老賊這一部遊戲的確太長。
艾吉奧到要塞地下的圖書館門前，然而他卻得知聖殿騎士團的頭目萊安德羅斯持有尼科洛·波羅的遊記。這本遊記中記載了有關圖書館大門鑰匙的線索。
艾吉奧連忙離開要塞，去追趕已經搭乘馬車逃走的萊安德羅斯。
艾吉奧順利地抓住了馬車上拖下來的一條繩索，沿着繩子一點點地爬到了馬車上。萊安德羅斯見狀跳到了另一架由他部下駕駛的馬車上，於是艾吉奧駕駛馬車，展開了與萊安德羅斯之間的追逐戰，兩架馬車在狹窄的山道上彼此撞擊，難捨難分。
艾吉奧最終成功刺殺了萊安德羅斯，得知聖殿騎士正在搜尋打開阿泰爾圖書館大門的馬斯亞夫之鑰後，艾吉奧用告別結束了與萊安德羅斯的臨終對話，取走了尼科洛·波羅的遊記。
接下來，艾吉奧前往君士坦丁堡，希望能夠在這裏找到那些聖殿騎士還沒找到的馬斯亞夫之鑰。快到港口的時候，艾吉奧同船上另一名乘客簡單地聊了幾句。這個乘客自稱是一個學生。艾吉奧和那個乘客談了談那個乘客的年輕時光，但隨着他的注意被船上的一名女子吸引，嗯，絕色女子，不愧是老色鬼了，艾吉奧也和那名學生之間的對話也暫告一段落。下船之後，艾吉奧得到了奧斯曼刺客兄弟會領袖優素福·塔齊姆的歡迎。
在優素福的介紹下，艾吉奧和優素福的手下見了面，還得到了新的裝備鉤刃，艾吉奧還與君士坦丁堡的另一位刺客大師皮裏船長見了面。他和皮裏一起找到了尼科洛·波羅的舊貿易站，這裏已經有了新的主人——來自威尼斯的書商索菲亞·薩爾託，也就是那個在船上吸引了艾吉奧眼球的女子。
找到貿易站地下的祕密通道之後，艾吉奧提議與索菲亞一同調查，言語帶着些許調情的意味，卻遭到了索菲亞委婉的批評。之後，艾吉奧進入了地下的洞穴，順利地取得了他手中第一把馬斯亞夫之鑰與一張被加密的地圖。在索菲亞的幫助下，他最終解開了地圖中的祕密。在不斷的合作之中，艾吉奧逐漸對索菲亞萌生了感情，但還不能夠將自己的刺客身份透露給她。
接下來，艾吉奧一直在搜尋鑰匙，得到君士坦丁堡裏的四枚鑰匙之後，艾吉奧來到了卡帕多西亞，來到了港口，用優素福的特製炸彈炸斷了巨鏈，又用希臘火將守在港口外的衆多聖殿騎士船隻付之一炬，不過可惜卻沒有搜到。
回到君士坦丁堡之後，艾吉奧連忙趕到索菲亞的書店。他發現書店裏已是一片狼藉，受他之託在他身在卡帕多西亞時保護索菲亞的優素福也已被害。發現優素福的遺體之後，艾吉奧爲他送上了最終的祝福，幫他合上了雙眼。艾吉奧宣稱自己將會對那些膽敢激怒刺客的人展開新的復仇。他集齊了剩餘的馬斯亞夫之鑰，準備在交易中埋伏兇手艾哈邁德。
但是，艾哈邁德將索菲亞作爲人質押到了加拉達塔的塔頂，艾吉奧被迫爲了贖回索菲亞而交出了馬斯亞夫之鑰。但艾吉奧爬上塔頂之後才發現，那個人質其實不是索菲亞，而是一位名叫阿齊塞的刺客同僚。他看見索菲亞其實在附近的一個院子，即將被聖殿騎士絞死。
艾吉奧與艾哈邁德在君士坦丁堡城郊展開了一場激烈的追逐戰。隨後，艾吉奧駕着降落傘一路滑翔，緊追不放，直到追上艾哈邁德的馬車。他抓住了艾哈邁德，兩人打作一團，跌落了懸崖。艾吉奧制服了艾哈邁德，打開了降落傘，救了自己和艾哈邁德的命。
之後，最後一章。
開頭艾吉奧在給自己妹妹寫信。
“我用堅定的手和輕鬆的心寫下這些文字，我們現在在阿卡——索菲亞和我——五把鑰匙都在我們手上。索菲亞是一名經驗豐富的旅行者，也是在離家如此之遠的地方能擁有的好同伴。明天我們將前往最終目的地，一到那裏，我就會進入阿泰爾的圖書館，完成我們父親的遺願。爲了這一刻，我已等得太久。”
此刻的艾吉奧，已經是五十多歲了，他的面容已經頗爲蒼老，與第一部比起來，他不再年輕，身手也不再敏捷。
艾吉奧與索菲亞站在了通往圖書館的山道前方，兩人聊着天，朝前方走去。
“這就是你組織成立的地方嗎？”
艾吉奧感嘆：“是啊，它開始於數千年前，卻在這裏重生。”
索菲亞問道：“靠你提到的那位人嗎？阿泰爾？”
“是，他使我們壯大，給我們自由。”
索菲亞好奇問道：“你之前提到過一個信條，那是什麼？”
“萬物皆虛，萬事皆允。”
“哦，聽起來有點憤世嫉俗。”
艾吉奧發出呵呵一笑，是個老年人的笑聲了。
“如果它是教條的話，的確如此，但它僅僅是對真實的觀察，要說萬事皆虛，就必須瞭解社會的基礎是脆弱的，我們必須守護自己的文明；萬事皆允，就必須明白我們是自己行爲的構築者，我們必須承擔自己的一切後果，無論是輝煌的或可悲的。”
在這一刻，蘇青薇很有耐心，直播間的觀衆也很有耐心，就看着艾吉奧帶着索菲亞，朝最後的終點走去。
阿泰爾的圖書館裏有什麼，誰也不知道。
彈幕刷過。
“看到艾吉奧一路成長到現在這樣，五十多歲了還單身，我忽然覺得艾吉奧這一輩子的追求好可憐。”
“是啊，前十年活在仇恨之中，現在是爲了完成自己父親最後的遺願，探索阿泰爾的圖書館裏到底有什麼。”
“遊戲一開始，艾吉奧還是個紈絝公子，現在艾吉奧是個老年了，這短短的幾天，卻看完了艾吉奧的一生。”
“怎樣的結局，才配得上艾吉奧這一生的顛沛流離啊？”
“看看劇情吧，老賊在結尾，應該不會發刀子吧？”