寶可夢與人類作爲朋友與夥伴齊心協力，但有時也會作爲‘敵人’而對立，它們居住在世界的各處。接下來小赤的旅行故事就此展開！
……
時光悄然流逝，很快三年就過去了，小赤也達到了十歲出發旅行的日子！
在這個世界，只要到了十歲，就能得到屬於自己的初始寶可夢，但要想得到聯盟培養的御三家和授予的寶可夢圖鑑，必須得繳納十年的費用以及寶可夢博士的推薦，這也是爲什麼小赤年少就去大木研究所擔任助手的原因，因爲花子要承當小赤與小智兩兄弟的費用！
但作爲助手也是有福利的，小赤與小智兩兄弟的費用全部被大木博士承包了，作爲研究界權威的大木博士，這些小錢根本不在話下，大木博士更希望小赤不要因爲這些稅金而耽誤了自己的前程！
“早上好啊，媽媽！”
小赤洗漱完，整理好自己的着裝後，就匆匆忙忙的來到樓下就餐，因爲不用繳納費用的緣故，小赤每天的飲食都是相對豐富的，很好的補給了自己需求的營養，也讓小赤的體質比同齡人要來的健壯！
“小赤，小智那孩子呢？”花子疑惑道。
“小智那傢伙還想再睡五分鐘，也不知道會不會遲到……”小赤含糊道，其實小赤是可以叫醒小智的，但那樣也就會失去與皮卡丘的邂逅，小赤不想讓這段命運的邂逅就此磨滅，所以讓花子不要主動去叫醒小智。
喫完早餐後，小赤就動身前往大木研究所，細心的人可以看出小赤的腰帶已經鑲嵌了一顆精靈球，這是大針蜂的精靈球，這三年來，小赤與大針蜂都會祕密的進行鍛鍊，而陪練的對象自然就是結識的夢幻了！
因此，大針蜂的實力也是突飛猛進，加上雙特性的加持下，不是天王級別的訓練家根本無法將大針蜂打敗，甚至連後者都隱約有壓制的跡象！
來到大木研究所外，一眼望去都是大人在此聚集，大人們看到小赤的到來也是歡呼的爲其加油喝彩，每一位從真新鎮出發的新人訓練家都是他們的驕傲！
簡單的噓寒問暖後，小赤來到了大木研究所內，發現小茂與一位少女已經在此等候了，少女長相秀氣，留着一頭褐色的秀髮，戴着白色半圓紅條紋的帽子，穿着淺藍色露肩上衣與紅色短裙，攜着一個淡黃色的斜挎包，此人正是葉子！
葉子也是小赤在七歲夏令營結識的朋友，兩人的關係也很融洽。
“沒想到你也有遲到的一天，小赤！”葉子笑着打招呼道。
“出了一點小插曲！”小赤回答道。
在來大木研究所之前，小赤還與大針蜂一起去了訓練的森林，與結識的夢幻道別，期間夢幻也是一臉不捨的蹭着小赤的臉頰，但知道小赤也有屬於自己的旅行後，夢幻與小赤道別完就離開了森林不知去向！
“怎麼說呢……”大木博士一臉尷尬的撓撓頭，“小赤啊，之前爲你準備的小火龍出現了點意外……”
“嗯？怎麼說？”小赤疑惑道，難道聯盟官方授予的御三家還能失蹤？
“待會你還是自己看看吧！”大木博士啓動儀器，轉動的儀器彈出三顆精靈球，唯獨中間的位置沒有彈出精靈球，作爲穿越者的小赤自然清楚裏面藏着皮卡丘的精靈球！
小赤見此淡淡一笑，除了喜愛的原因，傑尼龜還是剋制小火龍的屬性，作爲競爭對手的小茂，自然不願意放過此次機會！
“那我就選擇妙蛙種子！”葉子拿走了妙蛙種子的精靈球，細心的小赤看出葉子鬆了一口氣，似乎喜悅妙蛙種子沒有被人選走！
小赤見小茂與葉子都得到了精靈球，默默的拿走了小火龍的精靈球，他倒是很疑惑小火龍究竟出現了什麼意外！
“出來吧，小火龍！”小赤拋出手中的精靈球，但等待小赤的並不是熱情的小火龍，而是充滿敵意的噴射火焰！
“小心！”葉子擔憂道。
“沒事的，這點火焰根本傷害不到小赤！”小茂冷靜道。
只見小赤的面前憑空出現一道波導護盾，將火焰輕鬆格擋，火焰消散後，一隻身高1m，紅色瞳孔的小火龍赫然出現在地上！
“大木博士，這隻小火龍似乎血統？”細心的小赤察覺到了小火龍的不同。
“沒錯，這隻小火龍的父輩是一隻血統純正的準神級別龍系寶可夢，這隻小火龍繼承了優良的血統，但性格也是極其的好戰，原先配給你的小火龍意外被這隻給打傷了，無奈之下只好將這只不好控制的小火龍配給你了！”大木博士解釋道，試探性的觀察了下小赤的臉色，卻發現小赤露出了一絲微笑，似乎很滿意小火龍的樣子！
“還好我沒選擇小火龍！”小茂吐槽道，但也受到了來自小火龍的敵視，要不是忌憚小赤的存在，或許小火龍直接一發噴射火焰讓小茂閉嘴！
“我對你很滿意，不過目前還不是收服你的時候！”小赤使用精神力控制住小火龍，使用精靈球將其收回其中！
“你們也放出自己的寶可夢來增進下友誼吧！”大木博士提議道，小茂還好，直接放出傑尼龜，但葉子卻猶豫了片刻，畢竟小火龍的貿然攻擊讓葉子對初始寶可夢的印象不怎麼好，生怕自己的妙蛙種子的性格也是如此！
“放心吧，小赤的小火龍只是意外事件！”大木博士察覺到了葉子的猶豫，安撫道。
小茂與傑尼龜的相處不錯，一開始傑尼龜也有點怕生，但在小茂熱情的擁抱下，也是對小茂敞開了心懷，喜悅的跳到小茂的懷中，大木博士見此也是滿意的點點頭，不愧是自己的孫子！
小林也放出了妙蛙種子，作爲草系的妙蛙種子性格比較溫順，在察覺到葉子的懼意後，也是主動伸出藤鞭與葉子握手，很快葉子也愧疚的抱住妙蛙種子，爲自己先去的舉動抱歉，妙蛙種子也欣然接受葉子，高興的眯着眼。
見小赤三人都得到了屬於自己的御三家，大木博士也端正下態度，仔細給三人講解了下寶可夢圖鑑與精靈球的作用，以及之後冒險旅途中需要注意的事項等等，最認真聽得就是葉子了，還不忘拿出小本子記着，小赤與小茂倒是略顯懶散，畢竟這方面的事情兩人早就接觸很久了，稍微聽取下就可以了！
“這是屬於你們的精靈球與寶可夢圖鑑！”
講解完事項後，大木博士將小赤三人的精靈球與圖鑑交給他們，並祝福三人在之後的旅途中實現自己的夢想，其中唯獨小赤的圖鑑略顯不同，這是小赤與大木博士一起合作改良的產品，目前只有小赤擁有！