首先是瑪麗梅亞軍的成立，瑪麗梅亞軍由巴頓財團創始人德基姆·巴頓建立，德基姆於a.c.196年扶持瑪莉美亞·巴頓爲傀儡，號稱瑪莉美亞是特列斯·克休裏那達之女，發動了瑪莉美亞之亂。
故事從平民戰線綁架莉莉娜開始，第一縱解決了莉莉娜的守衛之後，強行帶走了莉莉娜。與此同時卡托爾說服了除張五飛的其他5小強將自己的機體送到太陽銷燬。
當衆人得知莉莉娜被抓之後，希羅和迪奧迅速趕往瑪麗梅亞軍佔據的殖民地x-18999探測戰力，但是在他們行動之前張五飛和杜洛華就已經潛入了x-18999。張五飛因爲不認同莉莉娜倡導的完全和平主義的社會，更無法接受將機體封印，於是便加入瑪莉梅亞軍，決心證明世界仍然需要戰士。而杜洛華則是傳統藝能，先假意加入對手收集情報，然後再作爲內應打出關鍵一擊。
這裏開始有玩家介入，鐵雄公會在殖民地x-18999外用里奧組成防線，沈靜冉和燕飛雲上駕駛穿梭艇進行突入，期間隸屬預防者的東方太陽公會派出洛宸和陸枕幫沈靜冉和燕飛雲上緩解壓力。
燕飛雲上載着沈靜冉面對大量敵機有些束手無策，鄒琦在遠處默默觀察着，等待出手良機，這時候側翼突然飛來兩個導彈夾倉，直接在鐵雄公會的陣型裏炸開，大量導彈傾泄，導致現場混亂不堪。鄒琦暗道一聲不妙，迅速出手想要擊潰燕飛雲上的穿梭艇。
燕飛雲上也不是傻瓜，直接油門踩到底，硬生生闖入了x-18999殖民地的港口，但是由於速度過快，直接來了個硬着陸。離開穿梭艇的時候，沈靜冉還不忘打趣道：燕飛雲上會長開穿梭艇的技術一般啊。
守在外面的鄒琦沒想到燕飛雲上和沈靜冉這麼容易就殺進去了，臉上頓時有些掛不住，直接就去找在外面發射導彈的洛宸和陸枕。
洛宸和陸枕知道自己後面的戲份不多直接擺爛，連跑都不跑的和鄒琦打了起來。
進入x-18999殖民地燕飛雲上和沈靜冉各自尋到了一臺里奧之後就想進去搗亂，結果直接被大秦龍魂和鬼王潮逮個正着。
沈靜冉有些懵懵的問大秦龍魂怎麼找到自己的。大秦龍魂直接了當的回覆：由系統任務給的地圖標點。沈靜冉頓時一頭黑線，用里奧對戰雙頭龍高達，她的任務難度直接拉滿。
另一邊鬼王潮根本沒給燕飛雲上說話的機會，上來就是一梭子子彈，巴頓財團的最新兵器mms-01大毒蛇也正式亮相。
大毒蛇的設計靈感來源於重裝高達，技術特點就是火力兇猛但是缺乏近戰能力，燕飛雲上想要接近鬼王潮用近戰的方式解決戰鬥，只可惜里奧的性能不給力，兩下就被擊倒，失去了反抗能力。
沈靜冉這邊更加艱難，大秦龍魂用雙發光束三叉戟輕鬆壓制了沈靜冉，沈靜冉使出渾身解數也沒能在大秦龍魂的手下支撐多久，被斬斷雙腿之後，直挺挺的倒在了地上。好在這一關有系統保護，一聲聲爆炸不斷掩護着二人撤離，二人在丟棄了里奧之後，也順利的在x-18999裏潛伏了起來。
幾人激烈交戰的時候，傑古斯來到了預防者基地，表明了自己要加入預防者的決心，並獲得新代號預防者-風。
此時的卡托爾正在和馬格納克隊配合進行回收高達的任務，這個任務換算到玩家則是由維達公會來進行，這個任務考驗的不再是玩家的機體操控水平，而是對角色自身的掌控力，由於難度較大，青花瓷費了大力氣才勉強通過。
《新機動戰記高達w無盡的華爾茲》的第一部分也告一段落。