算上《海盜高達幽靈》的前傳，還將骷髏之心按照5個短片分別開放了5個副本。這5個副本分別是《是笨蛋就開鐵球》、《星星的公主》、《海賊的寶藏》、《最終士兵》和《猿猴星球》。
這些副本主要都是爲了後面的《海盜高達-鋼鐵的七人》做鋪墊，幾個副本都是以《海盜高達-鋼鐵的七人》裏七位戰士的戰鬥經歷和回憶爲發展線，也順勢讓這幾位戰士登場。
故事背景是，隨着第一次木星戰役的結束，西布克和貝拉逐漸退居幕後，託比亞和貝娜提無縫銜接西布克和貝拉的位置。
由於第一次木星戰役並沒有取得殲滅性勝利，所以託比亞一直在四處追討木星帝國逃竄在外的部隊。
風眠公會進入了《是笨蛋就開鐵球》的副本，該副本是一個回憶副本。一個名爲烏蒙·薩蒙的70歲老人講述自己在一年戰爭時期的故事。
風眠公會一部分人負責剿滅外部的木星帝國殘黨，核心成員則是進入了烏蒙·薩蒙的回憶裏。
要說在一年戰爭期間，在NPC眼裏最喫得開的玩家就是藍色彗星--樓宇了。年輕的烏蒙·薩蒙見到樓宇也是相當崇拜。
畢竟樓宇是除了聯邦軍的白色惡魔之外，最強大的聯邦機師了。回憶的時間線是UC-0079所羅門要塞攻防戰。
烏蒙·薩蒙駕駛着由RB-79鐵球改造而來的B高達參戰，在其身邊樓宇一行人也是駕駛着許多RGM-79吉姆參與作戰。
B高達雖然冠以高達之名，但實際上只是通過附加裝甲將鐵球的外形改造成了一個高達頭的樣式。雖然徒有其表，但是阿姆羅白色惡魔的名聲實在是太響亮，導致吉恩軍的士兵們見到這臺近13米高的高達的頭部時，依舊心生畏懼。
烏蒙·薩蒙也是狠人面對數量衆多的大魔絲毫不慌，直接用180mm無後座力炮幹掉了一臺大魔。
樓宇看見後，不由得發出了一聲輕笑，這聲輕笑沒有嘲諷的意思，反而是充滿了對烏蒙的讚賞。
一年戰爭時期的機體沒有強大的武器和出色的性能，也無法做出驚世駭俗的操作。樓宇等人幾乎是用最平凡的手段擊敗了吉恩軍的一衆機體。
烏蒙-薩蒙使用B高達一戰擊墜了6臺大魔。這件事一直讓烏蒙談論到了UC.136年。
烏蒙的回憶結束，副本也進入了尾聲。在外圍的風眠公會成員將木星帝國的殘黨掃除後，副本《是笨蛋就開鐵球》也正式結束。
另一邊另一隻鴨子也伺機進入了副本並且接到了隱藏任務。另一隻鴨子進入的副本是《猿猴星球》。
另一隻鴨子的隱藏任務首先是尋找當年吉恩公國祕密實行絕密計劃“ProjectE”的實驗基地。
“ProjectE”計劃的初衷是爲嚴重缺乏戰鬥生員的吉恩軍找到可以替代人類上戰場的士兵。
找到研發基地後，另一隻鴨子的後續任務是將這些猴子連同機體一起帶到地球，在雨林裏打造出一處受自己控制的基地。
可惜這次的任務沒有那麼簡單。早就有人發現了這些隱藏在Side2地區穿着吉翁軍服的猴子。
還引來了哈里森和託比亞的攻擊，當然這其中還有進入副本的玩家。
起初只有哈里森的手下攻擊這些猴子，但是這些猴子用靈活多變的作戰方式硬生生的幹掉了地球聯邦軍的5臺MS。
甚至還壓制住了由哈里森帶隊駕駛量產型F91高達的精銳部隊。本來只是做任務，對這些猴子沒什麼興趣的另一隻鴨子開始重新審視這些猴子的戰力。
哈里森失利之後，託比亞帶着玩家出戰，託比亞觀察了一會兒後，制定了香蕉戰術。
香蕉戰術是利用猴子注意力容易分散的特點，一個人作爲誘餌，一個人快速攻擊這些猴子。由於對手是猴子，所以特意取名爲香蕉戰術。
戰術執行的順風順水，再加上玩家們的操作本身就要比普通NPC精細一些。局勢開始逐漸被控制下來。
但是這時候另一隻鴨子可不答應了，好不容易找到的吉恩軍打手，怎麼能就這樣被消滅呢。
另一隻鴨子駕駛着新機體，完美扎古登場，完美扎古全高30米，擁有特殊設備：賽可繆系統和光束散射力場。是吉恩軍早些年設計的機體，也被稱爲最強的扎古。
一出場另一隻鴨子就用腰部的兩門散射光束炮壓制了託比亞帶領的玩家。玩家們還以爲這一副本有boss，紛紛等待託比亞的指令。
但是另一隻鴨子本就是計劃之外的存在，託比亞只能親自出手迎擊。另一隻鴨子並沒有打算和託比亞纏鬥，背後的賽克繆系統啓動。
機體能源全部匯聚到光束散射力場，光束散射力場並不是攻擊性系統，是能夠利用磁場在機體周身形成光束屏障，令整臺機體都隱藏在一團迷霧中。
高達的完美扎古隱沒於迷霧之中，然後玩家們就聽見迷霧中傳來一聲哨響。
等迷霧散去，完美扎古和那些猴子駕駛的MS-06MS伯爾布什全部失蹤。
玩家們一頭霧水，但是副本已經進入結算狀態。參加這個副本的玩家還成功的解鎖了戰術系統。
官方也及時給出解釋，戰術系統將作爲一項豐富玩家作戰模式的新系統。戰術系統將由小隊隊長或是艦長使用，當玩家們按照隊長和艦長設計的戰術行動時，能獲得一定程度的增幅。增幅形式和效果都需要玩家們自行發覺。
經過這一次的副本，樓宇發現玩家們在之前打出的名氣，除了遭遇特定事件時有用，其他時間已經完全無法影響遊戲進程。這也說明UC紀元已經走到了末期。