠罩了一大片區域，所有人都希望這一擊能直接新吉恩號二號機幹掉，但是這顯然是不可能的事。
菲尼克斯似乎感應到了什麼，機體開始出現規律的顫抖。nt-d系統解放，菲尼克斯渾身籠罩着藍色的光芒，然後對着爆炸光區就是一發馬格南光束。
馬格南光束直接將爆炸的光區切開，舉着盾牌新吉恩號二號機出現在衆人面前，整個戰場都充斥着嘆氣聲。
新吉恩號二號機的精神感應框架也開啓了，40枚有線制御式大型浮游炮對準了一衆玩家。一臺機體打算兩支戰艦發起攻擊。這就是boss級別的機體的自信。
面對密密麻麻的大型浮游炮，安絨直接擔任起了戰場指揮官的角色，面對擁有i力場的新吉恩號二號機，安絨將機體大致分爲兩隊，擁有實彈武裝的機體負責消耗新吉恩號二號機的耐久。
其餘機體則是盡全力消耗這數量龐大有線制御式大型浮游炮。玩家們剛分好隊，新吉恩號二號機的攻擊就來了。
有線制御式大型浮游炮，肩部大型mega粒子加農炮，大型高能mega粒子加農炮紛紛發射。新吉恩號二號機肆意宣泄着足以匹敵一支艦隊的火力。
玩家們只能紛紛逃竄，兩艘戰艦也不得不讓開位置。這也導致了新吉恩號二號機直接引爆了部分氦-3儲藏罐，直接引起了大爆炸。
這時候菲尼克斯看不下去了，雙臂交叉然後猛的一揮。兩道綠色的精神感應衝擊波交叉着飛向新吉恩號二號機。頓時新吉恩號二號機的40枚有線制御式大型浮游炮就失效了。
玩家們趁機插上，將40枚有線制御式大型浮游炮全部清理了。新吉恩號二號機的火力瞬間下降了一個檔次。
但是boss就是boss，始終存留着殺招。無數六邊形模塊出現，精神感應傳導矩陣再次出現。與第一次出現時的威壓蓋世，讓所有人無計可施不同，這一回衆人都有了準備，尤其是菲尼克斯，直接用背後的雙翼劃破了剛剛成型的精神感應傳導矩陣。然後就到了集體給新吉恩號二號機拆除護甲的階段了。
一臺arx-014s銀彈·鎮壓者正在更換着手臂，這是巴納吉的新座駕。由於巴納吉鍾愛馬格南光束步槍，所以把只有搭載了精神感應框架才能使用的武器裝在了這臺銀彈身上，還特意加裝了手臂更換系統，讓這臺銀彈能多次使用馬格南光束步槍。而這臺銀彈，也被米妮瓦賜名鎮壓者。
巴納吉一擊打穿新吉恩號二號機，衆人也把目標放在瞭解救喬納-巴修塔身上。隨着新吉恩號二號機的分解。對nt高達的掌控也逐漸變弱。
喬納-巴修塔的意識也逐漸迴歸，nt高達逐漸與新吉恩號二號機分離。但是新吉恩號二號機依舊放出精神力引導線和副臂想要拉住nt高達。
玩家們紛紛上前攔截新吉恩號二號機的副臂，但是卻被一拳一個打飛了出去。菲尼克斯飛過來切斷了精神力引導線。然後擋住了新吉恩號二號機打來的一拳，這時候一個銀色的身影飛過，然後一把將nt高達從新吉恩號二號機的控制中拉了出來。
失去掌控的新吉恩號二號機開始暴走，整個機體直接撞向氦-3儲藏基地。玩家們也開始集中火力，消耗新吉恩號二號機。
隨着攻擊的落下，新吉恩號二號機逐漸開始解體，機體各處的光芒也不在了。只剩下背後的兩個狂飆推進器在運作。
這個時候兩支戰艦橫在了新吉恩號二號機和氦-3儲藏基地之間，想用戰艦的艦體阻擋新吉恩號二號機。
哪怕是所有人火力全開，但還是阻擋不了新吉恩號二號機的龐大身軀，哪怕被打的支離破碎仍有一部分殘片飛向氦-3儲藏基地。
現在的氦-3儲藏基地已經經歷了一次爆炸，稍有碰撞就會引起連鎖爆炸。衆人都已經無計可施了，這時候一個類似於鳥鳴的聲音從菲尼克斯機體裏發出。
自打巴納吉救出了喬納-巴修塔之後，菲尼克斯就一直呼喚着喬納-巴修塔。巴納吉對這種情況再熟悉不過了。巴納吉示意巴修塔去勇敢面對。
於是喬納-巴修塔坐上了rx-0獨角獸高達3號機·菲尼克斯，菲尼克斯直接覺醒，喬納-巴修塔釋放了自己和莉塔的精神能量。這股強大的能量直接將新吉恩號二號機吹飛。
氦-3儲藏基地的危機解除，喬納-巴修塔也被菲尼克斯從駕駛艙裏吐了出來。正好被巴納吉接到。
衆人將新吉恩號二號機徹底破壞後再次把視線放在了菲尼克斯身上，菲尼克斯直接沖天而起，化作一道流光再次消失在衆人的視野裏。
自此戰役模式結束，也給大家留下了很多未解之謎。比如得不到能源補給的菲尼克斯是如何一直飛翔在宇宙的。
nt高達爲什麼能和新吉恩號二號機結合使用。