旁邊的刺客，拿着一個燒紅的火鉗，在艾吉奧的左手無名指夾了一下，留下了一個代表斷指的印記。
“現在你是我們的一員了，走吧，我們還有更重要的事要做。”
隨後，一個個刺客從塔樓前，進行信仰之躍，直接跳下去。
艾吉奧也跳入下方，如雄鷹展翅，這一刻，他就正式踏入兄弟會，而經過十年的經歷，艾吉奧也褪去了年少時的懵懂和衝動，逐漸變得成熟起來。
隨後，艾吉奧回到佛利城，並希望把伊甸的蘋果藏匿於此以便他們的盟友卡泰麗娜?6?1斯福爾扎對其進行保護，但當二人到達那裏，發現整個佛利城正遭受凱科和盧多維科?6?1奧爾西兄弟所帶領軍隊的攻擊，正當艾吉奧和馬基亞維利與軍隊對抗的時候，有機可乘的凱科成功偷取了蘋果，逼迫艾吉奧只能去追他，雖然最終艾吉奧還是捉住並殺死了凱科，但凱科在臨死前他也刺中了艾吉奧下腹，嚴重受傷的艾吉奧由於傷勢而暈倒，而蘋果也從他手中滑落，這時一個缺少一根手指的僧侶出現並在他面前奪走了蘋果。
處理完事情的艾吉奧返回意大利繼續追尋着那個斷指的僧侶吉羅拉莫·薩沃納羅拉和伊甸的蘋果。1497年，他回到了他的故鄉佛羅倫薩，在那裏他發現洛倫佐已經殺死，而後者更是取代了前者的位置，開始用蘋果操縱着民衆，而艾吉奧的前戀人克里斯蒂娜和他丈夫他也被薩沃納羅拉所操縱的暴民給謀殺。在馬基亞維利的幫助下，艾吉奧開始瞭解放薩沃納羅拉所控制的佛羅倫薩的計劃。刺殺了薩沃納羅拉的副官，然後把蘋果從他身邊奪回來。
艾吉奧站在高臺上，不由喊道：“22年前，我站在我現在這個地方，看着我所愛的人全部一一死去。我被曾經的好朋友背叛，仇恨心理佔據了我的心靈。要不是幾個睿智的人幫助下，我整個人都被仇恨所吞噬。這些陌生人教我回顧本能，他們從不向我灌輸真相，而是引導我搜尋真相。”
淡淡的主題音樂背景響起。
“我們不需要誰來告訴我們怎麼做，我們可以自由地走上自己的道路。途中會有人想要奪走我們的自由，而你們也有不少人會將自由拱手相讓。但不管是真是假，我們都有能力做出選擇，這就是我們的天性。”
“任何書籍或老師都不能給你們答案，教你走哪條路。你要選擇你自己的路，不要追隨我，也不要追隨任何人，追隨你們自己。”
這是艾吉奧對脫離金蘋果控制的人民所講的話，在這一刻，他的思想已經與年少時不同了。
但遊戲還沒結束，艾吉奧他們已經逐一把所有阿泰爾手抄本的碎片收集完成，用手抄本的碎頁拼出了一個世界地圖並順利地通過蘋果中找到了一個位置，羅馬西斯廷教堂下的祕密地下室。
艾吉奧趕去，但卻發現羅德里戈已經提前一步知道這件事，而此時他更是已經成爲了教宗阿歷山大六世。
1499年，刺客們襲擊羅馬，而艾吉奧則單騎闖入西斯廷教堂獨自面對羅德里戈。
艾吉奧已經變成了大叔，一臉鬍鬚，但目光卻一如既往。
“一切都結束了，羅德里戈。”
他扔掉了手中的長劍：“不再有陰謀詭計，不再有古代聖物，不再揮刀弄劍。”
他取下袖劍扔去，赤手空拳：“我們來看看你有什麼真本事，老頭。”
這個羅德里戈，就是最終的黑手，也是導致艾吉奧父親死亡的真兇。
他一直在搜尋金蘋果，想要搜尋神的力量，最終在地下室，敗在了艾吉奧手中。
艾吉奧本想下殺手，但他看着奄奄一息、狀若瘋狂一心追尋力量的羅德里戈，他放下了拳頭。
“不，殺了你也無法讓我父親復活，你安息吧。”
艾吉奧起身，他感覺一陣空虛，準備離開之時，忽然間，安裝了金蘋果的法杖，打開了地下室的密道，艾吉奧好奇之下，朝裏面走了進去。
一道人影忽然出現，這個人影由光幕組成，戴着奇怪的裝飾。
“你好，先知，很高興你來了。我們有話要說。”
艾吉奧一臉震驚：“你是誰？”
“我有很多名字。我死後，用的是密涅瓦。其他人也有不少名字，這位朱諾，以前用的名字是烏泥……”
艾吉奧不敢置信看着這個光影：“你們……是神明？”
那光影笑道：“不，我們不是。我們只是以前曾經來到過這個世界。我們是超越時空的存在，只不過你們還沒準備好。你們或許永遠也不會準備好，不過沒有關係，你雖然不會理解我的言論，但一定會理解我的警告。”
艾吉奧搖頭：“我不懂。”
光影：“我們說的話，不是給你聽的。”
艾吉奧更爲疑惑，他轉身看了一下：“什麼意思？這裏除了我，沒有別人。”
“通過你傳達給其他人，你是先知，這是你的職責。”
“你讓他搞糊塗了，不要插嘴。”
艾吉奧雖然疑惑，卻不再言語。
很快，密室之中開始有光幕演化。
“我們存在這世界上，擁有家園時，你們背叛了我們。於是我們創造了你，給了你生命。”
“我們曾經很強大，但你們人數衆多雙方都渴望用戰爭一決高下。”
“但我們沒注意到天象的異變，當我們注意到時，整個世界變成了一片廢墟。”
“我們和你們的種族，只有少量存活下來。”
這些話說的稀裏糊塗，不過大致意思是，之前的世界末日即將再度到來一次。
蘇青薇正在疑惑時，這光影人物最後說道：“好了，信息已經傳達。現在我們全部人都要離開這個世界了。已經沒有我們能做的事了，剩下的就要靠你了，戴斯蒙。”
臥槽！
蘇青薇張大嘴巴，戴斯蒙，不就是遊戲裏現代部分的那個人物嗎？