而後江曉趕到研究所發現還沒到時間還早，再一次去鍛鍊自己的神奇寶貝。
很快時間差不多了回到研究所小田卷博士已經回來準備去接大木博士，江曉一同前往。
而路上遇見了小智等人，小智一同前往而小剛與小瑤小勝一同回去，當小剛他們回到研究所。
發現大木博士在這裏，再聊了一會兒天后，小剛遇到了一些事進入研究所內部使用研究所的通訊功能正在與他家裏通話。
而這時火箭隊來了，搶走了六隻初始神奇寶貝，也就是小火龍，傑尼龜，妙蛙種子與火稚雞，水躍魚，木守宮。
小瑤拿出神奇寶貝結果被火箭隊吸走了，這一次火箭隊選擇直接逃跑小剛聽到動靜出來一同追擊。
而小田卷博士的助手負責聯繫小田卷博士，四人在追劇中追到了一個山洞，結果再一次被火箭隊坑了。
同時小剛的神奇寶貝也被拿走，在衆人的合力之下終於全部逃了出來，而後成功將六隻初始神奇寶貝救了出來。
利用超音蝠與妙蛙種子，將小瑤與小剛的神奇寶貝全拿了回來，緊接着便偷偷的離開。
這一次火箭隊學聰明瞭，沒讓衆人逃脫很快江曉他們趕到了，這一次火箭隊的佈置江曉不好拆門。
在裏面有一道牢籠將他們關在門的前方，如果將門推倒會傷到他們，江曉想到了辦法。
而後江曉放出水系的讓小智也放出水系的說道，讓水系的神奇寶貝，對準門的旁邊縫隙使用水槍。
隨後江曉讓大木博士，他們指揮神奇寶貝使用衝擊絕招，大門應聲而倒火箭隊乘坐機器飛了出來。
江曉直接放出快龍，使用百萬頓拳擊將機器人打破爆炸火箭隊飛了出去，衆人接着回到了小田卷博士研究所。
江曉便向兩位博士提出了問題，說自己找到了如何分辨刺尾蟲會向哪個方向進化？
聽到了這個話題小田卷博士來了興趣，大木博士同樣也有了興趣，而後衆人都圍了過來。
江曉便開口了，自己通過了很多場驗證之後發現了這個問題刺尾蟲，如果不仔細觀察會覺得他們都一樣。
但如果仔細觀察，就會發現他們的顏色有兩種，這時候小田卷博士提出了疑問，江曉在解答了疑問後。
繼續說自己的研究發現，刺蝟種顏色深紅，進化最終路線毒粉蟲，而同樣刺蝟種顏色淺紅，將會進化爲狩獵鳳蝶。
隨後兩位博士便互相探討了很多的數據，將刺尾蟲的數據，進行了分析之後，發現這一方面的研究還真少。
隨後讓江曉要發一份論文，這些成果屬於江曉的他們不會佔爲己有。
而江曉能夠第一時間將自己的研究告訴自己算非常尊敬他們，而像這種情況，從來沒有人會與別人討論。
都是先發論文而後再一同討論數據，隨後江曉讓他們發，自己沒有這個想法。
這些成果江曉從來沒有去想過，讓大木博士與小田卷博士共同發表論文，是關於刺尾蟲的。
而後兩位博士也沒有再糾結這個問題，共同將一篇論文發了出去在江曉的極力阻止之下。
在這之後衆人向小田卷博士與大木博士告別後，趕往了新的旅程綠茵市，開啓了新的旅程。
江曉在到達港口後便獨自離開了，在尋找到森林後，在森林裏尋找了一番新的神奇寶貝。
但依然沒有尋找的結果，鍛鍊神奇寶貝沒有落下，很快江曉鍛鍊一番後再休息，卻遇見了小瑤與小智在爭吵。
同時火箭隊也出現了，江曉跳了出去摸了摸小瑤的頭，帶着衆人進入森林裏。
來到了江曉帳篷的位置，開導小智與小遙一番二人都知道錯了，緊接着遇見使用尼多王與尼多後雙打的人。
江曉與小瑤和他們開展了一局，小瑤依然使用向尾喵，江曉使用甲殼龍，但每次向尾喵攻擊的時候，江曉都會讓甲殼龍進行了輔助。
而後甲殼龍進行着攻擊，不斷的連招讓尼多王與尼多後不停的抵擋很快，相序敗北。
而後江曉便離開了，雖然江曉的開導讓兩人服氣，但多少會有一點不服氣，小瑤與小智在通過這場戰鬥。
都看出互相在之前到底是哪裏出了問題？向對方互相道歉而後便再次踏上了旅行。
而後小智一行人，在路過一片山坡的時候，一隻盔甲鳥突然對他們進行了攻擊。
小瑤盔甲鳥抓住帶入了一片圍欄內部，衆人追過去，在這裏有兩個人攔住了他們的去路。
就在着急的時候，江曉從旁邊的森林裏走了出來，小智他們向江曉解釋，江曉一腳踩在了那木頭上。
隨後縱身一躍，進入禁地森林內部，就算想要阻攔江曉也不可能了，江曉已經跑了進去。
而小智他們被帶去尋找長老，江曉進入森林內部後四處尋找，很快找到了正在逃跑的小瑤。
江曉把將她拉入自己的懷裏，隨後放出了波導，告訴那些神奇寶貝自己是來救人的，我們只是不小心誤入。
但那些神奇寶貝還在繼續往前衝，將曉身上的氣勢向上攀升，霸王色直接使用了出來。
衝在前面的精靈們有一些直接倒在了地上，其他神奇寶貝猶豫了，隨即便使用了催眠粉。
江曉雙手抱住小瑤隨後縱身一躍，跳到了樹木的頂端，隨後江曉加重了霸王色。
底下的神奇寶貝直接被震暈了過去，江曉跳在另一棵樹上隨即離開，這一片催眠粉區。
小瑤剛纔被嚇到有一點不輕，所以現在小瑤還緊緊抱着江曉，在江曉的懷裏，完全找到了安全感。
很快又遇到了其他的神奇寶貝來堵截，妙蛙花和妙蛙種子出現了，隨後跟着妙蛙花與妙蛙種子來到了她的休息地點。
小瑤獨自與妙蛙種子在一旁玩耍，江曉妙蛙花用波導之力正在談論，這些草系神奇寶貝的怒火原因。
很快江曉與妙蛙花的談論結束後，江曉準備帶着小瑤離開，妙蛙種子跟着小瑤。
而後妙蛙花也開口了，江曉讓小遙收服妙蛙種子。